| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,183,597 | G→T | D785Y (GAC→TAC) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,183,597 | 0 | G | T | 99.2% | 426.6 / NA | 130 | D785Y (GAC→TAC) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (68/61); minor base C (0/1); total (68/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATC > NC_000913/4183502‑4183692 | tGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACg > 2:167863/1‑99 (MQ=255)tGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGATTGTGTCTCCGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATAca > 2:167914/1‑98 (MQ=255) gACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGATTGAACGTGGCGCCGTGCTGGCATACgg > 2:2510959/1‑99 (MQ=255) gACCAAAAACACCCATTCCAACCAGAACACCTGTATCAACCAGCTGCCGTGTCTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACgg < 2:174002/99‑1 (MQ=255) aCCAAATACACCCGTTCTAACCAGACCACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgt < 2:1338195/99‑1 (MQ=255) aCCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgt > 1:3446274/1‑99 (MQ=255) ccAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtc < 1:1104621/99‑1 (MQ=255) cAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtcc > 2:475695/1‑99 (MQ=255) cAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATACCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtcc > 1:25290/1‑99 (MQ=255) aaTACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtccgt > 1:2245045/1‑99 (MQ=255) aTACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtccgtc < 2:3028454/99‑1 (MQ=255) aTACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGgtccgtc > 2:233234/1‑99 (MQ=255) acacCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCa < 2:191160/99‑1 (MQ=255) cacCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCAc < 1:1113266/99‑1 (MQ=255) acCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTTGCATACGCTCCGTCCAcc < 2:1897002/99‑1 (MQ=255) cccGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCg > 2:246850/1‑99 (MQ=255) ccGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGa > 1:988707/1‑99 (MQ=255) cGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGAc < 1:2257967/99‑1 (MQ=255) gTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGAcc > 1:3389334/1‑99 (MQ=255) ttCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCt > 1:3040721/1‑99 (MQ=255) cTAACCCGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGCTGAAGCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGTCTTCg < 2:3228238/99‑1 (MQ=255) tAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTTTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGCACGTGGCGCCGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCgg > 2:874115/1‑99 (MQ=255) tAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCgg > 2:3187221/1‑99 (MQ=255) aaCCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGt > 2:3399855/1‑99 (MQ=255) aaCCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGt > 1:238598/1‑99 (MQ=255) aCCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTg > 1:541803/1‑99 (MQ=255) aCCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTg > 2:3001801/1‑99 (MQ=255) aCCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTg > 2:528025/1‑99 (MQ=255) aCCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTg < 1:1930521/99‑1 (MQ=255) aCCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTACACCGACCTCGGTg > 1:1656890/1‑99 (MQ=255) aCCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGCGTCTCTGGGTGAACCGGTAGAACGTGGAGACGTGCTGGCGTACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTg > 1:3234439/1‑99 (MQ=255) aGAACAGCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGAGGTCGGTGGAc < 2:2674129/99‑1 (MQ=255) cTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCt > 2:296885/1‑99 (MQ=255) cTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCt > 1:2943531/1‑99 (MQ=255) cTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCt > 1:1793825/1‑99 (MQ=255) cTGTATCAACCAGAAGCCGTGTGTGTCTCAGGGTGAACCAGTTGTACGTGGCGACGCGCTGGCATACGGTCTGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCt > 1:3022917/1‑99 (MQ=255) tGTATCAAGCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCtt < 2:269312/99‑1 (MQ=255) gTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTg < 2:2870142/99‑1 (MQ=255) aTCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGt < 2:1557117/99‑1 (MQ=255) aTCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGt < 1:462737/99‑1 (MQ=255) tCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTc > 1:3263049/1‑99 (MQ=255) cAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCa < 1:2905677/99‑1 (MQ=255) cAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGCTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGTCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCa < 1:2082861/99‑1 (MQ=255) aaCCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAg > 2:189973/1‑99 (MQ=255) aaCCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAg > 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gATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACAt < 1:3140423/99‑1 (MQ=255) gATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACAt < 2:1748960/99‑1 (MQ=255) aTGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATg > 1:2455439/1‑99 (MQ=255) aTGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATg < 2:3076657/99‑1 (MQ=255) tGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATgc > 2:898425/1‑99 (MQ=255) tGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATgc < 1:1932797/99‑1 (MQ=255) tGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATgc < 2:584208/99‑1 (MQ=255) ccGTGTGTGTCTCAGGGTGAACCGGATGAACGTGGCGACGTGCTGGAATACGGCCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACGTgcga > 2:3193352/1‑98 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ccGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAAt > 1:441052/1‑99 (MQ=255) cGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATg < 1:3240761/99‑1 (MQ=255) ggTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATgg > 2:2380117/1‑99 (MQ=255) ggTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCATGGAATgg < 2:2162867/99‑1 (MQ=255) gTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGt > 1:2361124/1‑99 (MQ=255) gTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGt < 1:2112701/99‑1 (MQ=255) ttGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGtt > 2:2648549/1‑99 (MQ=255) tGAACGTGGCGACGTGCTGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTa > 1:1515441/1‑99 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tGGCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCa > 1:406000/1‑99 (MQ=255) gCATACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATc > 1:1342921/1‑99 (MQ=255) | TGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATC > NC_000913/4183502‑4183692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |