New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 1396634	NA (NA)	20 (0.100)	15/182	21.2	23.0%	noncoding (591/1195 nt)	IS5	repeat region
	?	NC_000913	1428170 =	72 (0.320)					noncoding (625/1196 nt)	IS5	repeat region
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.

CTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTT  >  NC_000913/1428072‑1428195                                                                                                   |                          cTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCCGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCActct                           >  2:4241453/1‑99 (MQ=18) cTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCActct                           >  2:454879/1‑99 (MQ=34) cTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCActct                           <  2:384423/99‑1 (MQ=34) cTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCGGATTGAGGGCATGCTCGTTTGCTGCGGTGGCGACCAGGCTGTGGGTCACCCCActct                           >  2:133061/1‑99 (MQ=11)  tGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCtt                          <  1:3393946/99‑1 (MQ=34)  tGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCtt                          <  1:3756708/99‑1 (MQ=34)  tGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCtt                          >  1:3944862/1‑99 (MQ=34)   gagaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTGTTg                         <  2:4658098/99‑1 (MQ=18)   gagaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTg                         >  1:1657939/1‑99 (MQ=34)   gagaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTg                         <  1:4368201/99‑1 (MQ=34)   gagaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTg                         <  2:3923700/99‑1 (MQ=33)    tgaCAAATTGCTCCTCTCGATGAAGCAGATTACCCCCCTGATTGTGGTCATGCTAGTTTGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTGAGGCCAATCATgg                        >  2:2415197/2‑99 (MQ=11)    agaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTgg                        >  2:5031414/1‑99 (MQ=34)     gaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGc                       <  1:2471525/99‑1 (MQ=34)     gaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGc                       <  1:2440249/99‑1 (MQ=33)     gaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGc                       <  1:2768619/99‑1 (MQ=34)     gaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGc                       <  1:2284679/99‑1 (MQ=34)     gaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGc                       <  1:864989/99‑1 (MQ=34)     gaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGc                       >  1:5562300/1‑99 (MQ=34)     gaCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGc                       >  1:1990470/1‑99 (MQ=34)     gaCAAATTGCTCCTATCCAGGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACAAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGc                       <  2:882228/99‑1 (MQ=255)      aCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGGCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGACACTCTTGGCa                      >  1:4976449/1‑99 (MQ=255)      aCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCa                      >  1:325421/1‑99 (MQ=34)      aCAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCa                      >  2:1331256/1‑99 (MQ=34)       cAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCAt                     >  1:4986782/1‑99 (MQ=34)       cAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCAt                     >  1:5443037/1‑99 (MQ=33)       cAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCAt                     >  1:582078/1‑99 (MQ=34)       cAAATTGCTCCTCGCCATGAAGCAGATTACCCAGCTTATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCAt                     <  2:4952781/99‑1 (MQ=16)        aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGTTCATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCCGTGGTGACCCGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc                    <  2:2116941/99‑1 (MQ=11)        aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGTTTGAGGTTATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc                    >  2:4610397/1‑99 (MQ=16)        aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc                    <  1:2684550/99‑1 (MQ=33)        aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc                    >  2:4290886/1‑99 (MQ=34)        aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc                    >  2:4409311/1‑99 (MQ=34)        aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc                    <  1:4424017/99‑1 (MQ=33)        aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc                    <  1:5153050/99‑1 (MQ=34)        aaaTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATc                    <  1:3019301/99‑1 (MQ=34)          aTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGa                  <  2:5401036/99‑1 (MQ=34)          aTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGa                  >  1:5482358/1‑99 (MQ=34)          aTTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGa                  <  1:3963344/99‑1 (MQ=34)           ttGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGac                 >  2:19642/1‑99 (MQ=34)           ttGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGac                 >  1:2227365/1‑99 (MQ=34)           ttGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGac                 >  2:5521379/1‑99 (MQ=34)            tGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGaca                <  1:4682149/99‑1 (MQ=33)             gCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGacac               <  2:5010303/99‑1 (MQ=33)              ctcctcTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACAcc              >  1:3320159/1‑99 (MQ=34)               tcctcTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCa             >  1:3478363/1‑99 (MQ=34)               tcctcTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCa             >  2:3148045/1‑99 (MQ=34)                cctcTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCaa            >  1:1800211/1‑99 (MQ=34)                 ctctCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAAt           >  2:810793/1‑99 (MQ=34)                 ctctCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAAt           <  2:2250318/99‑1 (MQ=34)                 ctctCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAAt           >  2:372280/1‑99 (MQ=34)                  tctcCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAAtg          >  1:3329187/1‑99 (MQ=34)                    tcCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAAtgtg        <  2:4125478/99‑1 (MQ=33)                    tcCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAAtgtg        <  1:2165507/99‑1 (MQ=34)                    tcCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAAtgtg        <  1:463409/99‑1 (MQ=34)                     ccATGAAGCAGATTACGCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGGGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTgg       <  2:1329789/99‑1 (MQ=16)                     ccATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTgg       <  2:3747661/99‑1 (MQ=33)                     ccATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTgg       <  1:2641105/99‑1 (MQ=33)                     ccATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTgg       <  1:1757451/99‑1 (MQ=33)                     ccATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTgg       <  1:3199247/99‑1 (MQ=34)                      cATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGATGTCATTCTCGGTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCGGGGGGTCATGCCACTCTGGGCATCGACACCAATGTggg      >  2:3033238/1‑99 (MQ=11)                      cATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCCGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTggg      >  2:3157707/1‑99 (MQ=21)                      cATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTggg      >  2:226874/1‑99 (MQ=33)                      cATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTggg      >  2:21271/1‑99 (MQ=34)                      cATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTggg      >  2:2334841/1‑99 (MQ=34)                      cATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGCCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTggg      >  1:5120418/1‑99 (MQ=18)                      cATGAAGCAGATTACAGAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGATGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCACTGTggg      >  2:32650/1‑99 (MQ=11)                         gAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCt   <  1:205469/99‑1 (MQ=32)                          aaGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCtt  <  2:230538/99‑1 (MQ=31)                          aaGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCtt  >  2:3690414/1‑99 (MQ=31)                          aaGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCtt  >  1:3099700/1‑99 (MQ=31)                          aaGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTCACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACCCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCtt  >  1:155816/1‑99 (MQ=9)                                                                                                   |                          CTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTT  >  NC_000913/1428072‑1428195

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.