| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,101,539 | 0 | T | A | 34.1% | 190.2 / 26.1 | 86 | intergenic (+109/‑151) | sodA/kdgT | superoxide dismutase, Mn/2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/50); new base A (29/0); total (36/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTGTGGGAACATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCT > NC_000913/4101312‑4101771 | aTGTGTGGGAACATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGat‑aa < 1:1496039/238‑1 (MQ=255) tgGGAACATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGTTCCATTTCAAAAAAAAAAAAAAGAACCGaa‑caaaaaaa > 2:1772149/1‑239 (MQ=255) aaCATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTGTGATTAAATTTAAAATAAAAACAAAGATCCGac‑aaaaataaaaaa > 1:1534500/1‑237 (MQ=255) aCATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAg < 1:1772149/239‑1 (MQ=255) cATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAAAAAAAAAAAAGAACCGGT‑AAAAATacaacaac > 2:869841/1‑237 (MQ=255) tGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑t < 1:754181/239‑1 (MQ=255) tGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGTTACATTTCAAAATAAAAACCAAAAACCGat‑aaaaaaaaaaaa > 1:1484996/1‑233 (MQ=255) gCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGACCGGACTACATTAAAAAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGCAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTCTAGGCCGCATATCAGCTTAAAAACTGAACCATCGCCAACGGC‑GGAGGGCTTCTTTTGATCCATTTTAAAAACAAAACAAAGTTCCGGT‑AATAAGAAAACaaagg > 2:1415521/1‑234 (MQ=255) cTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGATTAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAACCCgt‑aaaaaaaaaaaaacagt > 2:1748047/1‑231 (MQ=255) actacCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCaa < 2:579369/239‑1 (MQ=255) actacCTGAAATTCCAGAACCGCCGTACGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCaa < 2:1948182/239‑1 (MQ=255) ctacCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAAt < 1:1834135/239‑1 (MQ=255) acCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGAGGGTTTTTTTTGATCAAATTCAAAATAAAAAAAAAGATCCGAT‑AAAAATAAAAAAGCG‑GTTCCATTg > 2:526512/1‑239 (MQ=255) ccTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGATCAATTTTTAAATAAAAACAAAGATCCGAT‑AAAAATAAAACAACG‑ttttcattta > 1:93644/1‑232 (MQ=255) tGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGAtg < 1:1366997/239‑1 (MQ=255) ttCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTTTGATTAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAACCCATAAAAAAAAAAAAAGCG‑TTT‑AATTTATGTgggt > 2:90998/1‑237 (MQ=255) ttCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGGTTTTTTTGGTTAATTTTAAAATAAAAACAAAGATCCGAT‑AAAAATAAAAAAACG‑GGTCAATTTATGTgggt > 2:1366997/1‑237 (MQ=255) gAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑t < 2:213895/239‑1 (MQ=255) aCCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑t < 1:1323539/237‑1 (MQ=255) aCCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑t < 2:2192382/237‑1 (MQ=255) ccgccgTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGATCAATTTCAAAATAAAAACAAAGATCCGAT‑AAAAAAAAAAAAGCG‑ATTTAATTTATGTGGGTTTGA‑Tc > 1:1769164/1‑237 (MQ=255) ccgTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑t < 1:571478/233‑1 (MQ=255) gTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTa < 1:132298/239‑1 (MQ=255) tACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGat < 1:1122650/186‑1 (MQ=255) cATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAAc < 1:939651/195‑1 (MQ=255) ttAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAaatga < 1:1800288/239‑1 (MQ=255) tAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTTATCAAATTCAAAATAAAAAAAAAAAACCGAT‑AAAAAATAAAAAACG‑TTTCCATTGTTGTGGTTTTTA‑TTACTTTTTTTTTTTAaatgaa > 2:2068153/1‑239 (MQ=255) aaaGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAaatgaat < 2:1041268/239‑1 (MQ=255) aaaGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAaat < 1:90998/235‑1 (MQ=255) agTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGAGTAATTTTTAAAAAAAAAAAAAGAAACGga‑aaaaaaaaaa > 2:1122650/1‑186 (MQ=255) agTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGGTCCAATTTAAAAAAAAAAAAAAAATCACCT‑AAAAAAAAAAAAAGG‑GTTTAATTTTTGTGGTTTTTATTCAC‑TTTATTTTTTAaatgaaaatgt > 2:170900/1‑234 (MQ=255) ttCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGCGGGGGGTTTTTTTTTGTTAAATTT‑AAAAAAAAAAAAAAAATACGAT‑AAAAAAAAAAAAAAGTTTTTAATTTTTTTGGTTTTG‑‑TTACTTTTTTTTATTtaaaaaaaat > 2:1197536/1‑228 (MQ=255) ttCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGGTTAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAATACCGT‑AAAAATAAAAAAACG‑GTTCAATTTATGTGGGTTTGA‑TCCCTTTTTTTTATTaaaag > 1:2153168/1‑228 (MQ=255) aCGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATATGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGtt < 1:1142807/239‑1 (MQ=255) tggtgAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGat < 1:1793900/164‑1 (MQ=255) aaCTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTTATCAATTTTTAAATAAAAAAAAAGATCCGCT‑AAAAAAAAAACAGAG‑TTTTACTTTTGTTGGTTTTGT‑TAACTTTTATTGTTTAAATGAAAATATATATTCTTGTtcatca > 2:441412/1‑238 (MQ=255) tGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAacac < 1:1197536/239‑1 (MQ=255) ggACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGGTATATTTCTAACAAAAAAAAACAATCTGCT‑AAAAATAAAAAAGCG‑CTTCACTTGTTTTGGTTTTTT‑TCACTTTTTTTTTTTTAATAACTGTCTATTTCTCTTTTCATCAacaccg > 2:2214225/1‑237 (MQ=255) ggACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGGTTAAATTTAAAAAAAAAACAAAGATCCGat‑aaaaaaaaaa > 2:1793900/1‑164 (MQ=255) agcagcGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGat < 1:1738051/148‑1 (MQ=255) agcagcGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTc < 1:980427/239‑1 (MQ=255) ggCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCt < 1:1748047/232‑1 (MQ=255) cGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGATCAAATTTAAAAAAAAAAAAAAGAACCGat‑aaaaaaaaaa > 2:1738051/1‑148 (MQ=255) tttGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTa < 2:2067339/239‑1 (MQ=255) cggcgAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGGTCAATTTCAAAATAAAAAAAAAAATCCGAT‑AAAAAAAAAAAAACG‑TTTTAATTTTTTTGGGTTTTA‑TTACTTTTTTTTATTAAAAGAAAGTCTATTTTTGTTTTCTTCAAAAATTATGCTCCCTTTATG‑AATTaataa > 2:71329/1‑235 (MQ=255) ggcgAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCAt < 1:1975366/239‑1 (MQ=255) gAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCa < 1:443458/238‑1 (MQ=255) gAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAg < 1:1962608/239‑1 (MQ=255) cgccTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGa < 1:1647018/239‑1 (MQ=255) tgctgcAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAgg < 2:1465501/239‑1 (MQ=255) ctgcAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑t < 1:765218/140‑1 (MQ=255) aGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCAtt < 1:2062237/190‑1 (MQ=255) gCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAaatg < 1:2000446/149‑1 (MQ=255) gCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGGTCAAATTTAAAAAAAAAACAAAGATCCGAT‑AAAAAAAAAACAACG‑GTTTAATTGATGTGGGTTTTA‑TCACTTTTATTTATTAAAAGAATGTCTATCTTCGTTTTCCTCAACACTTATGCTCCCTTTAGG‑AAATATGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGAGATGGGAATGc > 2:296923/1‑239 (MQ=255) gCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGATCAATTTCAAAATAAAAAAAAAAATCCCGT‑AAAAAAAAAAAAACG‑TTTCCATTTATTTGGGTTTTT‑TTACTTTTATTTATTAAATAAAAGTCTTTCTTTGTTTTCATCCATACTAATTCTCCATTTAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTTAAAATATGCCCGACAggggtggtaatgt > 2:1947349/1‑228 (MQ=255) gCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGTTCAATTTCTAAATAAAAAAAAAAAAACCAT‑AAAAAAAAAAAAACG‑GTTCAATTGATGTGGTTTTTA‑TTACTtttttt > 2:765218/1‑140 (MQ=255) gCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTTTGGTCCATTTTAAAATAAAAACAAAGATTCGAT‑AAAAATAAAAAAGCG‑TTTTAATTTTTGTGGGTTTTT‑TTACTTTTATTGATTAAATGAATGTTTATCTTCGGTTTCATCAACACTGATTCTCCCTTGAGG‑aaatta > 2:2062237/1‑186 (MQ=255) gCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAAATTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAACCCTTAAAAATATG‑CCGa < 1:1360152/215‑1 (MQ=255) cGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGGTCAATTTTAAAATAAAAAAAATGATACGAT‑AAAAATAAAAAAACG‑TTTTAATTTATGTGGGTTTTT‑TCACTTTTTTTTATTAAATGAATGTCTAtt > 2:2000446/1‑148 (MQ=255) cATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTTTGTTCAATTTTAAAATAAAAAAAAAGATACCAT‑AAAAATAAAAAAAGG‑TTTTACTTTATGTGGGTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAAAGAAATTCTATCTTTGTTTTCATTAACACTGATACTACATTTAGG‑AATTATGCATCAGCCCTTTAAAAAATT‑GCGCAAGTGGATGGAAAAGCAG‑aaaaaaacc > 2:1873920/1‑235 (MQ=255) cATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGATTAATTTCAAAAAAAAAAAAAATAATCGAT‑AAAAAAAAAAAAGCG‑GTTTCATTTATTTGGGTTTTG‑TCACTTTTATTTTTTAAAATAAAGTTTTTTTTCGTTTTCCTCAAAAACTATTTTCCATTTAGGAAATTAC‑CAACAGCCCTTTAAAAAATT‑CCCAAAAGGGATGGGAAAGCAGAATaaaaac > 2:1111845/1‑236 (MQ=255) atatCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATg < 1:944086/168‑1 (MQ=255) tCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGAt < 1:1797216/239‑1 (MQ=255) aGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTTTTGTTCAATTTCTAAAAAAAAAAAAATATTCGGT‑AAAAAAAAAAAAGCG‑TTTTTATTTATGTGGGTTTTA‑TTACTTTTTTTTATTTAATGAATTTTTATTTTCGTTTTCATCCACACCGTTGGTCCCTTTAGG‑AATTACGCATCAACCCTTCAAAATATT‑CCGACAGGGGTTGGAAAAGGAG‑ATAAAAccactggttt > 2:2117114/1‑230 (MQ=255) aaaaaaTGAACCATCGCCAACGGC‑GGGGGGTTTTTTTTGATCAATTTTAAAATAAAAAAAAAGATCCGAT‑AAAAAAAAAAAAACG‑TTTTAATTTATGTGGGTTTTA‑TTACTTTTTTTTATTAAATGAAAGTCTATTTTTGTTTTCATTAACACTGATGCTCCATTTAg > 2:944086/1‑168 (MQ=255) aaTGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAaat < 2:1788376/121‑1 (MQ=255) aaTGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCg < 1:2040104/195‑1 (MQ=255) aCCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGCCAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCgggg < 2:1887727/239‑1 (MQ=255) cGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGGTCAATTTTAAAATAAAAAAAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑GTTTCATTTTTGTGGTTTTTA‑TCACTTTTATTTATTAAATGAAAGTCTAt > 1:1788376/1‑121 (MQ=255) ggtggtTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGt < 1:2068153/238‑1 (MQ=255) gtgggTTTTTTGTGATCAATTTTAAAATAAAAAAAAAGATCCGAT‑AAAAAAAAAACAACG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTTATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATTCAG‑ATAAAAAGCCCGATTGAGAAAAACCCCGGGGggaggagt > 2:1502359/1‑230 (MQ=255) tggtTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAAAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTcc < 1:2226435/238‑1 (MQ=255) gATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg > 2:2161393/1‑238 (MQ=255) gATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg > 2:798039/1‑238 (MQ=255) aaTTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATTATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 1:1653551/239‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 2:915447/239‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 1:1502359/239‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 1:296923/239‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 1:1239273/239‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATGGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTGCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 2:1373134/239‑1 (MQ=255) aTTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc < 2:2139759/239‑1 (MQ=255) aTTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc < 1:1947349/239‑1 (MQ=255) aaTAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGa < 1:323843/150‑1 (MQ=255) aaTAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGa > 2:323843/1‑150 (MQ=255) aTAAAAACAATGATCCTAT‑GAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGGGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCcac < 2:1812823/239‑1 (MQ=255) aaaCAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCt > 1:1331042/1‑239 (MQ=255) | ATGTGTGGGAACATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATCAATTTCAAAATAAAAACAATGATCCGAT‑AAAAATAAAACAGCG‑TTTCAATTGATGTGGTTTTGA‑TCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGG‑AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATG‑CCGACAGGTGATGGAAATGCAG‑ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCT > NC_000913/4101312‑4101771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |