| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,064,004 | T→G | intergenic (‑229/‑32) | cbpA ← / → yccE | DnaK co‑chaperone; curved DNA‑binding protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,064,004 | 0 | T | G | 98.6% | 752.7 / ‑4.7 | 219 | intergenic (‑229/‑32) | cbpA/yccE | DnaK co‑chaperone; curved DNA‑binding protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base G (112/103); total (115/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CGCCATCAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGTCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATGGAATTAGTTGCACTGCAAATAATTATTTGAAACAGGCCTGGAACGATAT > NC_000913/1063907‑1064103 | gCCATCAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCat > 2:2112234/1‑100 (MQ=255) ccATCAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCatt > 1:2314834/1‑100 (MQ=255) ccATCAAGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCatt > 2:1251862/1‑100 (MQ=255) cAAGATGGGTTGCTGAACATATTAAAAAAAAAAAAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCAttattt < 2:2611033/100‑1 (MQ=255) aaGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTCAGTGTAACTAGGGCGGCAttattta > 2:5196971/1‑100 (MQ=255) aaGATGGGTTGCTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGATGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCAttattta > 2:42401/1‑100 (MQ=255) 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cTGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTtat > 1:2806986/1‑100 (MQ=255) tGAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTtata < 2:1634873/100‑1 (MQ=255) naaCATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAg > 1:4435551/2‑100 (MQ=255) gAACATATTTTAAACAGGTGAAAACGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCTTTATTTATTAAATTTTATAg > 2:1139155/1‑100 (MQ=255) gAACATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTGGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAg > 1:5074621/1‑100 (MQ=255) aCATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGAc > 2:1298351/1‑100 (MQ=255) aCATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGAc > 1:3546499/1‑100 (MQ=255) cATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTTATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACg > 2:3560999/1‑100 (MQ=255) cATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACg < 1:4158362/100‑1 (MQ=255) cATATTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACg > 1:1586426/1‑100 (MQ=255) atatTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGc > 2:1541905/1‑100 (MQ=255) tatTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCt < 1:1404592/100‑1 (MQ=255) atTTTAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCta > 2:4879504/1‑100 (MQ=255) ttAAACAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCtatat > 1:1477879/1‑100 (MQ=255) aaaCAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTatatat > 2:1447919/1‑100 (MQ=255) aaCAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGTCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATg < 1:5516894/100‑1 (MQ=255) cAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCATGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATggg < 2:2975647/100‑1 (MQ=255) cAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATggg > 1:1510685/1‑100 (MQ=255) cAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATggg < 1:3664930/100‑1 (MQ=255) cAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATggg > 1:10765/1‑100 (MQ=255) cAGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATggg > 2:3749684/1‑100 (MQ=255) aGGTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTCAACCAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGGCGCTATATATGGgt < 1:4891859/100‑1 (MQ=255) ggTGAAAAAGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGgta > 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aaaaaGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTaa < 1:3382022/100‑1 (MQ=255) aaGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAatat > 2:2942875/1‑100 (MQ=255) aaGGGTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAatat < 1:1154517/100‑1 (MQ=255) gggTGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATAc > 1:4617109/1‑100 (MQ=255) gggTGACCGCTTTTTGATACTTGCACCAGGCACTTTAAGTTGAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTTTAGACGCTATATATGGGTACTAATATAc < 1:3784431/100‑1 (MQ=255) tGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATg < 2:4559948/100‑1 (MQ=255) tGAGCGATTTTTGATAGTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATg < 2:1987511/100‑1 (MQ=255) gAGCGATTTTTTATATTTGAACCAGGCACTTTAAGTTTAACTAGGGCGGCATTATTTATTAAATTTTATAGACGCTATATATGGGTAGTAATATACATgg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |