| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 750,404 | +C | coding (1766/2448 nt) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 750,400 | 1 | . | C | 96.1% | 617.3 / 16.0 | 178 | coding (1770/2448 nt) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/4); new base C (88/83); total (91/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
ACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑C‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCAC > NC_000913/750301‑750494 | aCCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATg > 1:3839949/1‑100 (MQ=255) ccAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑c > 1:2818265/1‑100 (MQ=255) cAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑c‑c > 1:2153467/1‑100 (MQ=255) aGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑c‑cc < 1:1695929/100‑1 (MQ=255) aGAAATATCCCACTCACACGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGCCAGACATG‑c‑ca > 2:2978997/1‑99 (MQ=255) taaaTATCCCGCTCACCCGCTGAACTCAGGTGGTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGTTGGGATTGTAGTCCGGCAGACATG‑c‑cc‑c < 2:4284185/99‑1 (MQ=255) aaaTATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑c‑cc‑cc > 1:4493391/1‑99 (MQ=255) aaaTATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑c‑cc‑cc < 2:3336892/100‑2 (MQ=255) aaaTATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑C‑CC‑Ca < 1:1044183/100‑1 (MQ=255) aaTATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑c‑cc‑cca > 1:2951899/1‑98 (MQ=255) atatCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑c‑cc‑ccag > 2:2598794/1‑97 (MQ=255) aCTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTAc < 1:1757464/100‑1 (MQ=255) aCTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTAc < 1:3944716/100‑1 (MQ=255) cTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACg > 2:1766611/1‑100 (MQ=255) cTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACg > 1:3667477/1‑100 (MQ=255) cACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTGCGtt > 2:1379180/1‑100 (MQ=255) cACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGGTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGCATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGtt < 2:5373291/100‑1 (MQ=255) aCCCGCTGAACTCAGGTGCGGGTAGTTACCGCTCACCTGGGCGCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTGCGtta > 1:4749764/1‑99 (MQ=255) ccGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCAt < 2:4592490/100‑1 (MQ=255) cGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATc < 1:1397802/100‑1 (MQ=255) cGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATc > 2:1889896/1‑100 (MQ=255) cTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCa > 2:3509184/1‑100 (MQ=255) aaCTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCg < 1:2524907/100‑1 (MQ=255) aCTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGAAATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGt > 1:2443706/1‑100 (MQ=255) cTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTa > 2:4935460/1‑100 (MQ=255) tCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTAt < 1:2013585/100‑1 (MQ=255) ggTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGt > 2:4722314/1‑100 (MQ=255) ggTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGt > 2:1362401/1‑100 (MQ=255) gTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGtt < 1:1954822/100‑1 (MQ=255) gCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTcc > 2:5344118/1‑100 (MQ=255) cTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCa < 2:1934534/100‑1 (MQ=255) cTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCa > 1:4095589/1‑100 (MQ=255) cTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑C‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCAc < 1:32628/100‑1 (MQ=255) tGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCAc > 1:1605463/1‑100 (MQ=255) tGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCAc < 1:1857045/100‑1 (MQ=255) tGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCAc > 2:4681612/1‑100 (MQ=255) tGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑C‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACg > 1:1424199/1‑100 (MQ=255) tAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGAc < 1:1786978/100‑1 (MQ=255) aGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACa > 1:967421/1‑100 (MQ=255) gTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACAt < 2:4536301/100‑1 (MQ=255) gTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACAt > 1:4226362/1‑100 (MQ=255) tACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGc < 1:3376267/100‑1 (MQ=255) tACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGc > 1:3326414/1‑100 (MQ=255) tACCGCACACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTTCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGc > 2:5071278/1‑100 (MQ=255) naCCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTCTTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGc > 1:1907508/2‑100 (MQ=255) aCCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCg > 1:1654517/1‑100 (MQ=255) ccGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCgg > 2:2724230/1‑100 (MQ=255) ccGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCgg > 1:4385811/1‑100 (MQ=255) 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gACATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGacca > 1:2979021/1‑100 (MQ=255) aCATGCC‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGaccac < 1:275869/100‑1 (MQ=255) aCATG‑C‑CCACAGGTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTTCCCGACATGGGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGaccac < 2:4755492/100‑1 (MQ=255) | ACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATG‑C‑CC‑CAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCAC > NC_000913/750301‑750494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |