| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 12,012 | 0 | A | G | 5.2% | 4703.4 / 141.1 | 1350 | intergenic (+175/+48) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (683/595); new base G (20/51); total (704/646) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1382 total aligned reads displayed.
CGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTC > CP000731/11922‑12102 | cGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACa > 2:4205963/1‑91 (MQ=255) gATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACaa > 2:1205862/1‑91 (MQ=255) gATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACaa > 1:4928031/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAAt < 1:1084073/91‑1 (MQ=255) gTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAAtt > 1:1490708/1‑91 (MQ=255) gTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAAtt > 2:2588302/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |