| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,809,552 | T→G | intergenic (+59/‑65) | ygaY → / → ygaZ | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein/putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,809,552 | 0 | T | G | 98.1% | 186.5 / NA | 52 | intergenic (+59/‑65) | ygaY/ygaZ | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein/putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (25/26); minor base C (1/0); total (26/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGTCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAGTTATATTCCGGTGGCCTTTGCGTTCGGTCTGAATGCGACCCGTCTGGGATTCTCTCCTCTCGAAAGCGT > NC_000913/2809312‑2809768 | tcctccTAACCGCATGTTACATGGCTAGCTACTTTGTTGGCGGTGGCGCCGGTTCGCTAAGTTCAGCCTCCTCCGGGCAACATGGAGATTGGGCAGGCGTTTGTCTGGCTGGCGGGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCAAGGTTTTCATCGTCAGGAGTCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGt < 1:923513/247‑1 (MQ=255) tCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCGCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGtt < 2:1886177/251‑1 (MQ=255) gCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACCTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTAAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGCTTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGGGGTTTTAATCGCCAGGGAGCCGCAAATTAATCATTCAGCAACAGTTTTAGTGGCTTTACACTTATAAGCGTGTTAAGAAGCCGATCAGGCAGGTACGGTTaa > 1:778286/1‑251 (MQ=255) ccTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTCTTGGCGGTGCGGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAg < 2:778356/251‑1 (MQ=255) ccTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAg > 2:672086/1‑251 (MQ=255) ccTGACCGCAGGGTACTTGACTGGCTCCTTGATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAg < 1:922221/251‑1 (MQ=255) ccGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGTCTGGCGTGACGATTGCCCTGGTTCACTTACTGGCCTGGAGGAGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGCTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCAATCAGGCTGATAAGGTTAAGATatt > 2:387018/1‑251 (MQ=255) ccGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATatt > 2:630890/1‑251 (MQ=255) ccGCAGGTTACATGACTAGCCACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTACCTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATAAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTTCACTTATAAGGGTTTTAAGAAGCCCATAAGCCTTATAAGGTTaaacaatt > 1:1886000/1‑245 (MQ=255) aCATTACTAGCTACGTTATTGGGGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGGCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTc < 1:672026/251‑1 (MQ=255) 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gCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTc > 1:769249/1‑214 (MQ=255) gCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTa > 2:1705226/1‑251 (MQ=255) tAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATg > 1:1848586/1‑251 (MQ=255) gcctGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACa < 2:1126813/215‑1 (MQ=255) aaaCGTGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGcc < 1:939565/250‑1 (MQ=255) tGGCGGTTCGGCTGTGGGTTGACTGGCTGGCGTGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAATCCGCAAATTAATCAATCAGCAACCGTTTTCGTTGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTc < 1:179055/251‑1 (MQ=255) cTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCg < 1:1705055/251‑1 (MQ=255) ggCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGa > 1:1126719/1‑215 (MQ=255) tGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGtt < 2:1848762/251‑1 (MQ=255) ccTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATattc > 1:1116744/1‑137 (MQ=255) ggTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTc < 1:1225563/142‑1 (MQ=255) tAACTTATTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACAGGTTTCGTGGCTGTAAACTTATAAGGCTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAACGCCCTACTCCCCAGCCTGCTCCTGGTTCGTCCACCTTCATGGAAGGCTGCCAAGACAGTTTACCGATTg > 1:1701729/1‑251 (MQ=255) gtctggtGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACaa < 1:1899447/147‑1 (MQ=255) gCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCGATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAGTTATATTCCgg < 2:1701900/251‑1 (MQ=255) 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cTTATAAGAGTGTTAAGAAGCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACATCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCaa < 2:1454006/152‑1 (MQ=255) gaagCCCATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAGTTATATTc > 1:634932/1‑168 (MQ=255) ccATCAGGCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAGTTATATTCCGGTGGCCTTTGCGTTCGGTCTGAATGCGACCCGTCTGGGATTCTCTCCTCTCGAAAGCGt < 2:231051/224‑1 (MQ=255) tCAGGCTGATAAGGTTAAGTTATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGCAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAg > 1:1453863/1‑152 (MQ=255) | ATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAACATGGCGGTTGGGCTGGCGTTTGTCTGGCTGGCGCGACGATTGCCCTGGTTAACTTACTGGTCTGGTGGCGAGGTTTTCATCGTCAGGAAGCCGCAAATTAAGCAATCAGCAACCGTTTTCGTGGCTTTACACTTATAAGGGTGTTAAGAAGCCCATCAGTCTGATAAGGTTAAGATATTCATTCAGTCTATTTATAATATTAACAATCGTTAAGCGTACACTCTATGGAAAGCCCTACTCCACAGCCTGCTCCTGGTTCGGCGACCTTCATGGAAGGATGCAAAGACAGTTTACCGATTGTTATTAGTTATATTCCGGTGGCCTTTGCGTTCGGTCTGAATGCGACCCGTCTGGGATTCTCTCCTCTCGAAAGCGT > NC_000913/2809312‑2809768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |