| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 12551 | NA (NA) | 82 (0.110) | 20/170 | 27.5 | 26.2% | coding (45/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0016 | IS257 transposase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 76274 | 245 (0.740) | coding (60/246 nt) | USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTC > USA300TCH1516_ALE/76194‑76355 | aaaaaaaaaGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGat < 2:5344775/87‑1 (MQ=1) aaaaaaaaGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGata < 2:4351875/88‑1 (MQ=1) aGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACACGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt > 2:3928038/1‑91 (MQ=14) gTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGtt > 2:3021040/1‑91 (MQ=32) tcttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTa > 1:1164590/1‑91 (MQ=33) tcttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTa > 2:3110739/1‑91 (MQ=33) tcttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTa > 2:4142387/1‑91 (MQ=33) tcttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTa > 1:1450960/1‑91 (MQ=33) tcttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAACGATGTTATCACCGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGCTATGCATTGAGTTa > 1:4843550/1‑91 (MQ=11) cttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGTTATGCATTGAGTTAt < 1:4405315/91‑1 (MQ=18) cttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTAt > 1:216196/1‑91 (MQ=33) cttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTCCTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTAt < 2:5637798/91‑1 (MQ=16) ttctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATc < 2:2181492/91‑1 (MQ=34) ctGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGt < 2:5185688/91‑1 (MQ=34) gTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGa < 1:4302245/91‑1 (MQ=34) 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taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAgg < 1:3056410/91‑1 (MQ=34) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAgg < 2:4259793/91‑1 (MQ=33) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAgg < 2:4530152/91‑1 (MQ=34) aaaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAggg < 2:2107405/91‑1 (MQ=34) aaaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAggg > 1:1247950/1‑91 (MQ=34) aaaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAggg < 2:1359497/91‑1 (MQ=34) aaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGa > 2:613070/1‑91 (MQ=34) cAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAAc > 2:1829540/1‑91 (MQ=34) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |