| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,720,069 | 0 | T | G | 73.5% | 284.1 / 152.4 | 170 | G7G (GGT→GGG) | cspA | RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/22); new base G (63/62); total (86/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGTATCGTAAAATGGTTCAACGCTGACAAAGGCTTCGGCTTCATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGATCCCTGCCATTTGGC > NC_000913/3719850‑3720304 | ttgtgccaccccccGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGTATCGTAAAATGGTTCAACg < 2:758047/228‑1 (MQ=255) ccGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGGATCGTAAAATGGTTCAACGCTGACAAAggct < 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NC_000913/3719850‑3720304 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |