| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,946,246 | 0 | G | A | 46.9% | 117.7 / 300.3 | 243 | noncoding (2543/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/70); new base A (34/80); total (93/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTG > NC_000913/3946148‑3946326 | gggATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAg < 2:407871/99‑1 (MQ=34)gggATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAg < 2:2048120/99‑1 (MQ=34) gATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAggg > 1:2222548/1‑99 (MQ=34) gATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAagg < 2:676542/99‑1 (MQ=18) gATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAagg < 1:682312/99‑1 (MQ=21) aTAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGt < 2:2892997/99‑1 (MQ=21) aaCAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTAt > 1:1341172/1‑99 (MQ=33) cAGGCTGATGCCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATgg < 2:3514309/99‑1 (MQ=255) cAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATgg > 1:3736518/1‑99 (MQ=33) ggCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCt < 2:2686698/99‑1 (MQ=34) gCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTg > 2:2125736/1‑99 (MQ=33) gCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTg < 1:921425/99‑1 (MQ=18) gATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTc < 1:3846748/99‑1 (MQ=33) cGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCAt > 1:3169738/1‑99 (MQ=33) ccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTa > 1:3060208/1‑99 (MQ=33) ccAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTa > 1:2258696/1‑99 (MQ=33) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 1:743313/99‑1 (MQ=34) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 2:3086807/99‑1 (MQ=33) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa > 1:927303/1‑99 (MQ=33) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 2:1841267/99‑1 (MQ=21) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 2:1125550/99‑1 (MQ=18) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 2:507586/99‑1 (MQ=18) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 2:3615312/99‑1 (MQ=21) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCACATCACATCCCGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTCaaa < 2:2441721/99‑1 (MQ=11) aaGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACATCGATGTCGGCTCATCCCATCATGGAGCTGAAGCAGGTCCAAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 2:394475/99‑1 (MQ=11) aaGAGTTCACATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 2:498784/99‑1 (MQ=255) aaGAGTGCAGATCGACGGCGGTGTGTGGCACCTCGATGTCGGGTCATCACAACCGGAAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGTCTGTTCGCCATTTaaa < 2:1606910/99‑1 (MQ=11) aaGACTTCATACCGACGGCGGTATTCGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGATATGGCTGTTCGCCATTTaaa < 2:1209545/99‑1 (MQ=11) gtgTTGATATCGGCGGCGGTGTTTGGCAGCCCGATGTTGGTTCTTCACATCCTTGAGCTGAAGTACGTCCCAAGCGTATGGCTGTTCGCCATCTACAGt < 2:3385345/97‑1 (MQ=2) gagTGCAGATCGACCGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGTTGAACTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTCCGCCATTTAACGt < 2:31735/99‑1 (MQ=11) agTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTg < 1:761981/99‑1 (MQ=33) gTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTgg > 2:2577205/1‑99 (MQ=33) ttCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGt > 2:1341349/1‑99 (MQ=33) ttCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGt < 2:195252/99‑1 (MQ=33) ttCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGt > 1:1414970/1‑99 (MQ=33) ttCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGt < 2:2725392/99‑1 (MQ=21) cATATGTACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCAGATCCTGGAGCTGAAGTCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCTATTTAGAGGGGtcg < 2:3187022/99‑3 (MQ=11) tatCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTAcgc > 1:1206456/1‑99 (MQ=34) aCGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCt < 1:3257820/99‑1 (MQ=34) aCGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCt > 1:2721981/1‑99 (MQ=21) cggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACCTCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTACGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTg < 2:38395/99‑1 (MQ=255) ggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGTTCATCGCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg > 2:2389982/1‑99 (MQ=11) ggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGCGCTgg > 1:1428411/1‑99 (MQ=21) ggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg < 2:2205930/99‑1 (MQ=34) ggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg < 2:943468/99‑1 (MQ=33) ggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTgg > 1:389527/1‑99 (MQ=21) ggcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATATAAAGGGGTACGCGAGCTgg > 1:2629439/1‑99 (MQ=11) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCCAAGGTAGGGCTGTTCGCCATTGAAAGTGGTACGTGAGCTggg > 1:2026054/1‑99 (MQ=11) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTggg < 2:1193976/99‑1 (MQ=33) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTggg > 1:977716/1‑99 (MQ=21) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTggg > 1:1432325/1‑99 (MQ=21) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTggg > 1:1956673/1‑99 (MQ=18) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTggg > 1:169/1‑99 (MQ=18) gcggTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTggg > 1:1770448/1‑99 (MQ=21) 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tCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTga < 2:1870595/99‑1 (MQ=21) gATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTgaga > 1:1063173/1‑99 (MQ=33) gATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTgaga < 2:1459161/99‑1 (MQ=33) gATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTgaga < 1:3626763/99‑1 (MQ=34) gATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTgaga < 2:2297987/99‑1 (MQ=18) aTGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGAc < 2:190374/99‑1 (MQ=34) gTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAACTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAg > 1:58865/1‑99 (MQ=21) tCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt < 2:798088/99‑1 (MQ=18) tCGGCTCATCACATCCCGGAGCTGAGGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGt > 1:4053018/1‑99 (MQ=255) cGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGtt < 1:1450755/99‑1 (MQ=34) ggCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTc < 2:218331/99‑1 (MQ=18) ggCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTc < 2:1745720/99‑1 (MQ=18) tcatcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGt > 2:2319579/1‑99 (MQ=34) tcatcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGt < 2:1435706/99‑1 (MQ=21) atcaCATCCTGGAGCTGAAGTCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAATGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTcc < 1:3537927/99‑1 (MQ=16) atcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCggaga > 2:1226204/1‑96 (MQ=21) atcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTcc > 2:3272564/1‑99 (MQ=33) tcaCGTCCGGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTGTGGCTGTTGGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGGACGTCGTGAGACAGTTCGGTccc < 2:1703283/99‑1 (MQ=11) tcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTccc < 2:197585/99‑1 (MQ=33) tcaCATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTccc < 2:3228010/99‑1 (MQ=33) acaTCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTa > 1:845935/1‑99 (MQ=34) acaGCCTGGAGCTGAAGTGGGTCGCGGGGGTATGGCTGTTCGCAATTTACAGTGGTACGGGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTa < 2:283110/99‑1 (MQ=11) caTCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTAt < 2:736157/99‑1 (MQ=34) caTCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTAt > 1:2030481/1‑99 (MQ=34) caTCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTAt > 1:3391572/1‑99 (MQ=34) tCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCt < 2:1515574/99‑1 (MQ=21) tCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCt < 2:4054245/99‑1 (MQ=18) tGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGcc > 2:2630098/1‑99 (MQ=33) tGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAAGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGcc < 2:2711070/99‑1 (MQ=21) gAGCTTAAGTAGGGCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCTATTGAAAGTGGTACGCGCGCTTGGTTTAGAACGTCTTGAGACAGCTCGGTCCCGATCTGCCGt < 2:1404336/99‑1 (MQ=11) | GGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTG > NC_000913/3946148‑3946326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |