| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,006,859 | A→C | 100% | S200R (AGC→CGC) | ygeW → | putative carbamoyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,006,859 | 0 | A | C | 96.1% | 697.5 / 14.8 | 207 | S200R (AGC→CGC) | ygeW | putative carbamoyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/4); new base C (109/87); total (113/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TGCGTGAAACCGCCAATATGATCTCCTTCTGCGCCGACGCTATTGGTATTCGCGACGATATGTATCTGGGCGCAGGCAACGCCTATATGCGTGAAGTTGGCGCTGCACTTGATGACGGTTACAAGCAGGGTGTACTGCCACAGCGTCCGGCTTTAGTGAACCTGCAATGCGATATTGACCACCCGACTCAGTCAATGGCTGACCTCGCGTGGTTACGTGAACACTTTGGTTCACTGGAAAACCTGAAAGGTAAAAAAATCGCCATGACCTGGGCCTACTCTCCAAGCTATGGCAAACCGCTCTCTGTACCACAAGGCATCATCGGTCTGATGACTCGCTTCGGTATGGATGTCACCCTGGCCCATCCGGAAGGCTACGACCTGATCCCGGATGTGGTTGAAGTGGCGAAAAACAATGCTAAAGCCTCCGGTGGTAGCTTCCGTCAGGTCACCAGCATGGAAGAAGCCTTCAAAGACGCAGACATCGTTTATCCGAAGTCATGGGCACCTTACAAAGTGATGGAAGAGCGTACTGAATTGCTGCGTGCGAACGATCACGAAGGCTTAAAAG > NC_000913/3006575‑3007144 | tgcgtgAAACCGCCAATATGATCTCCTTCTGCGCCGACGCTATTGGTATTCGCGACGATATGTATCTGGGCGCAGGCAACGCCTATATGCGTGAAGTTGGCGCTGCACTTGATGACGGTTACAAGCAGGGTGTACTGCCACAGCGTCCGGCTTTAGTGAACCTGCAATGCGATATTGACCACCCGACTCAGTCAATGGCTGACCTCGCGTGGTTACGTGAACACTTTGGTTCACTGGAAAACCTGAAAGGTAAAAAAATCGCCATGACCTGGGCCTACTCTCCACGCTa > 1:1221332/1‑289 (MQ=255) 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ccAATATTATCTCGTTCTGCGCGGACCCTATTGGTATTCCCAACGATATCTATCTGGGCGGAGGGAACGCCGATATGCGTGAAGTTGGCGCTGCAGTTGATGACGGTTACAAGCAGGGTGTACTGCGACAGCGTCCGGCTTTAGTGAACCTGCAATGCGATATTGACCACCCGACTCAGTCAATGGCTGACCTCGCGTGGTTACGTGAACACTTTGGTTCACTGGAAAACCTGAAAGGTAAAAAAATCGCCATGACCTGGGCCTACTCTCCACGCTATGGCAAACCGct < 2:1221332/289‑1 (MQ=255) ccAATATGCTCTCCTTCTGCGCCACCGCTATTAGTATTCGCGACTATATTTATCTGGACCCAGGCAACGCCTATATGCGTGCAGTTGGCGCTGCACTTGATGACGGTTACAAGCAGGGTGTACTGCCACGGCGTCCGGCTTTAGTGAACCTGCAATGCGATATTGACCACCCGACTCAGTCAATGGCTGACCTCGCGTGGTTACGTGAACACTTTGGTTCACTGGAAAACCTGAAAGGTAAAAAAATCGCCATGACCTGGGCCTACTCTCCACGCTATGGCAAACCGct < 1:1056316/289‑1 (MQ=255) aaTATGATGTCCTACTGGGCGAACACTTTTGGTATTCGCGACTATATGTATCTGGGCGCAGGCAACGCCTATATGCGTGAAGTTGGCGCTGCACTTGATGACGGTTACAAGCAGGGTGTACTGCCACAGCGTCCGGCTTTAGTGAACCTGCAATGCGATATTGACCACCCGACTCAGTCAATGGCTGACCTCGCGTGGTTACGTGAACACTTTGGTTCACTGGAAAACCTGAAAGGTAAAAAAATCGCCATGACCTGGGCCTACTCTCCACGCTATGGCAAACCGctct < 2:515024/289‑1 (MQ=255) 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ctctCCACGCTATGGCAAACCGCTCTCTGTACCACAAGGCATCATCGGTCTGATGACTCGCTTCGGTATGGATGTCACCCTGGCCCATCCGGAAGGCTACGACCTGATCCCGGATGTGGTTGAAGTGGCGAAAAACAATGCTAAAGCCTCCGGTGGTAGCTTCCGTCAGGTCACCAGCATGGAAGAAGCCTTCAAAGACTCAGACATCGTTTATCCGAAGTCATGGGCACCTTACAAAGTGATGGAAGAGCGTACTGAATTGCTGCGTGCGAACGATCACGAAGGCtt > 1:371424/1‑288 (MQ=255) ccACGCTATGGCAAACCGCTCTCTGTACCACAAGGCATCATCGGTCTGATGACTCGCTTCGGTATGGATGTCACCCTGGCCCATCCGGAAGGCTACGACCTGATCCCGGATGTGGTTGAAGTGGCGAAAAACAATGCTAAAGCCTCCGGTGGTAGCTTCCGTCAGGTCACCAGCATGGAAGAAGCCTTCAAAGACGCAGACATCGTTTATCCGAAGTCATGGGCACCTTACAAAGTGATGGAAGAGCGTACTGAATTGCTGCGTGCGAACGATCACGAAGGCTTAAAAg > 2:1182811/1‑289 (MQ=255) ccACGCTATGGCAAACCGCCCTCTGTACCACAAGGCATCATCGGTCTGATGACTCGCTTCGGTATGGATGTCACCCTGGCCCCTCCGGAAGGCTACGACCTGATCCCGGATGTGGGTGAAGTGGCGAAAAACAATGCTAAAGCCTCCGGTGGTAGCTTACGTCAGGTCACCAGAATGGAAGAAGCCTTCAAAGAAGCAGACATCGTTTATCCGAAGTCATGGGCACCTTACAAAGTGATGGAAGAGCGTACTGAATTGCGGCGTGCGAACGATCCCGAAGGCTTaa > 2:665158/1‑286 (MQ=255) | TGCGTGAAACCGCCAATATGATCTCCTTCTGCGCCGACGCTATTGGTATTCGCGACGATATGTATCTGGGCGCAGGCAACGCCTATATGCGTGAAGTTGGCGCTGCACTTGATGACGGTTACAAGCAGGGTGTACTGCCACAGCGTCCGGCTTTAGTGAACCTGCAATGCGATATTGACCACCCGACTCAGTCAATGGCTGACCTCGCGTGGTTACGTGAACACTTTGGTTCACTGGAAAACCTGAAAGGTAAAAAAATCGCCATGACCTGGGCCTACTCTCCAAGCTATGGCAAACCGCTCTCTGTACCACAAGGCATCATCGGTCTGATGACTCGCTTCGGTATGGATGTCACCCTGGCCCATCCGGAAGGCTACGACCTGATCCCGGATGTGGTTGAAGTGGCGAAAAACAATGCTAAAGCCTCCGGTGGTAGCTTCCGTCAGGTCACCAGCATGGAAGAAGCCTTCAAAGACGCAGACATCGTTTATCCGAAGTCATGGGCACCTTACAAAGTGATGGAAGAGCGTACTGAATTGCTGCGTGCGAACGATCACGAAGGCTTAAAAG > NC_000913/3006575‑3007144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |