| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 92,987 | 0 | A | G | 6.5% | 620.6 / 23.3 | 211 | intergenic (‑72/‑65) | ricR_1/glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/106); new base G (8/6); total (97/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTTAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAGCCAAGCAAGGGCAA > USA300TCH1516_ALE/92847‑93126 | ttAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTagag > 2:760165/1‑141 (MQ=255) ttAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTagag > 1:1659498/1‑141 (MQ=255) ttAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACACCTagag > 1:447018/1‑141 (MQ=255) aataatTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCTCTAGGGGt < 1:887519/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |