| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,548,033 | 0 | T | G | 29.5% | 129.6 / 11.5 | 61 | V454G (GTG→GGG) | murP | N‑acetylmuramic acid permease, EIIBC component, PTS system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/34); new base G (17/1); total (26/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.45e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGGGCGTTGGTGAACCGCTGATTTACGGTGTCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCGCTGGATTAGCCAGCAAGTTGATGTCGGTTATCCC > NC_000913/2547799‑2548269 | tgGGCGGTGGTGAACCGCTGATTTACGGTGTCACCCGGCCCCGAATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCa < 1:1083287/239‑1 (MQ=255) cccGCTGATTTACGGTGTCCCCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTCCCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑ggg < 1:1288129/237‑1 (MQ=255) cTGATTTACGGTGTCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCCTGGCGGCTTATGCT‑TGTGGGGTGTTT‑GGG‑GGCAT‑GGG‑TTGC‑GGGGTTAt > 2:1243790/1‑239 (MQ=255) cTGATTTACGGTGTCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGGTTTTGCT‑GGCGGGGT‑TTT‑GGT‑GGCCT‑GGGGTTGC‑GGGttttt > 1:488161/1‑237 (MQ=255) gggtgcccccTGCCCCGAATGAGGCCGTTGGTTCCCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGGTAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTcaccac < 2:320736/232‑1 (MQ=255) tCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TTTGGGG‑GGCTT‑GGGTTTCG‑GGGTTTTTTTTC‑CCACGc > 1:320736/1‑237 (MQ=255) ccccGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCCTGGCGGTTTTTGCT‑TGCGGGGT‑TCT‑TGG‑GGCCT‑GGGGTTGC‑GGGGTTTTTTTCTCCCCCCTCtttt > 1:157330/1‑234 (MQ=255) ccccGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCCTGGCGGGTTTTGCT‑GGCGGGGG‑TCT‑TGTGGGGTT‑GGGTTTTG‑GGGTTT‑TTTTTACCACGCTCcttt > 2:73909/1‑234 (MQ=255) cgtggcgCCGTGTGTTCCCGCCTGGTTGGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGt < 2:1220382/232‑1 (MQ=255) cATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGGTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGCATGGGGTTTGG‑GGGTTT‑TTTTTACCACGCCCTTTGGGTGCCgca > 1:1220382/1‑237 (MQ=255) cATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGGCCGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGGCTGGTAGCGCTGCCGCTGAGGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGGTTATGATGGGGGGGGT‑GTT‑GGG‑GGGAT‑GGGGTTCG‑GGGGTTTTTGTCACCACGCCCTTTggtgg > 2:280459/1‑232 (MQ=255) gtgtcggCCTGTTGAGGCGTCGTCGCGGGCGTTTTGTTTATCTGTCTGATAGCGTGGTGGGGTCGACCGATGGGCTTAAACAGCGCGTTTGGGCCGGCTTGTCTGGTAGCGCTGCGGCTGATTGCTTCCGCACACGGCTTCCTTCCGGCCATGGCGATTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GTT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACCCTATTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGa < 2:198382/233‑1 (MQ=255) ttcccGCCTGTTTGGGGGGGGCGGGGGGGGGTTTTTTTATCGGCCTGGTAGCCTGGGGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGa < 2:1381426/235‑1 (MQ=255) 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cggTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGTTTTATTTTCACCACTCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTa < 1:862440/238‑1 (MQ=255) aTAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGTCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTAtt < 1:1130658/153‑1 (MQ=255) ggggTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGGAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TGT‑TGG‑GGGAT‑TGGGTTGG‑GGGGTTTTTTTTACCCCGc > 2:1130658/1‑153 (MQ=255) tGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGCAT‑GGGGTTGC‑GGGTTTTTTTTCACCACGCTCTTTTGCTGCCCTAACGTCAATCTGGGCTGATATCATTAAAAGTGCAAAGCCCCTTCTTTTTCTTCTGGGTTGTAGTTTTAGGGttatgg > 2:916387/1‑233 (MQ=255) tGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGa < 1:1005516/193‑1 (MQ=255) gCTTAAACAGCGCCTTTGGGCTGGCTGTTCTGGTCGCGCTGCCGCTGATGCCTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAgcg < 1:1348928/229‑1 (MQ=255) gCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACg < 1:1403888/156‑1 (MQ=255) gCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCa < 1:1242618/175‑1 (MQ=255) 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cgcCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑TGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGGTTATTTTTACCACGCTCTTTGGCTGCCGGAACGTCAATCTGGGCTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTTGCGTCAGCGCCGCAAAAAACCCTgg > 2:226372/1‑234 (MQ=255) cgcCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAG‑TCT‑GGG‑GGAAT‑GGGGTTGG‑GGGGTTATTTTCAACAAGCTCTTTGGCGGCCGGAACGTGAATATGGGTTGATATCATGTAACAGACAAAGCTCTTTCTTTCTCTGCGGGCCGTTAGTTGTAGGGTGAGAGCCGCCAAATa > 2:1348928/1‑229 (MQ=255) cgcCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGGTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑TGG‑GGCAT‑GGGGTTTC‑GGGGTTTTTTTTCCCACGCCCTTTTGGTGCCGGAACGGCAATTTGGGCTTGTATCATTAAACGGAAAAAGCTCTATCTTTTTCTTCTCGCTGTTTGTTTTAGAGTCAGCGCCGCGAAATATCCCGttttt > 2:1268039/1‑236 (MQ=255) cTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTcacc < 1:444130/121‑1 (MQ=255) tctggtctggTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCCAAATACCCCGTTCTGACAGAAAGCTCg > 1:1159856/1‑238 (MQ=255) tctggtctggTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGCAT‑GGGGTTGC‑GGGGTTTTTTTTACCACGCCCTTTg > 2:444130/1‑121 (MQ=255) tctggtctggTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGG‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGGTTATTTTTACCACGCTCCTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACACTGTTCTTACCGACAGCTCg > 2:142314/1‑238 (MQ=255) tggtAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATAc < 1:1341205/210‑1 (MQ=255) 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cGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGT‑GGCCT‑GGGGTTGC‑GGGTTTTTTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGGAACGTCCATCTGGGCTGATATCAt > 1:823415/1‑104 (MQ=255) cGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TTT‑GGT‑GGGAT‑GGGGTTGG‑GGGGTTATTTTCACCACGCTCTTTGGGTGCCGTAAAGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTa > 1:479518/1‑122 (MQ=255) aTGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGGT‑TCT‑GGG‑GGGAT‑GGGGTTGC‑GGGGTTTTTTTTACCACGCTCTTTGGCGGCCGTAAAGTCAAt > 2:950036/1‑84 (MQ=255) cT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCGCTGGATTAGCCAGCAAGTTGATGTCGGTTATc < 1:226372/239‑1 (MQ=255) t‑ggt‑ggCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCGCTGGATTAGCCAGCAAGTTGATGTCGGTTATcc < 1:916387/239‑1 (MQ=255) t‑ggt‑ggCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCGCTGGATTAGCCAGCAAGTTGATGTCGGTTATcc < 1:192350/239‑1 (MQ=255) gt‑ggCAT‑GGGTTTGC‑GGGGTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCCCGCCAGAGGAAACAGGGGTTAACGTCGAACGGCTTCACCAGAAGGATTGTTGGATTAGCCACGAAGTTGATGTCGGtttaccc > 2:651197/1‑233 (MQ=255) t‑ggCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCGCTGGATTAGCCa < 1:920795/215‑1 (MQ=255) t‑ggCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCGCTGGATTAGCCa > 2:920795/1‑215 (MQ=255) | TGGGCGTTGGTGAACCGCTGATTTACGGTGTCACCCTGCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGGCGGTTTATGCT‑GGCGGGAT‑TCT‑GGT‑GGCAT‑GGGTTTGC‑GGGTTTATTTTCACCACGCTCTTTGGCTGCCGTAACGTCAATCTGGACTGATATCATGAAACGGACAATGCTCTATCTTTCTCTGCTGGCTGTTAGTTGTAGCGTCAGCGCCGCAAAATACCCTGTTCTGACAGAAAGCTCGCCAGAGAAAGCAGGGTTTAACGTCGAACGGCTTAACCAGATGGATCGCTGGATTAGCCAGCAAGTTGATGTCGGTTATCCC > NC_000913/2547799‑2548269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |