| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,290,794 | A→C | I661L (ATC→CTC) | yraJ → | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,290,794 | 0 | A | C | 98.9% | 286.9 / NA | 89 | I661L (ATC→CTC) | yraJ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (42/46); minor base T (1/0); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTG > NC_000913/3290563‑3291021 | cAGATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTctcca < 1:87419/236‑1 (MQ=255) gATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTctcca‑tc > 1:453481/1‑236 (MQ=255) aCCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGCGGGTCTCCA‑TCCGCa > 2:546378/1‑236 (MQ=255) cGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCtctc > 2:530585/1‑236 (MQ=255) cGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGGGGTTCTCCACTCCCAATGCCG‑GACGCtctc > 2:285854/1‑236 (MQ=255) gCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCg < 2:552223/236‑1 (MQ=255) cccaacccaaCTTGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGct < 1:705821/231‑1 (MQ=255) cccaacccaaCATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGct < 1:170816/231‑1 (MQ=255) cccaacccaaCATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGct < 1:285854/231‑1 (MQ=255) cccaacccaaCATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGc < 1:546378/236‑1 (MQ=255) cccaacccaaCATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGc < 1:66251/236‑1 (MQ=255) cccaacccaaCATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGCATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAAGGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGc < 1:530585/236‑1 (MQ=255) caacccaacATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTTCA‑TCCTCATGGCGGGAAGCTCTCGcca > 2:311855/1‑234 (MQ=255) aacccaacATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTNCCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATTGCGTGACGCTCTCGCa > 1:174885/1‑234 (MQ=255) cacagcgtGAAATCCGTCTTAATGGCTCATTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAatat < 2:401911/229‑1 (MQ=255) ccaacATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATc > 1:688750/1‑236 (MQ=255) aTGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGc > 2:159957/1‑236 (MQ=255) aTGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCCCTCGCCATATCTGGGCAACGc > 1:79373/1‑236 (MQ=255) aTGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGGTCTCCA‑TCTTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTTGGCa > 1:654203/1‑232 (MQ=255) gtcGTGTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCaa < 2:79373/230‑1 (MQ=255) tCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCaa > 2:454072/1‑228 (MQ=255) tgGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAAc < 2:276021/236‑1 (MQ=255) tgGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCCTTTTCGCTTTACGATGCTAACggcg > 2:384971/1‑231 (MQ=255) tgGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGAAGCTCTCGCAATATATGGGCAACGCTTTTGTGCTTATCGATGCTAACGGAGCAt > 2:199584/1‑236 (MQ=255) tgGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGGGGTTCTCCA‑TACTCATGGCCTGACGCTCTCGCAATATCTTGGCCACGCTTTTTCGCTTATTGATGCTAACCGAGCAt > 2:435228/1‑236 (MQ=255) gCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGc > 2:301640/1‑236 (MQ=255) 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tGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCCATATCTGGGCGAAGCCTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAgggttc > 2:573568/1‑227 (MQ=255) ggAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCTTGAGGATACAAAAc > 2:405047/1‑235 (MQ=255) gAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TTCTCATGGCTTTACGCTCTCGCAAAAACTTGGCCACGCGTTTTAGCTTATCCATGCTAACGTAACATCTGGCGTGCGGATTCACAACTa > 2:701912/1‑236 (MQ=255) gAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCaa < 2:255006/182‑1 (MQ=255) gAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCaa > 1:255006/1‑182 (MQ=255) aaGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCg < 2:688750/235‑1 (MQ=255) aaGTCTGGATGACCATATCAACCAT‑ACAGTGAGCCGGAACGCCAGTTCCCGTTCACCGTATGGCCCCTTCAGGGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCg < 2:766824/235‑1 (MQ=255) tGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATc > 1:108225/1‑188 (MQ=255) tGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATc < 2:108225/188‑1 (MQ=255) gATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTg < 1:573568/235‑1 (MQ=255) cGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTctcca > 2:238797/1‑129 (MQ=255) cGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTctcca < 1:238797/129‑1 (MQ=255) cGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCg < 1:454072/236‑1 (MQ=255) gATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCg > 1:653529/1‑222 (MQ=255) gATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCg < 2:653529/222‑1 (MQ=255) caacCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCt < 1:742644/235‑1 (MQ=255) cATAACCGT‑AGCCTAAACGCCAGTTAACTGTCACCTTAGTGCCCCTTCAGTGCCGGATACAGCTCCGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTgg < 2:446115/236‑1 (MQ=255) aacatgaGCCTGAACCCCAGTTCCCGTTCCCCTTATGGCACCTTCAGGGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGNCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTgg < 2:174885/227‑1 (MQ=255) aCAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTAt > 1:218928/1‑236 (MQ=255) aGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATc < 2:582565/205‑1 (MQ=255) aGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATc > 1:582565/1‑205 (MQ=255) gT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATa < 1:8932/194‑1 (MQ=255) gT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATa > 2:8932/1‑194 (MQ=255) gT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCa > 1:201535/1‑236 (MQ=255) ccTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGGTTACAAACTATCCCGGGATTGCTTCCGATCCCTTTGGGCTTGCAGTg > 2:727858/1‑235 (MQ=255) cTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCa < 2:46734/231‑1 (MQ=255) cTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGt < 1:159957/233‑1 (MQ=255) tGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAatat > 1:629484/1‑134 (MQ=255) tGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAatat < 2:629484/134‑1 (MQ=255) aaCGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTcc > 1:367140/1‑236 (MQ=255) cAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCg < 2:560848/206‑1 (MQ=255) cAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCg > 1:560848/1‑206 (MQ=255) tCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTa > 1:338573/1‑236 (MQ=255) tCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCCGGGATTGCTACCGCACCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACCTa > 2:722948/1‑236 (MQ=255) aTGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGTTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGGGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGtt < 1:693991/212‑1 (MQ=255) gCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAAc < 2:201535/236‑1 (MQ=255) cTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTTCCGGCGGCGTGGGTCTCCA‑TTCTCATAGCGTGACGCTCTCGCAATTTCTTGGCAACGGTTTTGCGCTTATTGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGGGGGACCAAAACTCTTCGGGGAATGCTTCCCGTCCTCTTGTCTATGACGTGGGTccctcac > 2:693991/1‑207 (MQ=255) cTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGGGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGAACCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATTTCACAACGTATTAGGaa > 2:325244/1‑229 (MQ=255) tCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGtctc < 1:136933/236‑1 (MQ=255) tgcGGATACAGCTACGGTAATGACCGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGt < 2:338573/234‑1 (MQ=255) gCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACCATTACGGCGTTCCCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGt < 1:311855/236‑1 (MQ=255) ggATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGt < 2:98661/233‑1 (MQ=255) ggATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGt < 1:8003/233‑1 (MQ=255) aGCTGCGGTAATCGCAGCCGCCAATACCATTCCGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGAtacta < 2:270328/235‑1 (MQ=255) aGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTTGCTATGCAGTGGGTCCTTATCTCACAACTTATCAGGGAAAACGTCTCTCGGTAGAtactat > 2:197519/1‑235 (MQ=255) cTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTCGAtactac > 1:227465/1‑234 (MQ=255) cGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTAtctc > 2:623170/1‑193 (MQ=255) cGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTAtctc < 1:623170/193‑1 (MQ=255) gTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTg < 1:405047/236‑1 (MQ=255) aaTACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGAt > 1:139827/1‑236 (MQ=255) aTACAATTCCGGAGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATc < 2:519391/236‑1 (MQ=255) ttACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGtt > 1:390485/1‑160 (MQ=255) ttACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGtt < 2:390485/160‑1 (MQ=255) gttcacggcggCGTGGTTCGCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAaacaac < 2:218928/231‑1 (MQ=255) gTTACCGGCGGCGTTGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAaacaac < 1:727858/236‑1 (MQ=255) ttACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGaaccaac > 1:530775/1‑232 (MQ=255) ttACCGGCGGCGTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAAATTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGGTACTACCCAGATGACCGCTAACGTCGAACTTGaacaaac > 2:536307/1‑232 (MQ=255) cggcgTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTtg < 1:722948/236‑1 (MQ=255) ggcgTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTCGATACTACGCAGCTGCCCGGTAACGTCGATCTTGTACAAACAACACAGctttt > 2:411180/1‑234 (MQ=255) cgTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGCTAACGTCGAACTTTAACAAACAacaccgat > 2:602806/1‑227 (MQ=255) cgTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTtgtg < 1:602806/235‑1 (MQ=255) cgTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTtgtg < 1:536307/235‑1 (MQ=255) cgTGGTTCTCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTtgtg < 1:411180/235‑1 (MQ=255) | CAGATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGT‑AGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCA‑TCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTG > NC_000913/3290563‑3291021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |