| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,946,246 | 0 | G | A | 34.1% | 237.5 / 173.3 | 213 | noncoding (2543/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/70); new base A (19/53); total (88/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
GGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTG > NC_000913/3946148‑3946326 | ggATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTTGCACCTCGATGTCGGCTAATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAgg < 1:1533395/99‑1 (MQ=16) ggATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAgg < 1:1509867/99‑1 (MQ=34) ggATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAgg < 1:2399931/99‑1 (MQ=34) aaCAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTAt < 2:2153664/99‑1 (MQ=33) aaCAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTAt > 1:5016732/1‑99 (MQ=33) cAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATgg < 2:1891723/99‑1 (MQ=33) cAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATgg < 2:4513265/99‑1 (MQ=21) tGATACCGCCCAAGAGTTCATCTAGACGGCGGTATTAGGCACCTCGATATCGGCTCAACACATCATGGAGCAGCTGCAGGCCCGAAGGGTACGGCA‑Gtt > 2:4360720/1‑99 (MQ=2) tGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑Gtt < 2:3190784/99‑1 (MQ=33) tGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑Gtt > 1:2564625/1‑99 (MQ=34) gATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTc > 1:2550696/1‑99 (MQ=34) gATACCGCCCAAGAGTTCATAGCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTc < 2:4413446/99‑1 (MQ=18) aCCGCCCAAGGGTTCATATCGACGGTGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGTTATGGCT‑GTTCGct < 2:1131738/99‑2 (MQ=11) aCCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGcc < 1:1688418/99‑1 (MQ=33) ccGCCCAAGAGTTCATATCTACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCa < 2:4601907/99‑1 (MQ=21) ccGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCa > 2:3672674/1‑99 (MQ=33) cccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAGGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCAttt > 2:1110361/1‑99 (MQ=18) ccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGCATGGCT‑GTTCGCCATTTa > 1:4946381/1‑99 (MQ=18) cAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTaa > 2:3612412/1‑99 (MQ=34) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACTTCGATGTCGGCTCAGCACATCCTGGAGCTGAAGCAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTaaa < 2:4771619/99‑1 (MQ=11) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGCTGTCGGCTCATCACATCCTGCAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTaaa < 2:4910966/99‑1 (MQ=255) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTaaa > 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aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTaaa < 2:4795129/99‑1 (MQ=21) aaGAGTTCATAACCACGGCGGTGTGTGGATACTTGATATCGGTTTATCGCATCCTGGAGCTGAAGTAGGGCCCAAGTGTTTGACT‑GTTCGCCATTTaaa < 2:5161439/99‑1 (MQ=2) gagTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGt > 1:913428/1‑99 (MQ=33) ctCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGt < 2:2446853/98‑1 (MQ=18) tCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTa < 2:1842627/99‑1 (MQ=33) cATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTAc > 2:646592/1‑99 (MQ=34) atatCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTAcg > 1:2898445/1‑99 (MQ=33) atatCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTAcg > 1:1343019/1‑99 (MQ=34) atatCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTAcg > 2:1254892/1‑99 (MQ=34) tatCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTAcgc < 2:2973918/99‑1 (MQ=18) tatCGACGGCGGGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAATTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTAcgc > 2:653944/1‑99 (MQ=255) atCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTAcgcg > 1:4135436/1‑99 (MQ=33) atCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTAcgcg > 1:1254259/1‑99 (MQ=33) tCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGa < 1:4409611/99‑1 (MQ=33) tCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGa > 2:705932/1‑99 (MQ=34) gACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGc > 2:3874111/1‑99 (MQ=34) gACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGc > 1:4062734/1‑99 (MQ=21) gACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGc > 1:194340/1‑99 (MQ=21) aCGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGAGGTACGCGAGCt < 2:3282960/99‑1 (MQ=21) cggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTg < 1:4207481/99‑1 (MQ=33) cggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTg > 1:983822/1‑99 (MQ=21) ggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGTAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg < 1:349360/99‑1 (MQ=18) ggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg < 2:2457497/99‑1 (MQ=34) ggcggTGTGTGGCACCTGGAGGTGGGGTCATGACATGCTGGAGGGGGAGTGGGTCCCGGGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg < 2:3949763/99‑1 (MQ=2) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTGGGCTCATTAAATCCTGCAGCTGAAGTGGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACCCGAGCTggg > 1:1077733/1‑99 (MQ=11) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTggg > 1:3882896/1‑99 (MQ=21) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCAATTTAAAGTGGTACGCGAGCTggg > 1:1208499/1‑99 (MQ=255) cggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGt > 2:4266017/1‑99 (MQ=34) cggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGt < 2:506594/99‑1 (MQ=18) ggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTGATCACATCCTGGAGCTGAAGGAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGtt < 1:4895312/99‑1 (MQ=16) ggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGtt < 1:4276622/99‑1 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2:3729098/1‑99 (MQ=34) tGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAAc < 1:1006203/99‑1 (MQ=33) cACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGTCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAAcgtc < 2:2848066/99‑1 (MQ=255) cACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAAcgtc < 2:4975525/99‑1 (MQ=21) cACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGATGAAGTAGGTCCAACAAGTCTGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGAGGCCAGAGAGCTGGGTTAAGAGcgtc < 2:5180693/99‑1 (MQ=2) ccTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAAcgtcgt < 2:5016877/99‑1 (MQ=33) ccTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAAcgtcgt < 2:3136564/99‑1 (MQ=18) cTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTg < 2:4682777/99‑1 (MQ=33) cTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTg < 1:3548880/99‑1 (MQ=33) tggATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCGCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTga < 2:3086554/97‑1 (MQ=255) tCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTga < 2:2729281/99‑1 (MQ=33) cGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTgag > 1:4549484/1‑99 (MQ=33) gATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTATCACGTCGTgaga > 2:3555805/1‑99 (MQ=255) aTGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTCGGTTTACAACGTCGTGAGAc < 2:3652133/99‑1 (MQ=16) tCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGCCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGCGCTGGGTTTAGAACGTCGTGGGACAGt > 1:4106701/1‑99 (MQ=11) cGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGtt > 1:663798/1‑99 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2:3349963/99‑1 (MQ=11) atcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCTCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTcc < 1:5164853/99‑1 (MQ=18) atcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTcc > 1:3831487/1‑99 (MQ=34) tcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTccc > 1:325957/1‑99 (MQ=34) cacaTCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCT‑GTTCGCCCTTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGACCGTAGTGCGGCAATTCGGtaact < 2:1281068/99‑5 (MQ=11) cTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGc > 2:4847611/1‑99 (MQ=34) cTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGc > 1:2204684/1‑99 (MQ=33) cTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGc < 1:1860706/99‑1 (MQ=34) tGGAGCGGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGATGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGcc > 1:2094730/1‑99 (MQ=16) gAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGt < 1:3170887/99‑1 (MQ=32) | GGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCT‑GTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTG > NC_000913/3946148‑3946326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |