| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,243,499 | T→A | 7.0% | intergenic (+77/+32) | USA300HOU_RS11475 → / ← pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,243,499 | 0 | T | A | 7.0% | 1224.4 / 63.6 | 334 | intergenic (+77/+32) | USA300HOU_RS11475/pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (161/147); new base A (13/10); total (175/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
CTTAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCG > USA300TCH1516_ALE/2243410‑2243589 | tAGAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAAc < 1:591031/91‑1 (MQ=255) gAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACaa < 1:4368212/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg > 2:884269/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg < 1:119708/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg < 1:4615441/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg < 2:523919/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |