New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1103533 = | 32 (0.510) | 8 (0.140) | 6/278 | 5.2 | 15.4% | intergenic (‑337/‑418) | csgD/csgB | csgBAC operon transcriptional regulator/curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
? | NC_000913 | 1103745 = | 58 (1.000) | intergenic (‑549/‑206) | csgD/csgB | csgBAC operon transcriptional regulator/curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGCACAATTTTAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGGACAATTTTTTACTGCAAAAAGACGAGGTTTGTCACGGCTTGTGCGCAAGACATATCGCAGCAATCAGCGACGGGCAAGAAGAATGACTGTCTGGTGCTTTTTGATAGCGGAAAACGGAGATTTAAAAGAAAACAAAATATTTTTTTGCGTAGATAACA > NC_000913/1103389‑1103757 | gTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGCACAATTTTAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGtttt < 2:84466/193‑1 (MQ=255) gTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGCACAATTTTAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGtttt > 1:84466/1‑193 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 1:959362/1‑87 (MQ=255) ttttAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGGACAATTTTTTACTGCAAAAAGACGAGGTTTGTCACGGCTTGTGCGCAAGACATATCGCAGCAATCAGCGACGGGCa < 1:746951/189‑1 (MQ=255) aaaaaTCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 2:200318/1‑82 (MQ=255) tCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 2:762791/1‑77 (MQ=255) tCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 2:746951/1‑77 (MQ=255) cATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 1:103158/1‑76 (MQ=255) gTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 2:744802/1‑66 (MQ=255) gATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 1:581505/1‑64 (MQ=255) 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cTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGGACAATTTTTTa < 2:495067/92‑1 (MQ=255) cTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGGTGACAATTTTTTACTGCAAAAAGACGAGGTTTGTCACGGCTTGTGCGCAAGACATATCGCAGCAATCAGCGACGGGCAAGAAGAATGACTGTCTGGTGCTTTTTGATAGCGGAAAACGGAGATTTAAAAGAAAACAAAATATTTTTTTGCGTAGATAACa < 2:581505/239‑1 (MQ=255) taatGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGGACAATTTTTTACTGCAAAAAGACGAGGTTTGTCACGGCTTGTgcg < 2:585023/122‑1 (MQ=255) tGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 2:79302/1‑48 (MQ=255) tGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 2:815606/1‑48 (MQ=255) tGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGtt > 1:520833/1‑48 (MQ=255) | GTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGCACAATTTTAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGGACAATTTTTTACTGCAAAAAGACGAGGTTTGTCACGGCTTGTGCGCAAGACATATCGCAGCAATCAGCGACGGGCAAGAAGAATGACTGTCTGGTGCTTTTTGATAGCGGAAAACGGAGATTTAAAAGAAAACAAAATATTTTTTTGCGTAGATAACA > NC_000913/1103389‑1103757 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |