| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,774,470 | A→G | M385V (ATG→GTG) | yfjW → | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,774,470 | 0 | A | G | 98.3% | 418.1 / ‑2.9 | 121 | M385V (ATG→GTG) | yfjW | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (70/48); total (73/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ATGATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGA > NC_000913/2774378‑2774564 | aTGATCAAACACACGACATAATAATAAATGATAAAAAAAATAAAATAGAAAATCATCTTGCACATGAATGTAGGCACCATAAAAATAAGAAGCTGAAgt > 2:836739/1‑99 (MQ=255) tGATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGGTGAAgtg < 1:1055444/99‑1 (MQ=255) gATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGGTGAAgtgt < 1:237190/99‑1 (MQ=255) gATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGGTGAAgtgt < 1:643639/99‑1 (MQ=255) gATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGGTGAAgtgt < 1:1918604/99‑1 (MQ=255) gATTATACATACGATATAATAATAAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGGTGAAgtgt < 1:1894449/99‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |