| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 17008 = | NA (NA) | 24 (0.020) | 17/148 | NT | 100% | coding (54/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | 17011 = | 0 (0.000) | coding (51/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 615 total aligned reads displayed.
GATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCA > CP000731/16921‑17101 | tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg < 1:5075978‑M2/1‑1 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg < 1:343628‑M2/1‑1 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg < 1:3272952‑M2/1‑1 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg > 1:1479581‑M2/91‑91 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg < 1:1238205‑M2/1‑1 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg < 2:1435554‑M2/1‑1 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ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:2825288‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:410403‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 2:2910202‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 2:1156957‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 2:4221004‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 2:2405233‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataatattaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 2:1570730‑M2/4‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 2:2610355‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 1:2691084‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 2:5086721‑M2/87‑91 (MQ=255) gTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTA > 2:2843759‑M2/1‑91 (MQ=255) gTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTA > 1:257023‑M2/1‑91 (MQ=255) ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC > 2:1351139‑M2/1‑91 (MQ=255) ttGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAC < 1:74425‑M2/91‑1 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 2:492238‑M2/6‑1 (MQ=255) aatataaatataacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 2:3568968‑M2/6‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |