| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 803,528 | C→T | 5.0% | intergenic (‑228/+42) | USA300HOU_RS03920 ← / ← dtpT | Putative lipid kinase/Di‑/tripeptide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 803,528 | 0 | C | T | 5.0% | 673.5 / 14.5 | 210 | intergenic (‑228/+42) | USA300HOU_RS03920/dtpT | Putative lipid kinase/Di‑/tripeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/106); new base T (4/7); total (97/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
AAAATGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAAT > USA300TCH1516_ALE/803388‑803667 | aaTGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACTAGAAAAAATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATATTGGTATCTTGAATTTAGTGAATAGAAACTTATATTAAAACAGTAAGCCa > 4:114236/1‑141 (MQ=255) aaTGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCa > 2:144044/1‑141 (MQ=255) aaTGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCa < 1:82675/141‑1 (MQ=255) aaTGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCa > 1:938102/1‑141 (MQ=255) aaTGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCCATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCa < 1:29585/141‑1 (MQ=255) aTGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCAt > 2:421622/1‑141 (MQ=255) aTGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGCGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCAt > 2:1159278/1‑141 (MQ=255) aataaATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTaaa < 2:1100533/141‑1 (MQ=255) ataaATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAAt > 2:859837/1‑141 (MQ=255) aaTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATggc < 3:54728/141‑3 (MQ=255) aTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACt < 2:201287/141‑1 (MQ=255) gAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTa < 1:34810/141‑1 (MQ=255) gAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTa < 4:211933/141‑1 (MQ=255) gAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTa < 3:128763/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTTCTATAGAGTGAGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGACTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTatt < 2:303502/141‑3 (MQ=255) gATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑ttt < 2:28845/141‑1 (MQ=255) gATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATGAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑ttt > 2:936203/1‑141 (MQ=255) aTTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑tttt < 2:809437/141‑1 (MQ=255) ttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑tttttt < 3:462744/141‑1 (MQ=255) ttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑tttttt > 1:136027/1‑141 (MQ=255) tataGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGaa < 2:1508379/141‑1 (MQ=255) ggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCcaa < 2:1025345/141‑1 (MQ=255) ggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCcaa < 2:1612100/141‑1 (MQ=255) gACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑tttt > 4:620492/1‑126 (MQ=255) gACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCcaac < 1:1641954/141‑1 (MQ=255) aCGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCcaaca > 1:547537/1‑141 (MQ=255) aaaaTATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATAtt > 4:236997/1‑141 (MQ=255) aaaaTATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATAtt < 1:526169/141‑1 (MQ=255) aaTATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTaa > 1:1219900/1‑141 (MQ=255) aaTATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTaa > 1:1311252/1‑141 (MQ=255) atatAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAAc < 1:177229/141‑1 (MQ=255) atatAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAAc < 4:365524/141‑1 (MQ=255) ataGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCAAACAATATTAACGt > 1:1510312/1‑141 (MQ=255) taGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGta > 1:972333/1‑141 (MQ=255) gTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGtata > 2:471830/1‑141 (MQ=255) taGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCtt < 3:248797/141‑1 (MQ=255) taGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCtt < 1:5900/141‑1 (MQ=255) gCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTTTTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTc > 2:1237456/1‑141 (MQ=255) cTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCa < 1:248967/141‑1 (MQ=255) tGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCAt < 3:647274/141‑1 (MQ=255) tCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCg > 4:644004/1‑141 (MQ=255) cTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGCCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGc > 2:773717/1‑141 (MQ=255) aaTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtg < 1:1593169/141‑1 (MQ=255) aaTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtg < 1:417677/141‑1 (MQ=255) aTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtga < 4:61171/141‑1 (MQ=255) aTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtga < 3:592343/141‑1 (MQ=255) aTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAAAGTATACCTTTCATCGCTTtga > 1:850420/1‑141 (MQ=255) gAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtgatg < 2:207078/141‑1 (MQ=255) aGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtgatga > 1:872069/1‑141 (MQ=255) gCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTgatgat < 2:1423558/141‑1 (MQ=255) tAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAgg < 3:522794/141‑1 (MQ=255) tAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAgg < 1:1470282/141‑1 (MQ=255) gTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTACTAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTga < 1:1536249/141‑1 (MQ=255) gTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtga > 2:757494/1‑128 (MQ=255) gTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTga < 2:1484150/141‑1 (MQ=255) ttttATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTgaga < 1:1025461/141‑1 (MQ=255) tatttttACTGTAATCTTAAAATTAATTAAGATAATCTTAGTAAAAAACAGTAAGGCATTTAATTTACTCACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAGTATTGGCGTATACCTTTTTTCTCTATGATGAGGAAATGCGTGATTg > 2:1184260/1‑141 (MQ=255) tatttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTg < 2:499472/141‑1 (MQ=255) tatttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTg < 1:773603/141‑1 (MQ=255) atttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAgg > 4:697057/1‑87 (MQ=255) atttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGc > 2:185396/1‑141 (MQ=255) tttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCt < 1:75949/141‑1 (MQ=255) ataCTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAAt > 1:671431/1‑141 (MQ=255) cTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACa > 4:463108/1‑141 (MQ=255) gATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAAt > 1:1004816/1‑141 (MQ=255) tCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAACAAAAAAAAAAGCCAGTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAAttgtt > 2:494296/1‑141 (MQ=255) cTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAAttgttg > 3:515477/1‑141 (MQ=255) gactctaattattAGAAATCTGTAAAAAAACAGTAATCCATTTATATGACTTACTG‑CTTTTTGAATTAGGCCAAAAATATTAACGTATACCTTTCATCTCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTaa > 2:849285/6‑141 (MQ=255) gAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCttt > 4:411480/1‑94 (MQ=255) gAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCttt < 3:411480/94‑1 (MQ=255) gAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTaa < 2:1219900/141‑1 (MQ=255) gAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTaa > 2:278986/1‑141 (MQ=255) aaTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAAc < 1:42722/141‑1 (MQ=255) aTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAAc < 1:658024/141‑1 (MQ=255) aTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACa > 2:700582/1‑141 (MQ=255) aTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACa < 2:587548/141‑1 (MQ=255) aTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACa > 1:474295/1‑141 (MQ=255) aattaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACaataa > 1:1049978/1‑141 (MQ=255) attaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGAt < 3:363932/114‑1 (MQ=255) attaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACaataat > 3:634131/1‑141 (MQ=255) attaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACaataat > 2:1304467/1‑141 (MQ=255) attaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACaataat > 3:292851/1‑141 (MQ=255) atAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGca < 3:82257/141‑1 (MQ=255) tAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTCCTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATCCCTTTCAGCGCTTTGATGATCAAAAGCGAGATTGCTAATACAATTTTTGTACCAATAATCGcaa > 2:292318/1‑141 (MQ=255) tAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATAtt < 3:529992/69‑1 (MQ=255) tAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATAtt > 4:529992/1‑69 (MQ=255) aaGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGcaa < 1:1067073/140‑1 (MQ=255) aGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCAGTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGCATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATAAAATTGTTGTAACAATAATTGcaac < 4:579491/141‑1 (MQ=255) aaaCCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGcaacaa < 1:1615887/141‑1 (MQ=255) aCCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAacaaca < 2:404290/141‑1 (MQ=255) ataAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTa > 2:677390/1‑141 (MQ=255) taAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAg < 1:112531/141‑1 (MQ=255) aCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCcaac > 2:619048/1‑46 (MQ=255) aCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCcaac < 1:1445340/46‑1 (MQ=255) aCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCcaac > 2:1445340/1‑46 (MQ=255) aCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCcaac < 1:619048/46‑1 (MQ=255) aGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATaaa > 3:685112/1‑141 (MQ=255) tAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGt < 2:524283/141‑1 (MQ=255) aaGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTa > 3:284991/1‑141 (MQ=255) gCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAAt < 4:264645/141‑1 (MQ=255) | AAAATGGTAATAAATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTG‑TTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAAT > USA300TCH1516_ALE/803388‑803667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |