| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1242815 = | 31 (0.570) | 8 (0.150) | 8/280 | 2.8 | 22.4% | coding (266/915 nt) | ldcA | murein tetrapeptide carboxypeptidase; LD‑carboxypeptidase A |
| ? | NC_000913 | 1242848 = | 26 (0.500) | coding (233/915 nt) | ldcA | murein tetrapeptide carboxypeptidase; LD‑carboxypeptidase A | |||||
GTTCATCCGCGCCAAAGTTTGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACG > NC_000913/1242669‑1242960 | gggcatcaagtcaataacgtcgaggttattgcccgtcgttgtgagcgttttgcgggtacggaaacagagcgtctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaacaccatcgtgctggctgtacgcggcgggtacggTGCCa < 1:771606‑M1/5‑1 (MQ=255)gggcatcaagtcaataacgtcgaggttattgcccgtcgttgtgagcgttttgcgggtacggaaacagagcgtctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaacaccaccgtgctggctgtacgcggcggttaaggTGcc < 1:474714‑M1/4‑1 (MQ=255) ttcaTCCGCGCCAAAGTTTGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGtgcctgcc < 1:254581/149‑1 (MQ=255) cgcCAAAGTTTGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAatat < 2:113140/150‑1 (MQ=255) ataacgtcgaggttattgcccgtcgttgtgagcgttttgcgggtacggaaacagagcgtctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaacaccatcgtgctggctgtacgcggcggttacggTGCCAGTCAATATCTGcc > 1:402641‑M1/134‑151 (MQ=255) aaaGTTTGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGcc < 2:583098/151‑1 (MQ=255) aaaGTTTGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGc > 2:766932/1‑150 (MQ=255) aGTTTGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAg > 2:526343/1‑151 (MQ=255) tttGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTa < 2:616464/151‑1 (MQ=255) gCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTgg > 1:259834/1‑150 (MQ=255) aTGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCAc < 2:502397/151‑1 (MQ=255) gggCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGt > 1:183992/1‑151 (MQ=255) gggCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGt > 1:40640/1‑151 (MQ=255) cGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAAc > 1:777832/1‑150 (MQ=255) ggTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGt > 2:819176/1‑151 (MQ=255) ggTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGt > 2:356878/1‑151 (MQ=255) cgttttgcgggtacggaaacagagcgtctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaacaccatcgtgctggctgtacgcggcggttacggTGCCAGTCGTTTACTGGCAGATATTGACTGGCACCGTAACCGCCGCGt > 2:493470‑M1/102‑149 (MQ=255) ttGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCa < 2:439073/151‑1 (MQ=255) tacggaaacagagcgtctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaacaccatcgtgctggctgtacgcggcggttacggTGCCAGTCGTTTACTGGCAGATATTGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACg > 2:237293‑M1/91‑150 (MQ=255) acggaaacagagcgtctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaacaccatcgtgctggctgtacgcggcggttacggTGCCAGTCGTTTACTGGCAGATATTGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGAt > 2:14898‑M1/90‑151 (MQ=255) tGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATgg < 1:28702/151‑1 (MQ=255) cgcCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGgtg > 1:544931/1‑151 (MQ=255) cgcCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGgtg > 2:328201/1‑151 (MQ=255) aacagagcgtctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaacaccatcgtgctggctgtacgcggcggttacggTGCCAGTCGTTTACTGGCAGATATTGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGgtgt > 1:401347‑M1/85‑151 (MQ=255) aagaCCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTgggg < 2:718787/151‑1 (MQ=255) cgtctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaccaccatcgtgctgtctgtacgcggcggttacggTGCCAGTCGTTTACTGGCAGATATTGACGGGCACCGTAACCTCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTggggg > 1:179895‑M1/78‑150 (MQ=255) aCCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTggggg < 2:615252/149‑1 (MQ=255) ctggaagatctcaattcccttgccagactgactacccccaacaccatcgtgctggctgtacgcggcggttacggTGCCAGTCGTTTACTGGCAGATATTGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTagt > 2:771616‑M1/75‑151 (MQ=255) cACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTagtc < 2:561618/150‑1 (MQ=255) cAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGa > 2:634767/1‑150 (MQ=255) cAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGAc < 1:723597/151‑1 (MQ=255) cAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGAc < 1:277674/151‑1 (MQ=255) cccccaacaccatcgtgctggctgtacgcggcgggtacggTGCCAGCCGTTTACTGGCAGATATTGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGCTGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTTCAGACg < 1:769987‑M1/110‑1 (MQ=255) gAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGct > 2:661528/1‑149 (MQ=255) aCGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGttt > 1:371786/1‑150 (MQ=255) gTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTa > 1:869079/1‑151 (MQ=255) tCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTa < 2:232108/150‑1 (MQ=255) cGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGc < 1:29403/150‑1 (MQ=255) caccaGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACaa > 2:510933/1‑151 (MQ=255) accaGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACaa > 1:219515/1‑150 (MQ=255) gTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAacgacg > 1:78381/1‑151 (MQ=255) | GTTCATCCGCGCCAAAGTTTGCTACCAGCATGGGGCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTCCGCAAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACG > NC_000913/1242669‑1242960 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |