| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,467,477 | A→C | pseudogene (2086/2513 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,467,477 | 0 | A | C | 96.5% | 686.5 / 5.9 | 203 | pseudogene (2086/2513 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/3); new base C (96/100); total (100/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TGCGAATACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTG > NC_000913/1467383‑1467573 | tGCGAATACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAAc < 2:2467612/100‑1 (MQ=255)tGCGAATACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAAc < 1:4098929/100‑1 (MQ=255)tGCGAATACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTATCAAc > 2:3282304/1‑100 (MQ=255) gAATACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGtt < 1:4915701/100‑1 (MQ=255) tACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTAc < 2:2146915/100‑1 (MQ=255) tACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTAc < 1:2399515/100‑1 (MQ=255) tACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTAc > 1:2361844/1‑100 (MQ=255) tACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTAc < 2:2942452/100‑1 (MQ=255) aCAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACg > 2:2009278/1‑100 (MQ=255) aGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGCCAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGc < 2:2515002/100‑1 (MQ=255) aGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGc < 1:4577050/100‑1 (MQ=255) tGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAg < 2:234512/100‑1 (MQ=255) gAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGt < 2:1519784/100‑1 (MQ=255) gAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGt > 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tGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAAc < 1:3416989/100‑1 (MQ=255) tGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAAc < 2:209481/100‑1 (MQ=255) tGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAAc > 1:900827/1‑100 (MQ=255) ggTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACg < 1:4764897/100‑1 (MQ=255) ggTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACg < 1:3916973/100‑1 (MQ=255) gTAACGTTCTGGTTGATACGGCTATAACCGCAGACAATGAGGCGGTATATTTCTTCGATACATCCGTGGGTCTAAAAGTTTCCGGCAGTGATCCTAACGt > 2:1356617/1‑100 (MQ=255) gTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGt < 2:2827071/100‑1 (MQ=255) gTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGt > 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ttGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCtggatgg < 1:2279613/100‑1 (MQ=255) tGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCtggatgga > 1:2087908/1‑100 (MQ=255) tAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAg > 2:4869431/1‑100 (MQ=255) aaGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGt < 1:4319350/100‑1 (MQ=255) ggATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATGATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTa < 2:4900102/100‑1 (MQ=255) aTAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAAc > 2:1652783/1‑100 (MQ=255) aTAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAAc > 1:87956/1‑100 (MQ=255) aaaCCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACtgt > 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gTGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAatttat < 2:1640377/100‑1 (MQ=255) tGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAatttatt < 1:1374673/100‑1 (MQ=255) tGGGTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAatttatt > 2:3430092/1‑100 (MQ=255) ggTCTCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTg < 2:1574925/100‑1 (MQ=255) | TGCGAATACAGTGAATATCACTGGTAACGTTCTGGTTGATAAGGATAAAACCGCAGACAATGCGGCGGAATATTTCTTCGATCCATCCGTGGGTATCAACGTTTACGGCAGTGATAATAACGTGACGCTGGATGGAAAGTTAACTGTTGTATCAGACAGTGAGGTTACTTCTCGTCAGAGTAATTTATTTG > NC_000913/1467383‑1467573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |