| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 17001 | NA (NA) | 27 (0.030) | 15/148 | NT | 100% | coding (61/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | = 17016 | 0 (0.000) | coding (46/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 650 total aligned reads displayed.
TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTT > CP000731/16926‑17106 | ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 1:927636‑M2/1‑91 (MQ=255)ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 1:5013192‑M2/1‑91 (MQ=255)aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 2:3873513‑M2/6‑1 (MQ=255) aagagaacgtggtgtaaACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGa > 2:3385249‑M2/18‑91 (MQ=255) gatgaACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCGTTGGCTACtatcta > 1:3690569‑M2/1‑85 (MQ=255) agggaacgtggtgtaaACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGAt > 1:3178437‑M2/17‑91 (MQ=255) tggtgtaaACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCt > 2:5611787‑M2/9‑91 (MQ=255) gtgtaaACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTg > 2:1313601‑M2/7‑91 (MQ=255) gtgtaaACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTg > 2:4255067‑M2/7‑91 (MQ=255) ACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTCGCTAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAt < 2:253329‑M2/91‑1 (MQ=255) ACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAt > 1:3084397‑M2/1‑91 (MQ=255) ACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAt < 2:4548905‑M2/91‑1 (MQ=255) ACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAt < 2:352252‑M2/91‑1 (MQ=255) ACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAt < 2:3145304‑M2/91‑1 (MQ=255) CGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAtt > 1:3387141‑M2/1‑91 (MQ=255) CGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAtt > 2:3099326‑M2/1‑91 (MQ=255) CGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAtt > 1:5420416‑M2/1‑91 (MQ=255) CGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAtt > 1:5656497‑M2/1‑91 (MQ=255) CGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAtt < 2:5195292‑M2/91‑1 (MQ=255) cttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTg < 1:1815299‑M2/30‑1 (MQ=255) GTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTg < 2:5082801‑M2/91‑1 (MQ=255) GTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTg > 1:997529‑M2/1‑91 (MQ=255) GTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTg > 2:933584‑M2/1‑91 (MQ=255) GTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTg < 1:3303723‑M2/91‑1 (MQ=255) GTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTg > 1:1172249‑M2/1‑91 (MQ=255) TTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGt < 2:208177‑M2/91‑1 (MQ=255) TTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGt > 2:2346628‑M2/1‑91 (MQ=255) TCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGtt < 1:4403030‑M2/91‑1 (MQ=255) TCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGtt > 2:4655390‑M2/1‑91 (MQ=255) TCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGtt < 2:778622‑M2/91‑1 (MQ=255) TCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGtt > 1:4660509‑M2/1‑91 (MQ=255) TCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGtt < 2:4181642‑M2/91‑1 (MQ=255) CTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGttt > 2:2656292‑M2/1‑91 (MQ=255) ttCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCGTTGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctg > 1:2096052‑M2/1‑54 (MQ=255) atgttatcactgtagccgttGGCTACAGTGATAACATACTTGTTAAATTGCTTATATCTGAAATAGTTCATATAGAAGACTCCTTTTTGtt > 2:1519191‑M2/21‑91 (MQ=255) aTAGTAGCCAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcatt < 1:2655023‑M2/91‑74 (MQ=255) gtagCCAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaa < 1:675116‑M2/91‑77 (MQ=255) gCCAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacga < 1:3513276‑M2/91‑80 (MQ=255) ccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaa > 2:5495744‑M2/6‑91 (MQ=255) ccAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgat < 1:1209782‑M2/91‑81 (MQ=255) cAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatc < 2:2430750‑M2/91‑82 (MQ=255) cAACGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatc < 1:2930776‑M2/91‑82 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTCGTTAAAATTATATTATAAAt > 2:3708907‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGCTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:1290345‑M2/4‑91 (MQ=255) aaCGGCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatct < 1:2716805‑M2/91‑83 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:4828569‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 2:4764181‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:2371935‑M2/3‑91 (MQ=255) ctgaTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGTAGAATCCTATTAGTTAAAATTATATTATAAATTc < 2:5421887‑M2/87‑1 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc > 1:1375087‑M2/1‑6 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc > 2:2870980‑M2/1‑6 (MQ=255) ggCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc > 2:4295921‑M2/1‑6 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:1630789‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:4914550‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 1:378483‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 1:4275452‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 1:4937157‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 1:1707146‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATAGTATAaattaa > 2:4478177‑M2/1‑89 (MQ=255) ggTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa < 2:4857114‑M2/89‑1 (MQ=255) gCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccg < 1:5167317‑M2/91‑87 (MQ=255) gCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccg < 2:1996265‑M2/91‑87 (MQ=255) gCTACtatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccg < 2:11651‑M2/91‑87 (MQ=255) GCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa < 1:1555570‑M2/91‑1 (MQ=255) GCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa < 1:2865262‑M2/91‑1 (MQ=255) GCTACAGCGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCaa < 1:4495935‑M2/91‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgt < 2:4068008‑M2/91‑88 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGAGTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 1:5601827‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 2:2247144‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 1:5106624‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 2:2722173‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 2:1375087‑M2/91‑1 (MQ=255) CTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAAc < 2:3215307‑M2/91‑1 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgtt > 1:753820‑M2/1‑3 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgtt < 1:2169426‑M2/91‑89 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgtt < 1:4012338‑M2/91‑89 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgtt > 1:1610931‑M2/1‑3 (MQ=255) tactacctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgtt > 1:3842384‑M2/1‑3 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt > 1:1005657‑M2/1‑91 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt < 1:4206226‑M2/91‑1 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt < 2:2950198‑M2/91‑1 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt < 2:1839266‑M2/91‑1 (MQ=255) TACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACt < 2:1758635‑M2/91‑1 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctctcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 1:5460689‑M2/91‑90 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 1:4143523‑M2/91‑90 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg > 1:25178‑M2/1‑2 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg > 2:602795‑M2/1‑2 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 1:5244739‑M2/91‑90 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttg < 2:1896350‑M2/91‑90 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 2:4989551‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 1:859272‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 2:1069902‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 1:4760822‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 1:3561432‑M2/1‑91 (MQ=255) ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACtt > 1:2272296‑M2/1‑91 (MQ=255) ctatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttgg > 2:2132802‑M2/1‑1 (MQ=255) ctatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttgg < 1:3917482‑M2/91‑91 (MQ=255) ctatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctaccgttgg < 1:1071771‑M2/91‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt > 2:4406752‑M2/1‑91 (MQ=255) CAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACttt > 1:2017303‑M2/1‑91 (MQ=255) | TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTT > CP000731/16926‑17106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |