| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,571,183 | 0 | A | C | 30.4% | 227.2 / 12.5 | 92 | V131G (GTG→GGG) | yjiR | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/22); new base C (0/28); total (42/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACT‑GGC‑GGCTGGGCTTTACGTTG‑TGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCAT > NC_000913/4570945‑4571418 | gcgaggcaTATGCATCGATCTGTAAGAACATTGCGAGCTGACCGCGACAATAGTGCCTGGTTTACCCATCGCCATCAACGCCCACGACATCGTGTGATGGCGGCCGCGGGTGATGATGTTGTAATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑cacca < 2:54305/234‑1 (MQ=255) gcagcaTCTGCATCGAACCGTAATAACGGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑Caccacc < 1:35646/239‑1 (MQ=255) gcagcaTCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑Caccacc < 1:2299943/239‑1 (MQ=255) gcagcaTCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑Caccacc < 1:2956952/239‑1 (MQ=255) cGCCCGTTTTACCCACGGCAATTACCGCCGGGTACTGCGGGTTAGGGCCCCCGCTGGTAATTATGTTGCCACCGGCGGC‑GCCCCCCGAGCCGCTTTCGAGAATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCAAAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGgt < 2:152282/239‑1 (MQ=255) tttACCCACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑cacca < 1:846450/179‑1 (MQ=255) ttaacacacTGCCATTACCGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GCCCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAgg < 1:547342/208‑1 (MQ=255) aTGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGG‑ACCCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCt < 1:1683687/239‑1 (MQ=255) ccGGTGGTGATGATGATGTCACGGGGGGT‑GACCCCCGGGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCa < 1:1488530/238‑1 (MQ=255) tGGTGATTATGTTGTCATCGGCGTT‑GCCCACCGACCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATcc < 1:2692502/239‑1 (MQ=255) gTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GCCCCCCGGGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACgg < 1:3557669/200‑1 (MQ=255) tgaggatgaTGTCATGGGCGGT‑GCCCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAg < 1:2021697/238‑1 (MQ=255) taatgatgatgTCA‑CGGGGGTGGCCCCCCGAGCGGCTGTCGGGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGAAATCCTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGTTTTGCAGATTATGCTG‑CACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAg < 1:2329141/236‑1 (MQ=255) tgatgTCATGGGCGGT‑GCCCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATgcg < 1:2649436/216‑1 (MQ=255) aggcaacgggcggT‑GCCCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGCCCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGa < 1:3520275/229‑1 (MQ=255) tgTCATCGGCGGT‑GACCCCCCAGCCGCCGTCGGGCCTCAGGGGGGCAAACTGCTCTCCCAATACTCCCCGACCGGCTAACAAGTCATAACCGCGAACGGGTTTTCGATTTTTCTG‑CACCACCCgg > 2:2961340/1‑125 (MQ=255) gTCATCGGCGGT‑GACCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGCCCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACaa < 1:370818/194‑1 (MQ=255) cggcggT‑CCCCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATACCCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTgg < 1:1414859/239‑1 (MQ=255) cGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAAtt > 1:3430618/1‑232 (MQ=255) cGAGCCGCCGGCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCCTAACCGAGAAAGGCTTGTAGATTATGCGG‑CACCACCCGGCTTAGCCCCCGCCCCAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTTGACAACCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGTACAATGGAACTGTCGCTATGCTCCTCCAGAATATCCAGCCCCCGATCTCCATGGGTAATTTACACCg > 2:1933586/1‑239 (MQ=255) gCCGCTGTCGGGCATCAGGCGGGAAATCTGCCCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATACCCGAGAACGGTTGGCAGATTATGCTG‑CACCCCCCGGCTTAGCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCggg < 1:655868/238‑1 (MQ=255) 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acccccCGGCTTACCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACT‑GGC‑GGCTGGGCTTTACGTTG‑TGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCAt < 1:1326842/239‑1 (MQ=255) accaccCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGgcg < 2:2204571/146‑1 (MQ=255) accaccCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGgcg > 1:2204571/1‑146 (MQ=255) accaccCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACT‑GGC‑GGCt > 2:3286633/1‑181 (MQ=255) | GCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGT‑GACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTG‑CACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACT‑GGC‑GGCTGGGCTTTACGTTG‑TGCG‑ACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCAT > NC_000913/4570945‑4571418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |