| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,757,668 | 0 | C | T | 26.7% | 122.6 / 13.9 | 60 | A54T (GCA→ACA) | yiaY | L‑threonine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/8); new base T (0/16); total (36/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTAATCGCGAATATCGCCGCCATTGGCTGCCACCAGCGCAATACCTTTTGCGCAGTCGTGTGGAGAACCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAA > NC_000913/3757467‑3757887 | cGTAATCGCGAATATCGCCGCCATTGGCTGCCACCAGCGCAATACCTTTTGCGCAGTCGTGTGGAGAACCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTaa > 1:1436732/1‑229 (MQ=255) gagtatagccccgccATTGCGTGCCACCAGCGAAATACCGTTTGCCCAGTCGTGTGGAGACCCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGAAATTATTCTCTTTAATTAATTACAACCCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCAAAAAAACCGCTAAAATTATTGCG‑TTCTTCCAGTTTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGtt < 2:1139908/219‑1 (MQ=255) gatgggcggcCACCGGCGAAATCCCTTTTGCGCAGTCGTGGGGAGAACCACCGCCTAGGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTTTTAAAGTAATTTCAACCCTGCGGCGACTTTTTCC‑GTGGTGGGTTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCT‑TTCTTCCATTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGt < 2:566508/225‑1 (MQ=255) ttGGCTGCCACCAGCGCAATACCTTTTGCGCAGTCGTGTGGAGAACCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGa > 1:1873735/1‑229 (MQ=255) tACCTTTTGCGCAGTCGTGTGGAGAACCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGt > 1:605719/1‑226 (MQ=255) tttGCGCAGTCGTGTGGAGAACCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCa > 1:429438/1‑228 (MQ=255) gcgatgTCGTGGGGACACCCCCCGCCTAGGGAGAGCGCGCTATCGCAATTTTTCTTTTTAAGTAATTTCAACCCTGGGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATAAAAAATAACGCAAAAAATTTTTCT‑TTCTTCCAGTTTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAAt < 2:428672/224‑1 (MQ=255) aGTCGTGTGGAGAACCACCGCCTAAGGCGATCAAGCTACCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGCAAATCCATAATCTg > 1:423558/1‑228 (MQ=255) tCGTGTGGAGAACCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCca > 1:1256315/1‑229 (MQ=255) accccccGCCTAAGGAGATCCCGCTCTCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAACCCTGCGTCGCCGTTTTGC‑GGGGTGGGTTTGGGTTGGTTGCCATCATAAAAACCCCAAAAAATTTTGGT‑TTCTCCCGGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCg < 2:313980/163‑1 (MQ=255) aaCCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcgcccgcc > 1:1950590/1‑155 (MQ=255) aaCCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCg > 1:314548/1‑168 (MQ=255) 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gctCACGCTCTCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCCTACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACACTTACGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCAATCATATTCATTGCATCAGTCAATgca > 2:1190268/3‑227 (MQ=255) cGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCttttt > 1:1706896/1‑114 (MQ=255) cGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCttttt < 2:1703984/114‑1 (MQ=255) cAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGtt > 1:910803/1‑141 (MQ=255) tttCTTTTGAAGTAATTACACACGTGCGGAGGCTTTTTCC‑GTGGGGGGGTTAGGTTGGGTGCCATAATAAATAACACTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTc < 2:1955377/228‑1 (MQ=255) tctcTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTcac > 1:1201557/1‑229 (MQ=255) ttAAGTAATTTAAAACCTGGGGCGACTTTTTCC‑GTGGTGGGTTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCCCATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAg < 1:1749044/229‑1 (MQ=255) tttCAACCCTGCGGCGATGTTTGCG‑GTGGTGGGTTGGGGTGGGGTCCAATCAAAAAT‑ACCCAAAAAATTTTTTGTTTCTTCCATTGTTTTTGGCCCATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAg < 2:1254133/229‑1 (MQ=255) ttCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCg > 1:809802/1‑118 (MQ=255) ttCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATaaa > 1:1397505/1‑227 (MQ=255) ttCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATaaa > 1:623094/1‑227 (MQ=255) ttgTTTTTC‑GTGGTGGGGTTGGGTGGGTTACCAAAATAAAAACCGATAAAAATTTTTCT‑TCCTACCATTGTTTTTTCAACAGCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCa < 2:1680748/227‑1 (MQ=255) agatggggtggtggtgTTTGTGGGGTTGCAAACATAAATACCGCAAAAAATGTTGTT‑TTTTTCATGTTTTTTTTGCACATGCACCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGc < 2:448812/215‑1 (MQ=255) tcgttggtggGGTTAGGTTGGGTGCCTTCATAAATACCCATAAAAATATTGTT‑TTTTTCCGTTGTTTTTGCCACATCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAacac < 2:622001/225‑1 (MQ=255) tggGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGa > 1:1693483/1‑190 (MQ=255) tAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGc > 1:449610/1‑205 (MQ=255) gggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCt > 2:1149951/1‑47 (MQ=255) gggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCt < 1:1151962/47‑1 (MQ=255) ggTGGCATCCTAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATTGCCAGACATACCTAATTTCGTTAACATATTTTCAGTGACAACTACGGAACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCCCACAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCAGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTaaaaa > 2:1180009/1‑228 (MQ=255) ggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGAc > 2:358968/1‑96 (MQ=255) ggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCcatc < 1:1162554/130‑1 (MQ=255) ggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCcatc > 2:1160528/1‑130 (MQ=255) ggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGaaaaaa > 1:410147/1‑228 (MQ=255) 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tGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTg < 1:1508614/96‑1 (MQ=255) tGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTg > 2:1506005/1‑96 (MQ=255) ggtgtatcaccAGTTTTTTTGACACTTCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCAtt < 2:1758491/220‑1 (MQ=255) gCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGACGGACAGCTTACTGAGGATTTTCAtt > 1:1761486/1‑228 (MQ=255) tttcCAGTGTTTTTTGCACACCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGAAAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGaaaa < 1:1965344/228‑1 (MQ=255) gTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGc > 1:1221322/1‑157 (MQ=255) cTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGaaaa > 2:1961965/1‑220 (MQ=255) cTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGaaa < 2:1821463/219‑1 (MQ=255) cTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGaaa > 1:1824566/1‑219 (MQ=255) | CGTAATCGCGAATATCGCCGCCATTGGCTGCCACCAGCGCAATACCTTTTGCGCAGTCGTGTGGAGAACCACCGCCTAAGGAGATCACGCTATCGCAATTATTCTCTTTAAGTAATTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCC‑GTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCG‑TTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGCCATCATATTCATTGCATCAGTCAATGAATCAGCGCCGATGACATTCACAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAA > NC_000913/3757467‑3757887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |