| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,293,038 | IS1 (+) +9 bp | intergenic (‑116/‑481) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 87 (1.130) | 58/448 | 0.2 | 94.3% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1293038 = | 5 (0.070) | intergenic (‑116/‑489) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1293046 | 5 (0.070) | 71 (0.920) | 53/450 | 0.3 | 93.2% | intergenic (‑124/‑481) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| ? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCA > NC_000913/1292797‑1293295 | acgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCGCCaataaata > 1:328053‑M2/240‑251 (MQ=255) atggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattctctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCGCCAATAACTATCTTTTCATa > 2:278598‑M2/230‑251 (MQ=255) gacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTa < 1:758140‑M2/28‑1 (MQ=255) gacggaggggtggcagctgtatgaatcccgcctgaagggaaaggtggacgtaatcagcaggcgatatacgcggcgaattgagcggcagaacctgaatctgaggcagcacctggaacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaaggcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTa < 1:331464‑M2/28‑1 (MQ=255) 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2:673932‑M2/11‑175 (MQ=255) tcattaccCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTgac < 2:642498‑M2/139‑1 (MQ=255) taccCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTAATGTAACATTTTATGGGGAGCTTATCGAAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTtg > 2:712124‑M2/5‑169 (MQ=255) aacCGCCAATAAAAATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATTAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTAtctc < 2:752673‑M2/248‑1 (MQ=255) cCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGt > 1:94048‑M2/2‑132 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |