| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,731,713 | 0 | G | A | 29.5% | 83.7 / 13.8 | 44 | E195K (GAA→AAA) | xylF | D‑xylose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/9); new base A (0/13); total (22/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAAT‑GGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAA‑CGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAAT > NC_000913/3731478‑3731946 | tAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAAT‑GGGTTGATGGCTGGTTACCGGaaa < 1:784614/239‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAAG‑GGGTTGATGGCTGGTTACGGAAAAA‑CGCATAGAAAATTAGGAAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCAc < 2:519523/107‑1 (MQ=255) gaactggTTGAT‑GCTTGATACCAGAAAACCACATTAAAAATTAGGGAAACCCCTCAACCCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGtata < 2:563647/230‑1 (MQ=255) aatggggTTGATGGCTGTTTCCGGAAAAA‑CGAATTAAAAATTATGAAAACCGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgggg < 2:169916/114‑1 (MQ=255) aagtggttggATGGCTGGTTACCGAAAAC‑CGCATTAAAAATTAGGAAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTAtt < 2:478065/186‑1 (MQ=255) 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aTGGCTGGTTACCGGAAAA‑CGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATtg > 1:478065/1‑195 (MQ=255) tttACGGAAAAA‑CGAATTGAAAATTATGAAAACCGCGATAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgggg < 2:23736/100‑1 (MQ=255) gTTACCGGAAAA‑CGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTAc > 1:563647/1‑228 (MQ=255) gAAAA‑CGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAAt > 2:263879/1‑234 (MQ=255) | TAACGATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTTACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGACCAAT‑GGGTTGATGGCTGGTTACCGGAAAA‑CGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAAT > NC_000913/3731478‑3731946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |