| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,665,698 | 0 | T | C | 24.0% | 104.1 / 12.4 | 50 | D38G (GAT→GGT) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/8); new base C (0/12); total (30/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGA > NC_000913/3665493‑3665920 | aaGATTATTATTCTGAGATAGTTGCGCAACTCCCTAAAAAACAAGAATATTTCTACAACAGTGATGAACGAGTAATGAAAAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATCACCCCCCCTCGAGCATCGGGAAAAATAATAAAAGCGTGCCCCTTCACACAAAAAAAAAATTTTCAACCCCCTTATCTCCTCAATTTTGGT‑TTCCATCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAg < 2:699139/238‑1 (MQ=255) agtttCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTAAAAAACAGGAATATCTCTACTAAAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAATTTTTTTATGTGCATAAAGTTTTAATGCCCCCTCCTTGAGCATGGGGAAAAAAAATAAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAAAAATTTTTAAACACCCTTATCTACCCGATTTGGGC‑TTGCACCCGCAAAAACAAGGTCACCGCCATTAAAATAGCg < 1:726002/236‑1 (MQ=255) cGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCAt < 1:797793/191‑1 (MQ=255) cGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCAt > 2:797793/1‑191 (MQ=255) cGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTa > 1:164901/1‑238 (MQ=255) cGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTa > 1:523855/1‑238 (MQ=255) cGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTa > 1:36385/1‑238 (MQ=255) aaacttctaaaaaaaaAGAAATATCTCTAATACAGTGATGAACGAGTAATAAAAAAACTTTTTTATGTGAATAAATATTTAATGCCCCCTCCTTGAACATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAAAAAAAAATTTTAAACACACTTATCTACTAAATTTTGTC‑TTGCACCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTgaga < 2:36385/229‑1 (MQ=255) atctcccagAAAAACAGAAATAGCTCAACTACAGGAATGAAGGAGTAATGAAAAATCTTTTTTGGGAGCAGAAATATATAATCCCTCCCCCTTGAGCAGCGGGAAAAAAAATAAAAGGGTGTCCTTTGACACGAACACAAAATTTACAACACCCTTATCTCCACAAATTTGGT‑TTGCTCCCACAAAAACCGGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCCCCATTAACCATGGTGAGaa < 2:625262/231‑1 (MQ=255) tatactacAGGAATGAACAAGTAAGGAAAAAACTTTTTTATGTGAATAAAGTTTAAATGCCCCCTCCTTGAGCAGCGGAAAAAAAAATAAAAGCGTGTCCCTTGCAACAAAAACAAAATTTCCAACACACTTATCTCCT‑AAATTTGGCTTTGCACCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 2:77978/203‑1 (MQ=255) tacaaaaGTGATGAACGATTAATGAAAAATTTTTTTTATTTGAATAAAGTTTTAATGCCTCCTCCTAGAGAATGGGAAAAAATAATGAAGGCGTTCCCCTTAACACAAAAAAAAAATTTCCAACCCACTTATCTACACAATTTTGGT‑TTCCACCCGAAAAACCCGGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGt < 2:375563/202‑1 (MQ=255) cAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAc > 1:339747/1‑197 (MQ=255) aGTGAGAAACGAGTAATAAAGAATCTTTTTTATGTGAATAAAGATTTACCCCCTCCCCCTGGAGCATGGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTAACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGATTTAGGC‑TTTCATCCGAAAAAACCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACaa < 1:683810/239‑1 (MQ=255) 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atgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTc > 1:603730/1‑238 (MQ=255) aaaaaCGATTAATGAAAAAATTTTTTTATGTGCATGAATTTTTAATGCCTCCTCCTGGAGAATCGGGAAAAAAAATGAAAGCGTGCCCCTAAACACAAATACAAAATTTTAAACACATTTATCTTCTTAATTTTGTC‑TTGCACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTcc < 2:523855/236‑1 (MQ=255) aaTGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAACTTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATg > 1:706080/1‑233 (MQ=255) 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ttATCTACTCTATTTTGGC‑TTGCATCCACAAAACACAGCTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCTTGAGaa < 2:566101/239‑1 (MQ=255) aTCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGt < 1:174727/198‑1 (MQ=255) aTCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGt > 2:174727/1‑198 (MQ=255) tCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCg > 1:381012/1‑51 (MQ=255) tCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACa > 1:732768/1‑147 (MQ=255) tCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGgatga > 1:213080/1‑239 (MQ=255) gattttGGC‑TTGCACCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 1:765483/62‑1 (MQ=255) gAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc > 2:765483/1‑65 (MQ=255) aTTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCa > 2:685524/1‑36 (MQ=255) aTTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCa < 1:685524/36‑1 (MQ=255) tGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTga > 1:370147/1‑67 (MQ=255) | AAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGC‑TTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGA > NC_000913/3665493‑3665920 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |