| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 86 (0.900) | 63/182 | 0.4 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGAT > NC_000913/1979181‑1979376 | gtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaatgatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 2:2551703‑M2/99‑100 (MQ=255)gtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaacaccctcacttacttcacatacatgta < 2:447956‑M2/2‑1 (MQ=255)gtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagagcacacaaaacactcaattacttaacataaatgta > 1:124186‑M2/99‑100 (MQ=255) tactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgtat < 1:1106218‑M2/3‑1 (MQ=255) ctcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcccacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa > 1:748713‑M2/96‑100 (MQ=255) tcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAg < 2:427469‑M2/6‑1 (MQ=255) cgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacacgaaattacttaacataaatgTATAAGt > 2:1891529‑M2/94‑100 (MQ=255) gtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagataacacaaaacactcacttaattaacatcaatgtataaata > 1:652547‑M2/93‑97 (MQ=255) cactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCAt > 2:1689080‑M2/91‑100 (MQ=255) tacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACt < 2:653940‑M2/13‑1 (MQ=255) acacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACtt < 2:2146236‑M2/14‑1 (MQ=255) acacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACtt < 2:1495894‑M2/14‑1 (MQ=255) tgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttg < 1:2641628‑M2/17‑1 (MQ=255) catacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtttt > 1:760045‑M2/80‑100 (MQ=255) atacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttttg < 2:1871810‑M2/22‑1 (MQ=255) atacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttttg > 2:1540544‑M2/79‑100 (MQ=255) atacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgttttg > 2:497136‑M2/79‑100 (MQ=255) tacaacggcggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTGTTGTTTTgg > 2:1392355‑M2/78‑100 (MQ=255) tacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTgg < 2:1755688‑M2/23‑1 (MQ=255) tacaacggaggggggccgcgatgttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTgg < 2:1644965‑M2/23‑1 (MQ=255) tacaacagaggggggctgcgactttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacgctgaattacttaacataaatgTATAAGTAATACTTTTGTTTTgg > 2:2473526‑M2/78‑100 (MQ=255) acaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg < 2:1092708‑M2/24‑1 (MQ=255) acaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg < 1:2592669‑M2/24‑1 (MQ=255) caacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt > 2:2339995‑M2/76‑100 (MQ=255) aacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtg < 1:1351645‑M2/26‑1 (MQ=255) ggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc < 1:684955‑M2/32‑1 (MQ=255) ggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc < 1:624182‑M2/32‑1 (MQ=255) ggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc < 1:624163‑M2/32‑1 (MQ=255) ggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTAGGGTGTATTTc < 2:2404371‑M2/32‑1 (MQ=255) ggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATc > 1:1499025‑M2/65‑100 (MQ=255) ctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataactgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTg < 1:890686‑M2/38‑1 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTa > 2:404424‑M2/60‑100 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTa > 2:1719165‑M2/60‑100 (MQ=255) tttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaaa < 2:2071397‑M2/45‑1 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg > 1:417733‑M2/55‑100 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg < 2:1865891‑M2/46‑1 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg < 2:1801071‑M2/46‑1 (MQ=255) ttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg < 1:1786970‑M2/46‑1 (MQ=255) caataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtt > 1:2417571‑M2/53‑100 (MQ=255) aataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAGGttt > 1:2370235‑M2/52‑100 (MQ=255) ataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtttt < 1:2037157‑M2/50‑1 (MQ=255) taatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt < 1:1359604‑M2/51‑1 (MQ=255) aatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTc > 1:1961767‑M2/49‑100 (MQ=255) tgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAaagtttttttc > 2:1241188‑M2/47‑97 (MQ=255) tgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgc < 2:1931127‑M2/54‑1 (MQ=255) gcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgct > 1:704987‑M2/46‑100 (MQ=255) cgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgcta < 2:1408072‑M2/56‑1 (MQ=255) gtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgctac < 2:1972207‑M2/57‑1 (MQ=255) 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atgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGa < 1:1238100‑M2/97‑1 (MQ=255) atgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGa < 1:1821441‑M2/97‑1 (MQ=255) tgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGAt < 1:702626‑M2/98‑1 (MQ=255) | GAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGAT > NC_000913/1979181‑1979376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |