| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 54959 = | 182 (1.350) | coding (2151/2355 nt) | lptD | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component | |||||
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| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) | TCCATTTCAATTAACCGCACTGCGGATTACGTGGTAAATCAACAAATCACAAAGTGTTTTGATACGGCAGAATGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGTTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTCAGCTTCCGCTCGTAACCGACGCGAATTGCATAGCAGCAGG‑AGCTG‑TATTGCACACCTAACATAGAGTCGGCTTGCTTGTTAGCATTGGTGTCGTAGTAGTAGGCCCCAACAATGGACCAACGATCGGCAATTGGCCAGCTGGCGACAGCACCTACCTGCGAAATACCATTCTTATATTGCTCAGCAGTGGAATAGTACTTAGGCAGCGTAGCCTGAATATATTCCGGGCTGGCGTAACGGTAATTCAGCTGTACCAGACGGTCTTCATCCCGACGGTATTCAATGCTGGAGTTACTGGTCGCT > NC_000913/54709‑55205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |