| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 3,344 | A→T | 5.2% | intergenic (+28/‑362) | dnaN → / → USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 3,344 | 0 | A | T | 5.2% | 1377.3 / 48.6 | 376 | intergenic (+28/‑362) | dnaN/USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (172/184); new base T (4/16); total (176/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
ATTCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAA > USA300TCH1516_ALE/3254‑3434 | ttCTAAAACCAAATGGTGACGACTCGTTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGat < 2:3763838/91‑1 (MQ=255) ttCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGat < 2:5497089/91‑1 (MQ=255) ttCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGat < 2:2710175/91‑1 (MQ=255) tCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGatt > 1:1090064/1‑91 (MQ=255) tCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGatt < 1:228078/91‑1 (MQ=255) tCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGatt < 2:1133708/91‑1 (MQ=255) aaaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGattaatt > 2:3872398/1‑91 (MQ=255) ccAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑a > 1:46605/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa < 2:1514678/91‑1 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa < 1:931960/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AAc > 1:3278033/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACg > 1:5274996/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACg > 2:2467956/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACg > 1:1952907/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACg > 2:4094874/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACg < 1:2574740/91‑1 (MQ=255) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGCACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGACTAATTAA‑AACGt > 2:3602999/1‑91 (MQ=255) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGt > 2:206179/1‑91 (MQ=255) gTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCAt > 1:3777675/1‑91 (MQ=255) tGACGACTCGGTAACGCAATGAATTTTACCAGTCAGAACTTACTAAAAATAAATATATATAAAGGATGACGTGATTAATTGA‑AACGTCATc > 1:5158870/1‑91 (MQ=255) gacgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATcc < 2:238386/91‑1 (MQ=255) gacgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATcc < 1:5641616/91‑1 (MQ=255) gacgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATcc > 2:5644990/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 1:3598218/91‑1 (MQ=255) acgacCCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAAATTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 2:3469838/91‑1 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCATAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt < 1:5533791/91‑1 (MQ=255) tCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAtt < 2:4244629/91‑1 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTACAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt > 1:4313800/1‑91 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt > 2:138775/1‑91 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt > 2:120602/1‑91 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt < 2:2217435/91‑1 (MQ=255) ggTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAtttt > 2:3123132/1‑91 (MQ=255) ggTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAtttt < 1:5068029/91‑1 (MQ=255) gTAACGAAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttttt < 2:299421/91‑1 (MQ=255) tAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAtttttt > 2:1802333/1‑91 (MQ=255) tAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAtttttt > 2:1690685/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg > 1:2038647/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg < 1:723651/91‑1 (MQ=255) gCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCa > 1:1760447/1‑91 (MQ=255) cAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaa > 1:1151266/1‑91 (MQ=255) aattaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaa < 2:3488467/91‑1 (MQ=255) attaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaaa > 1:2541739/1‑91 (MQ=255) taattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaat < 1:1006048/91‑1 (MQ=255) aattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaata > 1:2057208/1‑91 (MQ=255) ttttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaataat < 1:4093256/91‑1 (MQ=255) ttttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaataat < 2:2662393/91‑1 (MQ=255) ttttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaataat < 1:4024823/91‑1 (MQ=255) tttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAAtt > 2:3829462/1‑91 (MQ=255) ttgccAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTc < 2:4994188/88‑1 (MQ=255) ttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTc < 2:1556242/91‑1 (MQ=255) ttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGAAAAAATAATTc < 2:5203238/91‑1 (MQ=255) tACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTCTGGCAAAAATAATTCt > 2:5373116/1‑91 (MQ=255) aCCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTa > 1:3368383/1‑91 (MQ=255) aCCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTa > 1:1217573/1‑91 (MQ=255) cAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACATGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAgg > 2:3802620/1‑91 (MQ=255) aaTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGt < 2:3325806/91‑1 (MQ=255) aaTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGt > 1:3203996/1‑91 (MQ=255) aTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTg < 2:210895/91‑1 (MQ=255) aGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGt > 1:1541621/1‑91 (MQ=255) aCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATg < 1:2159716/91‑1 (MQ=255) ttACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTa < 1:1382438/91‑1 (MQ=255) tACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaa < 1:5373712/91‑1 (MQ=255) tACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaa > 1:4953156/1‑91 (MQ=255) tACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaa < 1:1335205/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaata < 1:3039185/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaata < 2:4903497/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataa > 2:1979043/1‑91 (MQ=255) aataaataTAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataaat > 2:1437785/1‑91 (MQ=255) ataaatataaatAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTGTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAtt < 2:5458932/91‑1 (MQ=255) taaatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAttt < 2:482748/91‑1 (MQ=255) taaatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAttt < 2:41770/91‑1 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg < 2:709996/91‑1 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg > 2:281149/1‑91 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg < 2:4542045/91‑1 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAGTTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc < 1:4500930/91‑1 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc > 1:1449046/1‑91 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc > 1:4915629/1‑91 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc < 1:3174986/91‑1 (MQ=255) tataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgca > 1:2720481/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 2:5309/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGAATAACGTGATTAATTAA‑AACGTAATCTTTAATAAAAAAAAAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag < 2:1305720/91‑1 (MQ=255) taaataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcagc < 2:2538739/91‑1 (MQ=255) taaataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcagc < 2:4613455/91‑1 (MQ=255) taaataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcagc < 1:2938281/91‑1 (MQ=255) aataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAt < 1:832050/91‑1 (MQ=255) taaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAttt > 2:4710318/1‑91 (MQ=255) taaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAttt > 2:9060/1‑91 (MQ=255) aaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAtttt > 1:4238073/1‑91 (MQ=255) aaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa < 2:1889195/91‑1 (MQ=255) aaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa < 1:3403897/91‑1 (MQ=255) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:1611127/1‑91 (MQ=25) ggATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTTTTTTTTTTTATTATAGGAGCGTATGTAAAATAAATTTTGCAGCATTTTaaa > 2:944325/1‑91 (MQ=255) ggATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTAGGCAGCATTTTaaa > 1:1260167/1‑91 (MQ=255) ggATGACGTGATTAATTAA‑AACGGCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCACCATTTTaca > 2:3984022/1‑89 (MQ=255) gATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAAc < 2:4356648/91‑1 (MQ=255) aTGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACa < 1:612008/91‑1 (MQ=255) tGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAg < 1:1829802/91‑1 (MQ=255) gACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGc > 2:3914787/1‑91 (MQ=255) cGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaa > 1:280202/1‑91 (MQ=255) tGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAAt < 1:2383399/91‑1 (MQ=255) | ATTCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAA > USA300TCH1516_ALE/3254‑3434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |