BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	217,036	T→A	5.6%	intergenic (‑230/+23)	rocD2_1 ← / ← brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	217,036	0	T	A	5.6%	1321.8 / 51.7	358	intergenic (‑230/+23)	rocD2_1/brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (165/172); new base A (11/9); total (176/182)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-01

Only 100 of 369 total aligned reads displayed.

TACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/216946‑217126

tACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGAAGTTTAATGTAATATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGttt                                                                                            <  2:5060588/91‑1 (MQ=255)

  cTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTaa                                                                                          <  2:1686356/91‑1 (MQ=255)

    aaTATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACa                                                                                        <  2:3038682/91‑1 (MQ=255)

    aaTATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACa                                                                                        >  1:886286/1‑91 (MQ=255)

    aaTATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACa                                                                                        >  1:1386058/1‑91 (MQ=255)

    aaTATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACa                                                                                        <  2:4134558/91‑1 (MQ=255)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACat                                                                                       <  2:1639026/91‑1 (MQ=39)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACat                                                                                       <  1:1533398/91‑1 (MQ=255)

     atatTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGAAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACat                                                                                       <  2:3330993/91‑1 (MQ=38)

        ttttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATg                                                                                    >  2:3176706/1‑91 (MQ=255)

          ttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGAc                                                                                  <  1:829982/91‑1 (MQ=255)

          ttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGAc                                                                                  <  2:4832623/91‑1 (MQ=255)

          ttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGAc                                                                                  <  2:1814791/91‑1 (MQ=255)

           tttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACt                                                                                 <  2:2607991/91‑1 (MQ=255)

            ttGTGGATATTCATTGATATGCATCTATACGAGTGCTGTATAATGTAGTATTAATAAAAAATGCCACTGTCATATGTTCCGCATATgcttg                                                                                <  2:147585/91‑5 (MQ=255)

            ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                <  1:2435147/91‑1 (MQ=255)

             tgtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgt                                                                               <  1:2562289/91‑1 (MQ=255)

              gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  2:2203744/1‑91 (MQ=255)

              gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  2:371905/1‑91 (MQ=255)

               tgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTGTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTgg                                                                             <  1:3525950/91‑1 (MQ=255)

               tgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTgg                                                                             <  2:2456522/91‑1 (MQ=255)

               tgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTgg                                                                             <  2:4269042/91‑1 (MQ=255)

                ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGc                                                                            >  1:3377097/1‑91 (MQ=255)

                     aTCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGt                                                                       <  1:621919/91‑1 (MQ=255)

                       cATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtat                                                                     <  1:2081117/91‑1 (MQ=255)

                       cATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtat                                                                     <  2:2952526/91‑1 (MQ=255)

                        aTTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatt                                                                    >  1:4080150/1‑91 (MQ=255)

                        aTTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatt                                                                    <  2:2374742/91‑1 (MQ=255)

                         ttGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATCGtatta                                                                   >  1:4549260/1‑91 (MQ=255)

                         ttGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatta                                                                   >  1:3080996/1‑91 (MQ=255)

                          tGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtattat                                                                  >  2:2737915/1‑91 (MQ=255)

                          tGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtattat                                                                  >  1:4894827/1‑91 (MQ=255)

                              atgtatgtATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCtt                                                              <  1:3622638/91‑1 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          <  1:1484702/91‑1 (MQ=255)

                                    gtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGaa                                                        <  1:2674033/91‑1 (MQ=255)

                                    gtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGaa                                                        >  1:1721467/1‑91 (MQ=255)

                                       taCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAttt                                                     >  1:1021365/1‑91 (MQ=255)

                                       taCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAttt                                                     >  1:1908214/1‑91 (MQ=255)

                                         cGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTa                                                   >  2:4900312/1‑91 (MQ=255)

                                         cGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTa                                                   >  2:5326108/1‑91 (MQ=255)

                                          gATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTAc                                                  >  2:4040553/1‑91 (MQ=255)

                                           aTTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACg                                                 >  1:4919363/1‑91 (MQ=255)

                                           aTTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACg                                                 >  1:2752446/1‑91 (MQ=255)

                                            ttGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTATGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGa                                                >  2:742659/1‑91 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACATGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              <  2:4515016/91‑1 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTTACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              >  2:5471811/1‑91 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              >  2:4363119/1‑91 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              >  1:5169532/1‑91 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              >  2:1026758/1‑91 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAATTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             <  2:5236042/91‑1 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             <  1:577076/91‑1 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             <  2:3632821/91‑1 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             >  1:2284055/1‑91 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             <  1:1154441/91‑1 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTCCGATGCt                                            >  1:4480893/1‑91 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                            <  1:4742822/91‑1 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                            <  2:2787798/91‑1 (MQ=255)

                                                   ttAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTaa                                         >  2:660390/1‑91 (MQ=255)

                                                       tGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtttt                                     <  1:961837/91‑1 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    <  2:3942244/91‑1 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    <  1:2120310/91‑1 (MQ=255)

                                                         tagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtat                                   >  1:5572618/1‑91 (MQ=255)

                                                          agtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtata                                  >  2:2535624/1‑91 (MQ=255)

                                                           gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                 <  1:3985830/91‑1 (MQ=255)

                                                           gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                 >  1:3189860/1‑91 (MQ=255)

                                                              tGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaata                              >  1:2236544/1‑91 (MQ=255)

                                                                aaTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                            >  1:4125011/1‑91 (MQ=255)

                                                                aaTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                            <  1:3802772/91‑1 (MQ=255)

                                                                aaTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                            <  1:73077/91‑1 (MQ=255)

                                                                aaTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                            >  1:2377969/1‑91 (MQ=255)

                                                                  tAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGa                          <  1:4321451/91‑1 (MQ=255)

                                                                  tAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGa                          <  1:3199249/91‑1 (MQ=255)

                                                                   aaaaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGaa                         >  1:5466112/1‑91 (MQ=255)

                                                                   aaaaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGaa                         <  2:1301697/91‑1 (MQ=255)

                                                                    aaaaaTGCCACAAGCATATGTTTAGCATCTGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGCTGAATTCTACGATGCTTAATTTAATAAATATTGCAg                        >  2:1186355/1‑91 (MQ=255)

                                                                     aaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGc                       >  2:3283545/1‑91 (MQ=255)

                                                                     aaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGc                       >  2:3877384/1‑91 (MQ=255)

                                                                     aaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGc                       <  1:1169808/91‑1 (MQ=255)

                                                                        aTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGa                    >  1:2878290/1‑91 (MQ=255)

                                                                        aTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGa                    <  2:2381155/91‑1 (MQ=255)

                                                                        aTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGa                    <  1:2015801/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTAATATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAATTCATGAAGCTGAt                   >  2:899904/1‑91 (MQ=255)

                                                                          gCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATa                  >  2:458860/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  2:827108/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  2:2004263/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  2:5576182/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 <  1:2604998/91‑1 (MQ=255)

                                                                             acaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATg               <  2:2226193/91‑1 (MQ=255)

                                                                              caAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGa              <  2:2867358/91‑1 (MQ=255)

                                                                                aGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa            <  1:4395244/91‑1 (MQ=255)

                                                                                aGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa            <  1:2200208/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           <  1:5015526/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  cATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAcc          >  2:2255801/1‑91 (MQ=38)

                                                                                    tatGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        <  2:1141127/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       <  1:4795090/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  2:1347391/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      >  1:5228053/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      <  2:4686949/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      >  1:3278427/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      <  2:349506/91‑1 (MQ=255)

TACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/216946‑217126

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`