| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,343,516 | A→C | intergenic (‑188/+81) | osmB ← / ← yciT | osmotically and stress inducible lipoprotein/global regulator of transcription; DeoR family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,343,516 | 0 | A | C | 96.8% | 623.7 / 4.6 | 188 | intergenic (‑188/+81) | osmB/yciT | osmotically and stress inducible lipoprotein/global regulator of transcription; DeoR family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/3); new base C (82/100); total (85/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CTGCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAAATAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGTCAACGACG > NC_000913/1343420‑1343612 | cTGCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAg > 1:2907205/1‑100 (MQ=255) tGCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGt > 2:3925716/1‑100 (MQ=255) tGCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATACCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGt > 1:1995052/1‑100 (MQ=255) gCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATACACGGTAACTAggc > 2:3645201/1‑98 (MQ=255) gCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTc > 2:879077/1‑100 (MQ=255) gCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGGGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTc < 2:707246/100‑1 (MQ=255) cTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCt < 2:1615849/100‑1 (MQ=255) cgcgcAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAAt < 1:2867134/100‑1 (MQ=255) cgagcAGGGTTATAGCACGAAGGTGATAATGAATTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAAt < 2:356901/97‑1 (MQ=255) ctcAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTa < 2:283852/98‑1 (MQ=255) cgcAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTa > 2:3963036/1‑100 (MQ=255) cgcAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTa < 1:4040952/100‑1 (MQ=255) cgcAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTa < 1:535792/100‑1 (MQ=255) cAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTaag > 1:288575/1‑98 (MQ=255) aGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCa < 2:2582781/100‑1 (MQ=255) aGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCa < 1:584727/100‑1 (MQ=255) gggTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCaa < 2:1173958/100‑1 (MQ=255) gggTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCaa > 1:1603404/1‑100 (MQ=255) ggTTATATCACGAAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAAc < 2:533557/100‑1 (MQ=255) tatCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGa > 2:3421658/1‑100 (MQ=255) tatCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGa > 1:2269275/1‑100 (MQ=255) tCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAat > 1:2710593/1‑100 (MQ=255) tCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAat < 1:2573443/100‑1 (MQ=255) tCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAat > 2:3720721/1‑100 (MQ=255) aCGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAatca > 2:1039931/1‑100 (MQ=255) aCGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAatca < 2:2060170/100‑1 (MQ=255) cGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAatcat > 1:1686852/1‑100 (MQ=255) gCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAatcatc < 2:809962/100‑1 (MQ=255) cAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCt > 1:2126480/1‑100 (MQ=255) ggTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTTATAATAATTTTATATCTTGAGAATGTTAATACCAAGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTa < 2:3033261/100‑1 (MQ=255) ggTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAGCCAGGAATCATCTTa > 2:2232275/1‑100 (MQ=255) ggTGATAATGACTTCCTGTTATATCACTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAAGAATCATCTTa > 2:3193165/1‑100 (MQ=255) gTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTag > 1:1043341/1‑100 (MQ=255) gTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTag < 1:482665/100‑1 (MQ=255) tGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTaga > 2:1302394/1‑100 (MQ=255) gATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTagag > 2:399866/1‑100 (MQ=255) gATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTagag > 1:3605209/1‑100 (MQ=255) aTAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGc < 1:402746/100‑1 (MQ=255) tAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATGATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCg < 2:1715043/100‑1 (MQ=255) tAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAAATAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCg < 2:1640649/100‑1 (MQ=255) tGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGgat > 1:570028/1‑100 (MQ=255) gACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGgatg < 1:660499/100‑1 (MQ=255) gACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGgatg < 1:2513551/100‑1 (MQ=255) aCTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGgatga < 2:409226/100‑1 (MQ=255) aCTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGgatga > 1:989247/1‑100 (MQ=255) attCCTGGTATATGGCTGCTAATAATTTTGTATCTTAAGAGTGTTAATAACAGGTATATAGTCTTAATTATCAACCAGGAATGATGTTACAGCGcatgat > 2:3295615/2‑100 (MQ=255) ccTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTg > 2:1156914/1‑100 (MQ=255) cTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGc > 2:2513929/1‑100 (MQ=255) tGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGcc > 1:1049565/1‑100 (MQ=255) gTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCa > 1:1463496/1‑100 (MQ=255) tataTCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAAATAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCaaa > 2:2138611/1‑100 (MQ=255) atatCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAAc > 2:3347591/1‑100 (MQ=255) atatCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGGGTTAATAACAGGTAACTAGTCATAATTATCAACGACGAATAACCTGAGAGCGGATGATTTGCGAAAc > 2:350799/1‑100 (MQ=255) tCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTGATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGc > 2:3696425/1‑100 (MQ=255) tCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGc > 2:3444470/1‑100 (MQ=255) tCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGc < 1:1407847/100‑1 (MQ=255) cGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCa > 1:1179739/1‑100 (MQ=255) cGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCa < 1:3647996/100‑1 (MQ=255) gCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCACCCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCaa < 2:3676362/100‑1 (MQ=255) tGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAat < 1:1284994/100‑1 (MQ=255) ataataATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAatca > 1:750272/1‑100 (MQ=255) taataaTTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAatcat < 1:1738730/100‑1 (MQ=255) taataaTTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAatcat > 2:2765729/1‑100 (MQ=255) aataatTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAatcatc > 1:455131/1‑100 (MQ=255) aataatTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAatcatc > 1:2525775/1‑100 (MQ=255) taatTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCg < 1:1357849/100‑1 (MQ=255) 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gagTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATgg > 2:1211631/1‑100 (MQ=255) gagTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATgg < 2:3590170/100‑1 (MQ=255) gagTGTTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATgg < 1:3207507/100‑1 (MQ=255) tgtTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTa < 1:2149388/100‑1 (MQ=255) tgtTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTa < 2:1840495/100‑1 (MQ=255) gtTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTaa > 1:2090118/1‑100 (MQ=255) gtTAATAACAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTaa < 2:3267666/100‑1 (MQ=255) taataaCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAAt > 2:1923238/1‑100 (MQ=255) taataaCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAAt > 2:1253362/1‑100 (MQ=255) aataaCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAGATGGTTAAATg > 2:3198511/1‑100 (MQ=255) aataaCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATg < 2:1005472/100‑1 (MQ=255) ataaCAGGTAACTAGTTTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATTCGTAGAGAAGGCAAATGGTTAAATGt > 2:572634/1‑100 (MQ=255) ataaCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGt > 2:2424195/1‑100 (MQ=255) taaCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGTc > 1:2386510/1‑100 (MQ=255) taaCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGTc < 1:716118/100‑1 (MQ=255) taaCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGTc > 2:1378670/1‑100 (MQ=255) aCAGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGTCaa > 1:3570160/1‑100 (MQ=255) aGGTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGTCAacg < 1:2801648/100‑1 (MQ=255) ggTAACTAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGTCAacga > 2:2794157/1‑100 (MQ=255) | CTGCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAAATAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAAACTGCAAATCATCCGTAGAGAAGGGAAATGGTTAAATGTCAACGACG > NC_000913/1343420‑1343612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |