| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,755,429 | (T)5→4 | intergenic (‑288/‑269) | ydhZ ← / → pykF | uncharacterized protein/pyruvate kinase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,755,425 | 0 | T | . | 95.4% | 739.5 / 28.5 | 175 | intergenic (‑284/‑273) | ydhZ/pykF | uncharacterized protein/pyruvate kinase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/2); new base . (67/99); total (73/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CGCAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTGTTTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAACGACTC > NC_000913/1755328‑1755519 | cgcAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTTTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCtgtt > 2:2985174/1‑99 (MQ=255) cAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCtgtttt < 1:2419232/99‑1 (MQ=255) aaaCAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATAGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCtgttttg > 2:3881999/1‑98 (MQ=255) aCAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCtgttttgtt < 2:826986/99‑4 (MQ=255) tGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTcc > 1:3847126/1‑99 (MQ=255) tGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTcc > 1:3674440/1‑99 (MQ=255) tGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTcc > 2:2770563/1‑99 (MQ=255) tGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTAGTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTGTTTTTGTTTTc < 2:3646870/99‑1 (MQ=255) aGTTTTTGCGTAACCTTTTTCCTGAAACGTCAAATCTTTAATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTATTTGAAACGCT‑CTTTTGTTTTCCttt < 2:260502/99‑1 (MQ=255) gTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCtttt > 1:1060797/1‑99 (MQ=255) gTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATCGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCtttt < 2:114019/99‑1 (MQ=255) tttttGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTg < 1:3924371/99‑1 (MQ=255) tttGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGa < 1:84039/99‑1 (MQ=255) tttGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGa < 1:2756487/99‑1 (MQ=255) gTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAAt > 2:3974184/1‑99 (MQ=255) gTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAAt < 2:3102462/99‑1 (MQ=255) gTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAAt > 1:1275705/1‑99 (MQ=255) aCCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTc > 2:2012430/1‑99 (MQ=255) ttttCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGc < 1:3936074/99‑1 (MQ=255) ttttCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGc < 2:3907902/99‑1 (MQ=255) ttttCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGc < 1:1726674/99‑1 (MQ=255) ttttCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGc < 1:1396250/99‑1 (MQ=255) ttttCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGc < 1:2353812/99‑1 (MQ=255) tCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGCTTAATTTCAGCGta > 2:1442475/1‑99 (MQ=255) ccTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGtata > 2:157314/1‑99 (MQ=255) ccTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGtata > 1:2449544/1‑99 (MQ=255) ccTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTAGTATATTTTTTGAAACGCTGTTTTT‑TTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGtata > 2:3850538/1‑99 (MQ=255) cTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAACGTGTATATTTTCTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTCTTGGATTAATTTCAGCGTATaa > 2:1043246/1‑99 (MQ=255) tGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAAt > 1:1591338/1‑99 (MQ=255) gAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTATTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgc > 2:782601/1‑99 (MQ=255) aCGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgc < 2:3015289/99‑1 (MQ=255) aCGTTAAAACTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgc > 2:1741302/1‑99 (MQ=255) cGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGACACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgcg < 2:836248/99‑1 (MQ=255) cGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgcg < 1:1450425/99‑1 (MQ=255) gTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATgcgcgc > 2:2964152/1‑99 (MQ=255) ttAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGcc > 2:3357409/1‑99 (MQ=255) 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1:3165341/99‑1 (MQ=255) tttttGAAACGCTGTTTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAAc > 1:2940360/1‑99 (MQ=255) tttttGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCACCACTTTGGACTGTAGAACt < 1:4328272/99‑1 (MQ=255) tttGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCa > 2:182788/1‑99 (MQ=255) ttGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCaa < 2:35978/99‑1 (MQ=255) tGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAAc < 2:1428508/99‑1 (MQ=255) tGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAAc < 1:2613726/99‑1 (MQ=255) tGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAAc < 1:1171188/99‑1 (MQ=255) tGAAACGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAAc < 2:3174425/99‑1 (MQ=255) aaCGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAACGAc > 2:1544195/1‑99 (MQ=255) aCGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAACGACt < 2:57519/99‑1 (MQ=255) cGCTG‑TTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAACGACTc < 2:504619/99‑1 (MQ=255) | CGCAAACAGTGAAGTTTTTGCGTAACCTTTTCCCTGGAACGTTAAATCTTTGATAACAATTTATTGTCTAACAAGTTGTATATTTTTTGAAACGCTGTTTTTGTTTTCCTTTTGGATTAATTTCAGCGTATAATGCGCGCCAATTGACTCTTGAATGGTTTCAGCACTTTGGACTGTAGAACTCAACGACTC > NC_000913/1755328‑1755519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |