| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 217,036 | 0 | T | A | 7.0% | 663.3 / 32.7 | 199 | intergenic (‑230/+23) | rocD2_1/brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/97); new base A (6/8); total (94/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATAAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATATTTTTGG > USA300TCH1516_ALE/216899‑217176 | ataAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAAc > 1:1149322/1‑141 (MQ=255)ataAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAAc > 3:389190/1‑141 (MQ=255) taAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACa < 1:490969/141‑1 (MQ=255) aaaGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACat < 2:1638669/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |