| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,101,514 | 0 | G | T | 28.4% | 164.9 / 27.7 | 67 | intergenic (+84/‑176) | sodA/kdgT | superoxide dismutase, Mn/2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/43); new base T (19/0); total (24/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCTTCCGGCTTCCCGATTATGGGCCTGGATGTGTGGGAACATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATC‑AATTTCAAAATAAAAACAATGATCCG‑ATA‑AAAATAA‑AACAGCGTTTCAATTGATGTGGTTTTGATCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCT > NC_000913/4101283‑4101751 | cgcTTCCGGCTTCCCGATTATGGGCCTGGATGTGTGGGAACATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGGTTTTTtttggttaa > 1:1750367/1‑234 (MQ=255) 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c‑ggTGGTTTTTTTGTGATC‑AATTTCAAAATAAAAACAATGATCCG‑ATA‑AAAATAA‑AACAGCGTTTCAATTGATGTGGTTTTGATCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCg < 1:1383322/238‑1 (MQ=255) c‑ggTGGTTTTTTTGTGATC‑AATTTCAAAATAAAAACAATGATCCG‑ATA‑AAAATAA‑AACAGCGTTTCAATTGATGTGGTTTTGATCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCg < 1:1251671/238‑1 (MQ=255) ttttGTGATC‑AATTTCAAAATAAAAACAATGATCCG‑ATA‑AAAATAA‑AACAGCGTTTCAATTGATGTGGTTTTGATCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAtt < 1:1607273/239‑1 (MQ=255) tttGTGATC‑AATTTCAAAATAAAAACAATGATCCG‑ATA‑AAAATAA‑AACAGCGt > 1:473572/1‑53 (MQ=255) tttGTGATC‑AATTTCAAAATAAAAACAATGATCCG‑ATA‑AAAATAA‑AACAGCGt < 2:473572/53‑1 (MQ=255) tgtgATC‑AATTTCAAAAGAAAAACAATGATCCG‑ATA‑AAAATAA‑AACAGCGTTTCAATTGATGTGGTTTTGATCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCt < 2:2288612/239‑1 (MQ=255) | CGCTTCCGGCTTCCCGATTATGGGCCTGGATGTGTGGGAACATGCTTACTACCTGAAATTCCAGAACCGCCGTCCGGACTACATTAAAGAGTTCTGGAACGTGGTGAACTGGGACGAAGCAGCGGCACGTTTTGCGGCGAAAAAATAATCATTTGCCGCCTGCTGCAATGAGGCGTATAGGCCGCATATCAGCTTAAAAAATGAACCATCGCCAACGGC‑GGTGGTTTTTTTGTGATC‑AATTTCAAAATAAAAACAATGATCCG‑ATA‑AAAATAA‑AACAGCGTTTCAATTGATGTGGTTTTGATCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCT > NC_000913/4101283‑4101751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |