| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 99,276 | 0 | G | C | 5.9% | 633.0 / 26.8 | 190 | intergenic (+70/+2) | USA300HOU_RS00465/tetA_1 | hypothetical protein/Tetracycline resistance protein, class C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/82); new base C (5/6); total (102/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) gagTGACGGTCACTCTTCTTGATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTcc > 2:1583077/1‑141 (MQ=255) agTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt < 2:700798/141‑1 (MQ=255) agTGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATAGAGACACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt > 1:1605189/1‑141 (MQ=255) agTGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGGATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt > 2:313389/1‑141 (MQ=255) gTGACAGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCAATCTTCCTa > 2:982753/1‑141 (MQ=255) gACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaa < 2:142466/141‑1 (MQ=255) gACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaa > 3:132070/1‑141 (MQ=255) cGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaaaa > 1:839617/1‑141 (MQ=255) ggTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAAt < 2:396451/83‑1 (MQ=255) ggTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAAt > 1:396451/1‑83 (MQ=255) | TTCTAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTAAAAA > USA300TCH1516_ALE/99136‑99415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |