Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 3,585,086 | 0 | A | C | 45.5% | 159.7 / 13.8 | 88 | Y580D (TAC→GAC) | ggt | gamma‑glutamyltranspeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/5); new base C (0/40); total (43/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-20 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTATTGATAAAGACAGTGGTGAAATTCATTCTCTGGGAACGGCAAAA‑CCGCTGGAAGAATATCTACAGGATTACGAAATAAAAAAGG‑CTACCTTCGGCTTGCCCT‑GACAAAATAG‑CCCT‑CTTCCCACGAAGAGGGCCGCTAA‑CCTTAGTACCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCGTATCCGGGCT > NC_000913/3584936‑3585236 | attattGATAAAGACAGTGGTGAAATTCATTCTCTGGGAACGGCAAAA‑CCGCTGGAAGAATATCTACAGGATTACGAAATAAAAAAGG‑CTACCTTCGGCTTGCCCT‑GACAAAATAG‑CCCT‑CTTCCCACGAAGAGGGCCGCTAA‑CCTTAGTa < 2:790362/151‑1 (MQ=255) ttGATAAAGACAGTGGTGAAATTCATTCTCTGGGAACGGCAAAA‑CCGCTGGAAGAATATCTACAGGATTACGAAATAAAAAAGG‑CTACCTTCGGCTTGCCCT‑GACAAAATAG‑CCCT‑CTTCCCACGAAGAGGGCCGCTAA‑CCTTAGTAcccc > 2:129011/1‑151 (MQ=255) aTAAAGACAGTGGTGAAATTCATTCTCTGGGAACGGCAAAA‑CCGCTGGAAGAATATCTACAGGATTACGAAATAAAAAAGG‑CTACCTTCGGCTTGCCCT‑GACAAAATAG‑CCCT‑CTTCCCACGAAGAGGGCCGCTAA‑CCTTAGTACCccgcc > 2:1213420/1‑151 (MQ=255) 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gggcccGCTAC‑CCTTAGTCCCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCcagcag < 2:806033/147‑1 (MQ=255) agGGCCGCTAA‑CCTTAGTACCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCcagc > 2:573722/1‑149 (MQ=255) gggcccccaacccTTATTCCCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCcagcag < 2:1099619/140‑1 (MQ=255) ggcccGCTAC‑CTTTAGTCCCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCagcagc < 2:1050729/148‑1 (MQ=255) cGCTAA‑CCTTAGTACCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTg > 1:122645/1‑150 (MQ=255) tAA‑CCTTAGTACCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCg > 1:91383/1‑151 (MQ=255) aa‑CCTTAGTCCCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGc < 2:1119393/149‑1 (MQ=255) acccTTAGTCCCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGc < 2:679773/147‑1 (MQ=255) cTTAGTACCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCGTATc > 2:543771/1‑151 (MQ=255) ttAGTACCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCGTATcc > 1:82320/1‑151 (MQ=255) aGTACCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCGTATCCgg < 2:510083/151‑1 (MQ=255) aCCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCGTATCCGGGCt > 1:1317794/1‑151 (MQ=255) aCCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCGTATCCGGGCt > 1:347092/1‑151 (MQ=255) aCCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCGTATCCGGGCt > 1:1034537/1‑151 (MQ=255) | ATTATTGATAAAGACAGTGGTGAAATTCATTCTCTGGGAACGGCAAAA‑CCGCTGGAAGAATATCTACAGGATTACGAAATAAAAAAGG‑CTACCTTCGGCTTGCCCT‑GACAAAATAG‑CCCT‑CTTCCCACGAAGAGGGCCGCTAA‑CCTTAGTACCCCGCCGTTAAATCATCCACCGAGCGCGGGTCGGATGCGCCGTACAACTCACCGTCCGGCCCAACCATAATGCTTTGTGTACTGCCCATCGCCTCTTTCAGCGCCACTTTCTGACCTTTTGCTTCCAGCAGCTTGAGCGTATCCGGGCT > NC_000913/3584936‑3585236 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |