| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,014,506 | T→G | Q184H (CAA→CAC) | yqeC ← | putative selenium‑dependent hydroxylase accessory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,014,506 | 0 | T | G | 96.0% | 581.0 / 3.2 | 174 | Q184H (CAA→CAC) | yqeC | putative selenium‑dependent hydroxylase accessory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base G (80/87); total (82/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TTGAGAAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGTTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATGTC > NC_000913/3014407‑3014600 | ttGAGAAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGt < 1:4853065/100‑1 (MQ=255) gagaAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTg < 1:988265/100‑1 (MQ=255) gaAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTACACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCCCAGGTGCa > 1:5302258/1‑100 (MQ=255) gaAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCa > 2:3030528/1‑100 (MQ=255) aaaaCGGTTAATTAACCATACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAg < 2:4147254/100‑1 (MQ=255) cGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTg < 2:2681134/100‑1 (MQ=255) tgTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGc < 1:4187564/99‑1 (MQ=255) ggTTAATCAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGc < 1:4938767/100‑1 (MQ=255) gTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGGTCGCTCAGGTGCAAGGTTGCa < 2:828259/100‑1 (MQ=255) gTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCa < 2:1335349/100‑1 (MQ=255) ttAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCCAGGTTGCAt > 1:2026362/1‑100 (MQ=255) tAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATc < 1:3720574/100‑1 (MQ=255) aTGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTCCATCAg > 1:2662125/1‑100 (MQ=255) tGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAgg > 1:3115157/1‑100 (MQ=255) gAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTCCATCAGgt > 1:4022895/1‑100 (MQ=255) aaCCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGgtg < 1:599283/100‑1 (MQ=255) aaCCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGgtg < 1:2619082/100‑1 (MQ=255) aaCCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGGTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGgtg < 1:1042637/100‑1 (MQ=255) aCCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGTTGCAAGGTTGCATCAGgtgt < 1:3952817/100‑1 (MQ=255) ccAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGtt < 1:4325085/100‑1 (MQ=255) aGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTaa < 2:1442180/100‑1 (MQ=255) gACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAAc < 1:2828281/100‑1 (MQ=255) cTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAAccc < 1:312500/100‑1 (MQ=255) cTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAAccc < 2:4889599/100‑1 (MQ=255) cGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCgg > 2:2027603/1‑100 (MQ=255) gCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGt < 2:4739092/100‑1 (MQ=255) ccGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTa > 2:329699/1‑100 (MQ=255) ccGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTa < 1:445118/100‑1 (MQ=255) gACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAat < 1:1416596/100‑1 (MQ=255) aCAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAata < 2:3806817/100‑1 (MQ=255) aCAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAACGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAata < 2:1189412/100‑1 (MQ=255) cAAACTTGCGGTACGTTTTTAAACGCTCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGTTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAatat > 2:1266256/1‑100 (MQ=255) ncTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAg > 2:4713866/2‑100 (MQ=255) ccTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAg < 2:814606/100‑1 (MQ=255) ccTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAg < 1:1449873/100‑1 (MQ=255) ccTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAg < 1:1635824/100‑1 (MQ=255) cTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGc < 1:1093500/100‑1 (MQ=255) cTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGc < 1:4530739/100‑1 (MQ=255) ttGCAGTACGTTTTAAAATTCCCGCTTAGGGTGGCGAACAGGCGTATCGAGATCGCACAGTTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTATCCCGCAAATCTCAgta < 2:5096321/100‑3 (MQ=255) gCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCaaa > 2:550389/1‑100 (MQ=255) cGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCTTCCGGTGTTACCCCTGTAACATCAGCacac > 1:5356541/1‑100 (MQ=255) aCGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTACCCCGTTAACATCCGCAAACTGCg > 1:4346097/1‑100 (MQ=255) aCGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTCTTAACCCGTTAATATCAGCACACTGCg > 1:3837599/1‑100 (MQ=255) cGTTTTTAAACGCCCCTTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCGGGTGTTAACCCGGTGCTATCAGCAAACTGCGa > 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tAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCg < 1:2172976/100‑1 (MQ=255) tAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCg < 2:3976489/100‑1 (MQ=255) aaaCGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGa > 2:2167963/1‑100 (MQ=255) aaaCGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGa > 2:1842544/1‑100 (MQ=255) aaCGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGAt > 2:772247/1‑100 (MQ=255) aaCGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCCAt > 2:1708442/1‑100 (MQ=255) aCGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATg < 1:4182038/100‑1 (MQ=255) aCGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATg < 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tGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACAtttt > 2:4243374/1‑100 (MQ=255) gAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAGCTGCGACCAGCGATGGACATTTTc < 2:5153406/100‑1 (MQ=255) aGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCACTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCt < 2:1803194/100‑1 (MQ=255) gggTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTGAACCCGGTAATATCATCAAACTGCGACCAGCGATGGCCATTTTCtg > 1:1541062/1‑100 (MQ=255) gTGGCGAACCAGCGCAACGAGATAGCTCAGGTGAAAGGTTGAATCAGATGTTAACACGGTAATATCAGATAACTGCGACCTGAGATGGACATATTCtgtc > 2:531363/1‑99 (MQ=255) ggCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCt < 2:2350361/100‑1 (MQ=255) ggCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCt > 1:1233586/1‑100 (MQ=255) ccaaCCAGCGCAACAAGATCGCTCAGGTGCAAGAGTGCATCATGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCTACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCa < 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1:1283234/100‑1 (MQ=255) gaTCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGt > 1:1913822/1‑100 (MQ=255) gaTCGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGt < 1:3173881/100‑1 (MQ=255) cGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATg > 1:57839/1‑100 (MQ=255) cGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATg > 1:47146/1‑100 (MQ=255) cGCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATg < 1:1754760/100‑1 (MQ=255) gCTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATGt < 1:520816/100‑1 (MQ=255) cTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCGCTTTCGCGCCCAAGGTAGGtc > 2:4408257/1‑100 (MQ=255) cTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATGtc > 1:2317155/1‑100 (MQ=255) cTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATGtc > 1:325201/1‑100 (MQ=255) cTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATGtc < 2:2598974/100‑1 (MQ=255) cTCAGGTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATGtc > 1:5422671/1‑100 (MQ=255) | TTGAGAAAAACGGTTAATGAACCAGACTCGCCGACAACCTTGCGGTACGTTTTTAAACGCCCCCTGAGGGTGGCGAACCAGCGCAACGAGATCGCTCAGTTGCAAGGTTGCATCAGGTGTTAACCCGGTAATATCAGCAAACTGCGACCAGCGATGGACATTTTCTGTGCTCACTTTCGCGCCCAAAGTATGTC > NC_000913/3014407‑3014600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |