New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4335416 | 127 (0.930) | 4 (0.030) | 4/452 | 11.8 | 2.9% | coding (175/1644 nt) | eptA | lipid A phosphoethanolamine transferase |
? | NC_000913 | = 4335751 | 149 (1.130) | coding (1281/1338 nt) | adiC | arginine:agmatine antiporter | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AATATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCCACCACGGCCCAGATGCAGTAGAGGAAGGCAATGGTAGTAACTGCCAGATATGCCGGGCGTGCTTTACCAAAGTGACCGTGTCCGAGCAGCAGTAACGCCGCACAGGTGTAAAGATATGGCACCAGTGTAAAGATGACCGAGACGGAAGAAACCAGACCGAACTCTTTGGTCGCGTTT > NC_000913/4335501‑4336000 | aaTATTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTGTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTaa < 1:1306557/251‑1 (MQ=255) atatTCAGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAATTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTCTGTAGCCGGTTGTAAt > 2:1102629/1‑251 (MQ=255) cAGATAAAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTTTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCAt < 2:1003163/251‑1 (MQ=255) aGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTGGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCAt < 1:939363/251‑1 (MQ=255) aGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACTTTAAGTTCTTAAGGATGGCGTTCATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGTATTAATGTTTGCTTATGGGGGCATCTCAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTGGTAATTctcgccata > 2:512199/1‑243 (MQ=255) gggaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTGGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATgg < 2:225112/249‑1 (MQ=255) gagaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATgg < 1:727651/251‑1 (MQ=255) tataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCACAGAGGGTCTTTTTAGTGGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTAAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGATGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCgg > 2:939559/1‑251 (MQ=255) taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGtga < 1:428489/251‑1 (MQ=255) aaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGGTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATTTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTCTGTAGGCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGtgagga > 2:1191598/1‑251 (MQ=255) aGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGGTGAcc > 2:571920/1‑251 (MQ=255) ggCCAACAATAGCCAGGCGAATAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTGTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATc < 2:1044729/251‑1 (MQ=255) ccAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAg < 1:1191354/251‑1 (MQ=255) ccAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATATTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGCTGACCATCAg > 2:958534/1‑251 (MQ=255) aGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTAAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACaa > 2:556896/1‑251 (MQ=255) ccAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTCTGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATTTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGTATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAAt > 1:238932/1‑251 (MQ=255) ccAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAAt > 1:913675/1‑251 (MQ=255) ccAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATATAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGAGGTGATGACCATAAGGGTGACAAAt > 1:818963/1‑251 (MQ=255) aaTTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAAc < 1:960413/251‑1 (MQ=255) aaaGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATAACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCtt < 1:1343810/251‑1 (MQ=255) aaGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCttt > 2:1162464/1‑251 (MQ=255) aaGAGGGTCCTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATGAAACCAACCTGAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTATGGGGAATTACACTTTGCTTATTGTTGCATCTAAGGGTTACGGGTATCAGTGTAGCCGGTTTTAATTCAGCGCACACATGCCGGACATGACCGTCAGGGTGGCAGATGACCACAAAAGctatac > 2:805609/1‑247 (MQ=255) agagGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCTCATAACCTCTTTc > 1:1211728/1‑251 (MQ=255) agtgTCTTTTTGGTAGGTGCTTAAACATCACAGTGTTTCCAACGCAC‑AAAGTGCGCTTATGCTCACAAAGCAAAATTAAGCCAACCGTACGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGAGAATTAATCTTTGCTAATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGGTGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGc < 2:238996/248‑1 (MQ=255) gggTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCt < 1:1162223/251‑1 (MQ=255) gggTATTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTTCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTTAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTTG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCGAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCt < 2:775712/251‑1 (MQ=255) cTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAAtt < 2:781238/186‑1 (MQ=255) ttttAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGAc > 1:1184815/1‑251 (MQ=255) taaaagGGGCTTCAGCATCACAGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGGGCGCATAATCTCGCAAAGCGAAATTAGGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTGTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGAGAATTAATCTGTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGGTACGGGTTTTTCTGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAGCCTCTTTCGCTCCGGAcccc < 1:1450324/247‑1 (MQ=255) gtagGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCccac < 1:1113193/251‑1 (MQ=255) ggCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAAC‑AAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGG‑ATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAACCTCTTTCGCTCCGGACCCcaccac > 1:22548/1‑251 (MQ=255) 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NC_000913/4335501‑4336000 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |