| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 564,046 | T→G | S145S (TCA→TCC) | sfmZ ← | response regulator family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 564,046 | 0 | T | G | 98.5% | 696.0 / 0.3 | 195 | S145S (TCA→TCC) | sfmZ | response regulator family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base G (101/91); total (101/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TGCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTTGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAA > NC_000913/563949‑564142 | tGCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGCTAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGa < 1:5245891/100‑1 (MQ=255)tGCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGa > 1:5397656/1‑100 (MQ=255) gCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGaa > 2:5085555/1‑100 (MQ=255) gCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGaa > 1:1525199/1‑100 (MQ=255) cTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATATTCCGCTAATCAGATAACGTAATATGGTTACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAAc < 1:5179064/100‑1 (MQ=255) cTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAAc > 1:740779/1‑100 (MQ=255) 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attaGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTtata > 1:1315486/1‑100 (MQ=255) attaGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTtata > 1:3322492/1‑100 (MQ=255) taGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTtatata > 2:3194993/1‑100 (MQ=255) gATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGt < 2:1992354/100‑1 (MQ=255) tAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTa > 2:3829737/1‑100 (MQ=255) aaTCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTaa > 1:3100825/1‑100 (MQ=255) aTCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTATATAGCACAGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAg < 1:64354/100‑1 (MQ=255) aTCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAg > 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1:1584992/1‑100 (MQ=255) acaGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACgg > 1:4574512/1‑100 (MQ=255) caGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGc > 2:4875362/1‑100 (MQ=255) caGTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGc > 1:5479697/1‑100 (MQ=255) gTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCAt > 2:3144985/1‑100 (MQ=255) gTGACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTACATTGTTAATCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGCGGATCATCTGAACGGCAt > 2:1850130/1‑100 (MQ=255) gACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGa < 1:3594516/100‑1 (MQ=255) gACCGTGGAACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGa > 2:5141995/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |