| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 614,172 | 0 | T | C | 8.5% | 505.8 / 16.2 | 194 | S828S (AGT→AGC) | sdrC | Serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/83); new base C (4/14); total (92/102) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGA > USA300TCH1516_ALE/614032‑614312 | cGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTg > 1:1496072/1‑141 (MQ=255) cGGATAGCGACTACGACTCAGACACCGAAACAGATTCAGACAGCGATTCCGACTCCGACACAGATTCAGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTg < 4:350548/141‑1 (MQ=18) gATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGGCTCGGACTCGGATAGTgat > 2:30177/1‑141 (MQ=255) gATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTgat > 1:1221182/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |