Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,243,504 | A→T | 5.4% | intergenic (+82/+27) | USA300HOU_RS11475 → / ← pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,243,504 | 0 | A | T | 5.4% | 1306.2 / 50.9 | 353 | intergenic (+82/+27) | USA300HOU_RS11475/pyrG | hypothetical protein/CTP synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (169/164); new base T (14/5); total (183/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.65e-01 |
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
GAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGA > USA300TCH1516_ALE/2243414‑2243594 | gAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACaa > 1:2873551/1‑91 (MQ=255) aaTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAAt > 2:3460813/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg < 1:119708/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg > 2:721045/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg < 2:523919/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATg < 2:4076561/91‑1 (MQ=255) tataAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGaa > 1:1157385/1‑91 (MQ=255) taAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAg < 1:1396920/91‑1 (MQ=255) taAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAg < 2:5390716/91‑1 (MQ=255) aaaaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGt < 2:2352414/91‑1 (MQ=255) aaaaGTCACTATTGTTATTTCACACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGt < 2:3323295/91‑1 (MQ=255) aaGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAATATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAc < 2:5442422/91‑1 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc < 1:1109334/91‑1 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc < 2:4613701/91‑1 (MQ=255) aGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTAcc < 2:4757187/91‑1 (MQ=255) gTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCg < 1:2603600/91‑1 (MQ=255) tCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCgg > 2:2978613/1‑91 (MQ=255) tCACTATTGTTATGTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCgg < 2:3043978/91‑1 (MQ=255) tATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGtttt > 1:2338332/1‑91 (MQ=255) tGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCATTGTTAAACATTGAAAGTACCGGtttttcg < 1:5056869/91‑4 (MQ=21) gTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAACGAAAGTACCGGTTttatta > 1:4342820/1‑91 (MQ=255) ttATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAg < 1:2729464/91‑1 (MQ=255) ttCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCaaa > 1:1303215/1‑91 (MQ=255) tCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAat < 2:230644/91‑1 (MQ=255) aTACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAattt < 2:2611381/91‑1 (MQ=255) tACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAattta > 1:4124964/1‑91 (MQ=255) aCCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGATTTTATTAGCAAatttat > 1:5547425/1‑91 (MQ=255) ccTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatt < 2:1679579/91‑1 (MQ=255) ttGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttattta < 1:3618751/91‑1 (MQ=255) ttGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAACAAatttattta > 2:3728866/1‑91 (MQ=255) tGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatttat < 2:270641/91‑1 (MQ=255) tGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGGTTTATTAGCAAatttatttat < 1:2806266/91‑1 (MQ=255) gTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAATACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAActttatttatt > 1:5164788/1‑91 (MQ=255) gTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatttatt > 2:3292340/1‑91 (MQ=255) tCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAatttatttattt > 2:3250022/1‑91 (MQ=255) cACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTAtttt > 1:4019976/1‑91 (MQ=255) aCTAACATAATATTAAAGTTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTttg < 2:3541066/91‑1 (MQ=255) cTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTttgt < 1:5258453/91‑1 (MQ=255) 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atatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAttt > 2:2017203/1‑91 (MQ=255) atatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAttt > 1:4218279/1‑91 (MQ=255) atatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAttt < 2:4403426/91‑1 (MQ=255) tatTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATAtttt > 1:4540665/1‑91 (MQ=255) atTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa < 2:190308/91‑1 (MQ=255) atTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTa > 2:1342147/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTaa > 1:4861186/1‑91 (MQ=255) tAAAATTATACGAAAAACCGGTATTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAAt < 1:4251734/91‑1 (MQ=255) tAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAAt > 2:795153/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATg < 1:4961755/91‑1 (MQ=255) aaaTTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGa < 2:2150335/91‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 2:1795119/91‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 2:1041746/91‑1 (MQ=255) ttATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGc < 2:5111108/91‑1 (MQ=255) tataCGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCt > 1:4637649/1‑91 (MQ=255) aCGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCa < 1:3335652/91‑1 (MQ=255) 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cGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAt > 1:3491451/1‑91 (MQ=255) cGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAt < 1:2089361/91‑1 (MQ=255) ggTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAtt > 1:3037432/1‑91 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt < 2:4459768/91‑1 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt < 1:2250755/91‑1 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt > 1:4588510/1‑91 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt > 1:1514759/1‑91 (MQ=255) gTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGAttt > 1:4878780/1‑91 (MQ=255) 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tAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCg > 1:4777669/1‑91 (MQ=255) tAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCg < 2:3932781/91‑1 (MQ=255) aaCAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCgg < 2:1469637/91‑1 (MQ=255) aaCAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCgg > 2:4551509/1‑91 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGAc < 2:2873551/91‑1 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGAc < 2:1315246/91‑1 (MQ=255) | GAATTATAAAAGTCACTATTGTTATTTCATACCTTGTCACTAACATAATATTAAAATTATACGAAAAACCGGTACTTTCAATGTTTAACAATGAAAGTACCGGTTTTATTAGCAAATTTATTTATTTTGTTGATATTTTAATGAAGCTTCAATAAATGATTTAAAAATCGGGTGCGGACGA > USA300TCH1516_ALE/2243414‑2243594 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |