BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	1396531 =	NA (NA)	84 (0.520)	12/184	18.1	NA	noncoding (488/1195 nt)	IS5	repeat region
*	?	NC_000913	= 1428264	NA (NA)	84 (0.520)	12/184	18.1	NA	noncoding (531/1196 nt)	IS5	repeat region
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.

Only 100 of 198 total aligned reads displayed.

GCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGA  >  NC_000913/1428173‑1428362

gCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTa                                                                                             <  1:2733849/99‑1 (MQ=31)

gCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTa                                                                                             <  2:3388224/99‑1 (MQ=31)

  aTCGACACCACTGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCTACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTCGTaga                                                                                           >  2:3791996/1‑99 (MQ=255)

  aTCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTaga                                                                                           <  1:3049041/99‑1 (MQ=33)

   tCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTagag                                                                                          >  2:959915/1‑99 (MQ=33)

   tCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTagag                                                                                          <  1:3316784/99‑1 (MQ=33)

       cacCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTgg                                                                                      <  2:1191155/99‑1 (MQ=33)

        acCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTggg                                                                                     >  2:2449720/1‑99 (MQ=33)

        acCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTggg                                                                                     >  1:1881118/1‑99 (MQ=34)

        acCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTggg                                                                                     >  1:2148889/1‑99 (MQ=34)

         ccAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGTTTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGt                                                                                    <  2:2881400/99‑1 (MQ=18)

         ccAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGt                                                                                    <  2:3287839/99‑1 (MQ=34)

         ccAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGt                                                                                    <  1:4763/99‑1 (MQ=34)

         ccAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTACTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGt                                                                                    <  2:2922957/99‑1 (MQ=21)

          cAATGTGGGCCTTCTTGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTGCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTTTTGGTAGAGCTGGGTg                                                                                   >  2:2078919/1‑99 (MQ=255)

          cAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTg                                                                                   >  1:1515037/1‑99 (MQ=34)

          cAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTg                                                                                   >  1:2767735/1‑99 (MQ=34)

          cAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTg                                                                                   >  1:1823442/1‑99 (MQ=34)

          cAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGAAGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTg                                                                                   >  2:3862660/1‑99 (MQ=21)

           aaTGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGc                                                                                  <  1:3878584/99‑1 (MQ=33)

              gtgGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTc                                                                               >  2:1769337/1‑99 (MQ=34)

                gggCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCaa                                                                             >  2:3431772/1‑99 (MQ=33)

                gggCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCaa                                                                             <  2:2643646/99‑1 (MQ=34)

                 ggacTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGTTGCCTCAat                                                                            <  1:556768/96‑1 (MQ=16)

                   ccTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAatga                                                                          >  2:745406/1‑99 (MQ=33)

                    cTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAatgat                                                                         >  1:1293932/1‑99 (MQ=33)

                     ttCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAatgatg                                                                        <  1:4091824/99‑1 (MQ=34)

                     ttCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAatgatg                                                                        >  2:2317508/1‑99 (MQ=33)

                      gcATGCCAAAGTGCCGCTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGAtgg                                                                       <  2:2445886/98‑1 (MQ=18)

                       cATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGAtggt                                                                      <  2:4180231/99‑1 (MQ=34)

                       cATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGAtggt                                                                      <  2:4076551/99‑1 (MQ=34)

                        aTGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGAtggtg                                                                     <  1:289875/99‑1 (MQ=34)

                          gCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGc                                                                   <  1:1202700/99‑1 (MQ=34)

                          gCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGc                                                                   >  2:3167582/1‑99 (MQ=34)

                            cAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCAt                                                                 >  2:2532269/1‑99 (MQ=33)

                             aaaGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATc                                                                <  1:2398850/99‑1 (MQ=34)

                             aaaGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATc                                                                >  1:2836617/1‑99 (MQ=34)

                             aaaGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGGCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTCTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATc                                                                <  2:2119225/99‑1 (MQ=255)

                              aaGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGTATcc                                                               >  1:747864/1‑99 (MQ=25)

                              aaGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATcc                                                               <  1:4027341/99‑1 (MQ=35)

                                   ccACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCaa                                                          >  1:3259539/1‑99 (MQ=38)

                                    cACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGATGccaccatc                                                         <  1:17031/99‑3 (MQ=11)

                                     aCTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAg                                                        <  2:3775237/99‑1 (MQ=255)

                                      cTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGt                                                       <  1:1791336/99‑1 (MQ=255)

                                      cTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGt                                                       >  2:1409645/1‑99 (MQ=255)

                                       tGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTg                                                      <  1:2299650/99‑1 (MQ=255)

                                       tGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTg                                                      <  1:1160939/99‑1 (MQ=255)

                                            gCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTg                                                 >  1:2571060/1‑99 (MQ=255)

                                             ccTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCtttg                                                >  1:1080236/1‑97 (MQ=255)

                                             ccTTGCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTTCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCCGGGTTCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTgg                                                <  2:3015916/99‑1 (MQ=14)

                                              cTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTgggg                                               >  2:3623955/1‑99 (MQ=255)

                                              cTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTggg                                               >  2:2536803/1‑99 (MQ=255)

                                              cTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTggg                                               >  1:3461409/1‑99 (MQ=255)

                                              cTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTggg                                               >  1:1132256/1‑99 (MQ=255)

                                              cTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTggg                                               <  2:1122373/99‑1 (MQ=255)

                                                ttCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGtc                                             >  1:2607435/1‑99 (MQ=255)

                                                 tCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGtca                                            <  2:258586/99‑1 (MQ=255)

                                                  cTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGtcat                                           <  1:437678/99‑1 (MQ=255)

                                                   ttGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGtcatc                                          <  1:3298520/99‑1 (MQ=255)

                                                   ttGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGtcatc                                          <  1:2194348/99‑1 (MQ=255)

                                                          gATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGc                                   <  1:3440931/99‑1 (MQ=255)

                                                           aTGCATCTCCGGGTCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGcc                                  <  2:794438/99‑1 (MQ=255)

                                                           aTGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTCGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCAACATGACGcc                                  <  2:4040245/99‑1 (MQ=255)

                                                               aTCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCt                              >  1:640876/1‑99 (MQ=255)

                                                               aTCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCt                              >  1:567643/1‑99 (MQ=255)

                                                                tctcCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCtt                             >  1:4182326/1‑99 (MQ=255)

                                                                 ctcCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTc                            <  1:1640140/99‑1 (MQ=255)

                                                                 ctcCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTc                            <  2:3074531/99‑1 (MQ=255)

                                                                 ctcCGGATCGCCTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGCGCCTTGGGTCATCAGGACGCCTGCTTc                            <  1:3825346/99‑1 (MQ=255)

                                                                  tcCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCg                           >  1:988639/1‑99 (MQ=255)

                                                                  tcCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCg                           <  1:4134895/99‑1 (MQ=255)

                                                                  tcCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCg                           >  1:1938413/1‑99 (MQ=255)

                                                                   ccGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCgg                          >  1:693236/1‑99 (MQ=255)

                                                                   ccGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCgg                          >  2:1627447/1‑99 (MQ=255)

                                                                    cGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgc                         >  2:2745724/1‑99 (MQ=255)

                                                                    cGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgc                         >  1:3088335/1‑99 (MQ=255)

                                                                    cGGATCGCGTTGCTGCTCTATGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgc                         <  1:3866505/99‑1 (MQ=255)

                                                                     ggATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgcc                        >  1:2636168/1‑99 (MQ=255)

                                                                     ggATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgcc                        >  2:458088/1‑99 (MQ=255)

                                                                     ggATCGCGTTGCTACTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgcc                        >  1:488732/1‑99 (MQ=255)

                                                                      gATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgcca                       <  2:3959279/99‑1 (MQ=255)

                                                                      gATCGCGTTGCTGCTCTGTGTGCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgcca                       <  2:1489391/99‑1 (MQ=255)

                                                                       aTCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgccag                      >  1:3500144/1‑99 (MQ=255)

                                                                         cgcgTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGgccagcc                    >  2:640428/1‑99 (MQ=255)

                                                                           cgTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGccagccag                  <  2:1890717/99‑1 (MQ=255)

                                                                           cgTTGCTGCTCTTTGTTCTGGGTAGAGCTGGGTGGCTCAAGGATGGTTGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTGCGccagccag                  >  2:1450692/1‑99 (MQ=14)

                                                                            gTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCcagccagc                 >  2:122123/1‑99 (MQ=255)

                                                                            gTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCcagccagc                 >  1:1781717/1‑99 (MQ=255)

                                                                              tgctgcTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGTGTGCCTCAATGATGGGGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGa               <  2:3415739/99‑1 (MQ=255)

                                                                              tgctgcTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGa               >  2:720114/1‑99 (MQ=255)

                                                                                ctgctCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGAtt             >  1:2487950/1‑99 (MQ=255)

                                                                                ctgctCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGAtt             >  1:1399141/1‑99 (MQ=255)

                                                                                 tgctCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTg            <  1:1966213/99‑1 (MQ=255)

                                                                                   ctctTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGAt          >  2:2802790/1‑99 (MQ=255)

                                                                                     ccttGTTCTTGCTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATCGATgg        >  2:652950/3‑99 (MQ=255)

                                                                                      tttGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGt       >  1:173947/1‑99 (MQ=255)

                                                                                         gTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCtt    <  1:1431690/99‑1 (MQ=255)

                                                                                          ttCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTg   <  1:2077931/99‑1 (MQ=255)

                                                                                           tCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGa  <  1:2328266/99‑1 (MQ=255)

                                                                                           tCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGa  <  1:3275118/99‑1 (MQ=255)

GCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGA  >  NC_000913/1428173‑1428362

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.