New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3594002 = | 159 (1.090) | 4 (0.030) | 4/460 | 13.1 | 2.6% | coding (205/768 nt) | livG | branched‑chain amino acid ABC transporter ATPase |
? | NC_000913 | 3594366 = | 142 (0.990) | coding (1115/1278 nt) | livM | branched‑chain amino acid ABC transporter permease | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
CGGTTGGCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGTTTTTCCGG‑CACCGTTAGGGCCGATTAACGAGACGATCTCCTGCGGGTACAGTTCAAGATTGACGTTGTTCACCGCCAGCAGGCCGCCGAAGCGCATCATCAGGCCGTTAACAGATAATAATGGCTGACTCATGCCTGCTCTCCTTTCGCTGCGCCGTTTTTCAGCTTCAGTTGCGGG > NC_000913/3593761‑3594251 | cGGTTGGCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCACTTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATc > 2:903592/1‑251 (MQ=255) cGGTTGGCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATc > 1:1242956/1‑251 (MQ=255) cGGTTGGCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGCGCGCGACGGAAGGGTGGCGTTTTCACCAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCCGTTGCTGCTGCTGCTCCACCACCAGGCTCTCAATTACCTTTATCTCACCGAACAGACGCACAAGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATCCGGGCAATTCGCTGCCCCGGCAAACCTTCCAGGTGCTGATc > 1:195002/1‑251 (MQ=255) ttGGCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACTCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CAATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATcgcg > 2:61362/1‑251 (MQ=255) tgtgCGTTTCCCATCAAACCAAAGCGCGCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGTTCTGGGCGCGACGGAAGGATTGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCGGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACTGTACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCGAGTAAACCATCCAGGTACTGATcgcg < 1:590262/248‑1 (MQ=255) tGGCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCgcgc > 1:1275904/1‑251 (MQ=255) ggCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCa > 2:1079359/1‑251 (MQ=255) ggCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑ACATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGCTCGCGCa > 1:648907/1‑251 (MQ=255) ggCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTATGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACCGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCCCCAGCAGGTCTTCAATTACCGTAATTTCACGGCACAGCACCACATCCAGGAAGATACGCACCCCGC‑CCATCCGGGCAAATTGCCGCCCCCGTTAACATTCCAgcctcccatcgccac > 1:912330/1‑237 (MQ=255) ggCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCCCAAGCCAGGTCGCGCCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCCGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGGTGGGAGGTGCGCACTACGC‑CTCTGGGGGCCATTTCCTGCCCCGGTAAACATCCCAGGTGCCGACcgcccc > 2:1033490/1‑248 (MQ=255) gCGTGTTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAg > 2:1190373/1‑251 (MQ=255) gtTCCAGCAACCCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTaaa < 1:762950/251‑1 (MQ=255) gtTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCCGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCCCGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTaaa > 1:1303385/1‑251 (MQ=255) gtTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTaaa < 2:233509/251‑1 (MQ=255) gtTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTaaa < 2:1560061/251‑1 (MQ=255) gtTCCAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTaaa < 2:1309503/251‑1 (MQ=255) gtTCCAGAAAACCAATCGGCTTGAGCCGGGGGCCGGCGCGGTCGAGGGCTTAGATCTGGGCTCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGGGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCGTCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACGGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCGGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTaaa < 1:119975/251‑1 (MQ=255) gatcgcgCAAACCAAGACGCTCAGGCCGGTTCGAGGCGCGGTCGGGGGCTTCGTGCTGGCGGCGGCGGAAAGAAGCCGTTTTGAACAGGCAAGAAAACAGCCGGGTTTTCAGTTGCTGAAGCTGCGCCGCCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACCTGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAGTTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAAGTGCTGATCGCGCAGTaaa < 1:1093096/245‑1 (MQ=255) cAGCAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATgg < 2:1303126/251‑1 (MQ=255) cAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTgc > 2:436448/1‑251 (MQ=255) cAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCGGGAGGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTgc > 1:1309762/1‑251 (MQ=255) cAAACCAATGCGCTCAAGCCAGGTCGCGGCGCGGTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCAGGTTTTCAGTTGCTGATGCGGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCAAGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCCTCCAGGTGCTGAtacggtctattataaacat > 2:298625/1‑233 (MQ=255) 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gcgcggTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAg > 2:703886/1‑251 (MQ=255) gcgcggTCGAGCGCTTCGCTCTGGGCCCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCTAGAGAACAGCCCGCTCTTCAGTTGCCGATGCTCCCCCACCAGCTGGCTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACTCCCCTCCTGGAAGGTGCGCAACCCGC‑CCATGCGTGCACTTTGCTCCCTCGGTAAACTCTCCAGGTCATGGTCGACTCGTAATATGGAGCCGCCGGTgggctgttcgaacccgtctag > 1:620273/1‑233 (MQ=255) gcTTCGCTCTGGGCGCGACGGAAGGATGGCGTTTTCAACAGGCCAGAGAACAGCCCGGTTTTCAGTTGCTGATGCTGCGCCACCAGCAGGTTTTCAATTACCGTCATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGC‑CCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTCCTGATCGCGCAGTAAAATGGGGCCGCAGGCGGTGTGGGAGAATCCGGTCCTAACGTTAAAAAc > 1:1189013/1‑251 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |