| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2830200 | 176 (0.960) | 8 (0.050) | 7/232 | NT | 4.9% | intergenic (+28/+419) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2830235 | 147 (0.880) | intergenic (+63/+384) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2830050‑2830200‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgcggtAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATCA < USA300TCH1516_ALE/2830235‑2830096 GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAA > 1:503250/1‑141GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAA > 1:995218/1‑141 CGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 4:92703/1‑141 CGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA < 2:1166658/141‑1 ATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAC > 3:417661/1‑141 ATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAC < 1:419271/141‑1 ATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 3:667731/141‑1 ATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 3:667707/141‑1 ATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC > 1:926753/1‑141 TCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACG > 2:142419/1‑141 CACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGC > 4:659471/1‑141 CACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGC > 2:913178/1‑141 CACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTGTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTAGTAAGCTATTTTAAAAACACGg > 2:68350/1‑140 ACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCG < 1:1122132/141‑1 ACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCG > 1:268245/1‑141 CTACTATTCATTTTAGGATTAAGTATAGGCGTCGGCATGCTATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGATTATTATTGGAAAACAACAATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG > 4:111325/1‑141 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:727541/141‑1 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:564363/141‑1 GCGTGAATTCTATAGCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAAGTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTG < 4:451954/141‑1 TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAA < 1:1037025/141‑1 AACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 4:209371/98‑1 AACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC > 3:209371/1‑98 CATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA > 1:662883/1‑51 CATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA < 2:662883/51‑1 AATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATT > 4:213364/1‑80 AATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATT < 3:213364/80‑1 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTCTATGGTTGTTTTCCAATACTAAACCTAAAGATATAGAATTCA > 2:1283351/1‑141 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCA > 2:384557/1‑141 AACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCAC > 2:922644/1‑141 ACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACG > 1:731372/1‑141 ACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACG > 3:484478/1‑141 ACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACG < 3:44761/141‑1 ACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACG > 1:680303/1‑141 ACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACG < 2:1329072/141‑1 CACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGC < 2:887550/141‑1 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCA > 3:284565/1‑141 CGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAA < 2:640108/141‑1 CGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAA < 1:1440669/141‑1 CGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATGAATTAGCATTAATCACCAAGTTATAGGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAA > 1:156298/1‑141 CGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATA > 1:183808/1‑141 CGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACATAAAGATATAGAATTCACGCAATA > 2:845747/1‑141 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATAT < 1:226017/141‑1 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATAT > 2:775742/1‑141 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATAT > 2:775140/1‑141 GTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATC < 2:977150/141‑1 GTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATC > 4:120820/1‑141 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATCA < 2:932686/141‑1 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATCA < 1:93065/141‑1 GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2830050‑2830200‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgcggtAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATCA < USA300TCH1516_ALE/2830235‑2830096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |