| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,089,170 | T→G | V296G (GTC→GGC) | galP → | D‑galactose transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,089,170 | 0 | T | G | 98.4% | 212.1 / NA | 64 | V296G (GTC→GGC) | galP | D‑galactose transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (26/36); total (27/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GAAGCGAAACGCGAACTGGATGAAATCCGTGAAAGTTTGCAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGTCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGTGCCGGTCCGCTGATTTGGGTA > NC_000913/3088941‑3089399 | gAAGCGAAACGCGAACTGGATGAAATCCGTGAAAGTTTGCAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTggcggc < 1:250903/234‑1 (MQ=255) gAAACGCGAACTGGATGAAATCCGTGAAAGTTTGCAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCa < 2:605694/236‑1 (MQ=255) aaaCGCGAACTGGATGAAATCCGTGAAAGTTTGCAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTggcggc < 1:67937/228‑1 (MQ=255) gTGAAAGTTTGCAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGTCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCa > 1:388378/1‑236 (MQ=255) gAAAGTTCGAAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATTAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGAAAt < 1:715540/236‑1 (MQ=255) tGCAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCa > 1:150095/1‑204 (MQ=255) tGCAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCa < 2:150095/204‑1 (MQ=255) gCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTg < 1:26540/229‑1 (MQ=255) gCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTg < 1:527299/229‑1 (MQ=255) agcTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGACGCGCGGTGTGCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATTTATTACGCGACGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAAcc < 2:61086/234‑1 (MQ=255) aaGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCaacgctaacg < 1:493467/236‑1 (MQ=255) gagaACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCaacgctaacgct < 1:405469/236‑1 (MQ=255) 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cacTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGGACTCGGTACAATGATGCATATCGGTCTTCACTCTCCGCCGGCGCa > 2:78301/1‑189 (MQ=255) cttACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGGAATTGGCGGCCTGCCCAACTGACTTGCCACCTTTACCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCAt < 2:604968/234‑1 (MQ=255) ccGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGt > 1:457171/1‑236 (MQ=255) ccGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGAGGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGt > 1:316946/1‑236 (MQ=255) cAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGTGCCgg > 1:137385/1‑236 (MQ=255) tgt‑gGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGTGCCGGTCCg < 2:457171/236‑1 (MQ=255) t‑gGGGGACCGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGcc < 1:94942/58‑1 (MQ=255) t‑gGGGGACCGCGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGcc > 2:94942/1‑58 (MQ=255) gggcACCGTGATTGCCTGCCTGACCAACGTACTGGCCACCTTGATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGTGCCGGTCCGCTGa < 1:101625/236‑1 (MQ=255) ccGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGTGCCGGTCCGCTGATTTg > 2:656742/1‑235 (MQ=255) cGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGTGCCGGTCCGCTGATTTgg < 2:137385/235‑1 (MQ=255) cGTGATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCCCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTGGCCATGAGTGCCGGTCCGCTGATTTg > 1:567409/1‑234 (MQ=255) gATTGGCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGTGCCGGTCCGCTGATTTGGGTa < 1:656742/235‑1 (MQ=255) | GAAGCGAAACGCGAACTGGATGAAATCCGTGAAAGTTTGCAGGTTAAACAGAGTGGCTGGGCGCTGTTTAAAGAGAACAGCAACTTCCGCCGCGCGGTGTTCCTTGGCGTACTGTTGCAGGTAATGCAGCAATTCACCGGGATGAACGTCATCATGTATTACGCGCCGAAAATCTTCGAACTGGCGGGTTATACCAACACTACCGAGCAAATGT‑GGGGGACCGTGATTGTCGGCCTGACCAACGTACTTGCCACCTTTATCGCAATCGGCCTTGTTGACCGCTGGGGACGTAAACCAACGCTAACGCTGGGCTTCCTGGTGATGGCTGCTGGCATGGGCGTACTCGGTACAATGATGCATATCGGTATTCACTCTCCGTCGGCGCAGTATTTCGCCATCGCCATGCTGCTGATGTTTATTGTCGGTTTTGCCATGAGTGCCGGTCCGCTGATTTGGGTA > NC_000913/3088941‑3089399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |