| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,713,019 | T→C | V84A (GTA→GCA) | dtpA → | dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,713,019 | 0 | T | C | 98.8% | 292.8 / NA | 83 | V84A (GTA→GCA) | dtpA | dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (45/37); minor base G (1/0); total (46/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTTA > NC_000913/1712929‑1713115 | tGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTAc < 2:2142938/100‑1 (MQ=255) gTCTGCGGCGGATTCACTCACCCTTTTCTATTCCTTTAGTGCCCAGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGGGACAAACCACTGGGTACt < 2:898564/100‑1 (MQ=255) gTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACt > 1:973876/1‑100 (MQ=255) gTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACt > 1:617416/1‑100 (MQ=255) gTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACt < 2:2149908/100‑1 (MQ=255) tCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTa > 2:278249/1‑100 (MQ=255) tGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTaaa > 1:944935/1‑100 (MQ=255) gAAGCGGATTCAATCACCCTTTACTCTACCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAAc < 2:2025313/100‑1 (MQ=255) aaGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAAcg < 2:57016/100‑1 (MQ=255) cGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGt < 2:995280/100‑1 (MQ=255) cGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGt > 1:596145/1‑100 (MQ=255) cGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGt > 2:1939943/1‑100 (MQ=255) cGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGt < 1:2627312/100‑1 (MQ=255) ggATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTa > 1:864590/1‑100 (MQ=255) gATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTaa < 2:1864810/100‑1 (MQ=255) gATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTaa > 1:1777340/1‑100 (MQ=255) gATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTaa > 1:1185650/1‑100 (MQ=255) aTTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAAt < 1:1171773/100‑1 (MQ=255) tCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTa > 2:1883866/1‑100 (MQ=255) tCAATCACCCTTTTCTCTTCCTGTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTa < 2:628004/100‑1 (MQ=255) aTCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGc > 2:2070978/1‑100 (MQ=255) aCCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCg > 1:464805/1‑100 (MQ=255) cccTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCgg > 2:790386/1‑100 (MQ=255) cccTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCgg > 2:901999/1‑100 (MQ=255) cccTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCgg > 1:1472420/1‑100 (MQ=255) ccTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGgc < 1:341996/100‑1 (MQ=255) cTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCAGTGTGTACGAAACGCGTAATTGTGCTCGgcg > 1:1445913/1‑100 (MQ=255) ttCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTa > 1:1256129/1‑100 (MQ=255) ctctTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTAtt > 2:878846/1‑100 (MQ=255) tCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGc > 1:418994/1‑100 (MQ=255) cTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTg < 2:1726832/100‑1 (MQ=255) cTTTAGTGCCCTGGTTTATGGCCGGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTCACAAGGCACCGGGTACTAAACGCGGAATTATGCTCGGCGCTGTTGTGCTg > 2:1894650/1‑100 (MQ=255) gCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTg < 2:481687/100‑1 (MQ=255) cccTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTgg < 1:1643917/100‑1 (MQ=255) cccTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTgg < 2:849775/100‑1 (MQ=255) ccTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGt < 1:1282873/100‑1 (MQ=255) cTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGtt < 2:1977358/100‑1 (MQ=255) tGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTa < 1:2538019/100‑1 (MQ=255) ggTTTATAGTCTGGTCGCTATCGGCGTCAGGTGAGTTGACAAAGGACTGGGTACTAGACGCGTAATGATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTAt > 2:196344/1‑100 (MQ=255) tttATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGc > 2:1389771/1‑100 (MQ=255) tttATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGc < 2:1805550/100‑1 (MQ=255) tttATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGc < 1:1108851/100‑1 (MQ=255) tATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGctc > 2:1632156/1‑100 (MQ=255) aTGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGctct > 1:1856939/1‑100 (MQ=255) tggtctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACGAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTg < 1:2622600/100‑1 (MQ=255) ggtctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTgg < 2:929423/100‑1 (MQ=255) gtctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTggc > 1:2642988/1‑99 (MQ=255) gtctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGt < 1:1965635/100‑1 (MQ=255) gtctggtcGCTATCGGCGGATGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGt > 2:2017032/1‑100 (MQ=255) tctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGtt > 1:1113165/1‑100 (MQ=255) ctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTg < 1:1476746/100‑1 (MQ=255) ctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTg < 1:1569702/100‑1 (MQ=255) ctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTg > 2:1607100/1‑100 (MQ=255) ggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGcc < 1:1144620/100‑1 (MQ=255) ggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGcc > 2:308486/1‑100 (MQ=255) ggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGcc > 2:2089299/1‑100 (MQ=255) tcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctg < 2:2219333/100‑1 (MQ=255) tcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctg < 1:1909050/100‑1 (MQ=255) gCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggt > 2:1964125/1‑100 (MQ=255) cTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtc < 2:604958/100‑1 (MQ=255) cTATCGGCGGCTGATTAGGTGACAAGGCTCTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTGGCctgggc > 1:2325677/1‑98 (MQ=255) tATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTAGGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtct < 1:402244/100‑1 (MQ=255) aTCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtctg < 2:1010087/100‑1 (MQ=255) tCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtctgg > 2:1078444/1‑100 (MQ=255) cggcggCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtctggt > 1:377764/1‑100 (MQ=255) ggcggcTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCtggtctggtc < 2:375158/100‑1 (MQ=255) cTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCacgac > 1:1701094/1‑100 (MQ=255) tGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCacgacg < 1:1603156/100‑1 (MQ=255) ggTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGc > 2:1685045/1‑100 (MQ=255) gTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGcc > 1:1135397/1‑100 (MQ=255) gTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGcc > 2:59140/1‑100 (MQ=255) tAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCgg < 2:1549034/100‑1 (MQ=255) ggTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTa > 1:2501163/1‑100 (MQ=255) ggTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTa > 2:1714308/1‑100 (MQ=255) gTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTAt > 1:1646745/1‑100 (MQ=255) gTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTAt > 2:631443/1‑100 (MQ=255) gTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATAATGCTCGGCGCCATTGTGCTGGCGACTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTAt > 2:2310333/1‑100 (MQ=255) tGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATc > 2:2216243/1‑100 (MQ=255) aCAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCTTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGt < 1:917287/100‑1 (MQ=255) aCAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGt > 2:1276455/1‑100 (MQ=255) aaGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGttt < 1:1739864/100‑1 (MQ=255) aaGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGttt < 2:1453182/100‑1 (MQ=255) aGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTta > 2:2043125/1‑100 (MQ=255) | TGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTTA > NC_000913/1712929‑1713115 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |