Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,744,226 | 0 | T | C | 5.5% | 1121.5 / 35.2 | 339 | intergenic (+163/+30) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (200/119); new base C (14/5); total (215/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.40e-01 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
ATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTAAGTCTTTTGAAGTTTGTTTACGGATTTTTCTCATT > USA300TCH1516_ALE/2744136‑2744316 | aTGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGt > 2:516103/1‑91 (MQ=255) aTGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGCACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGt < 2:4143313/91‑1 (MQ=255) gAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTg > 1:3197001/1‑91 (MQ=255) gAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTg > 2:2894388/1‑91 (MQ=255) cTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAGCTGTCCg < 1:3336492/91‑1 (MQ=21) ttttttGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAGCTGTCCGa < 1:2433022/91‑1 (MQ=18) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |