New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 2560906 =151 (0.960)19 (0.170)
+TTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCA		 11/144 14.3 16.4% intergenic (+8/‑462) yffL/yffM CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein
?NC_000913 2560978 = 115 (0.730)intergenic (+80/‑390) yffL/yffM CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

ATTAAGGCAAAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  NC_000913/2560941‑2560906
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTA‑A‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG  >  NC_000913/2560978‑2561029
                                    |||||||||||||||||||||||||||                                                      
ATTAAGGCAAAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTTGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAG                  >  2:936969/1‑100
     GGCAAAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCC             >  2:2593630/1‑100
     GGCAAAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCC             >  1:980631/1‑100
        AAAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTT          >  2:1259711/1‑100
        AAAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTT          >  1:2001367/1‑100
         AAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GTTGGGTCAGAAGTTGCCGTTA         >  2:3586773/1‑100
         AAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTA         >  1:1421091/1‑100
         AAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTA         >  1:1708587/1‑100
          AGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAA        >  1:1219967/1‑100
           GAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAG       >  1:859380/1‑100
           GAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAG       >  1:1938567/1‑100
            AAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGG      >  1:1607018/1‑100
             AAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT     >  2:1036885/1‑100
             AAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT     >  2:3309485/1‑100
             AAAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTA‑GTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT     >  1:2999716/1‑100
              AAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTGTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTG    >  2:3186137/1‑100
              AAGGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTG    >  1:2969479/1‑100
                GGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG  <  1:957016/100‑1
                GGCGGGAACATTGCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGT‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG  >  2:3119402/1‑100
                                    |||||||||||||||||||||||||||                                                      
ATTAAGGCAAAGAAAAGGCGGGAACATTGCCCGCCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  NC_000913/2560941‑2560906
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTA‑A‑GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG  >  NC_000913/2560978‑2561029

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.